בחודש אוקטובר 2011 נערכה חפירת הצלה באזור התעשייה הדרומי של גן יבנה (הרשאה מס' 6300-A; נ"צ 17174-81/63132-9; איור 1), לאחר גילוי שרידים קדומים במהלך בדיקות מקדימות לקראת בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון דוראב נכסים והשקעות בע"מ, נוהלה על ידי ח' בן ארי, בסיוע י' עמרני (מנהלה), מ' מולוקנדוב (בדיקות מקדימות), א' דגוט (מדידות), מ' שויסקיה (ציור כלי חרס) ופ' וולינסקי ממחוז מרכז של רשות העתיקות.
האתר ממוקם בשוליים הדרומיים של גן יבנה, בשטח שבו שכן בעבר הכפר ברקה. ו' גרן וסקר ה-PEF תיעדו במקום כפר שבו קבר קדוש (Guerin V. 1969. Description geographique, historique et archaeologique de Palestine. Vol. 2: Judee. Amsterdam:68–70; Conder C.R. and Kitchener H.H. 1882. Survey of Western Palestine, Vol. II. London:409). בסקרים נוספים תוארו קירות ורצפות פסיפס, וכן שברי כלי חרס ורעפים מן התקופות הפרסית, הרומית, הביזנטית המאוחרת, האסלאמית הקדומה והעות'מאנית.
באתר נערכו חפירות ארכיאולוגיות אחדות שבהן נחשפו שרידים בעיקר מן התקופה הביזנטית (חדשות ארכיאולוגיות קח:155; 125:112; חדשות ארכיאולוגיות 118) שבהם בית מרחץ (חדשות ארכיאולוגיות 79:111), בית יוצר לכלי חרס (Gadot Y. and Tepper Y. 2003. A Pottery Workshop from the Late Byzantine Period at Khirbet Baraka. Tel Aviv 30:130–162); מערות קבורה חצובות (חדשות ארכיאולוגיות 122; הרשאות מס' 3651-A-3680 ,A) וכנסייה (חדשות ארכיאולוגיות 122).
שטח החפירה הנוכחית סמוך מדרום לחפירות שנערכו מטעם אוניברסיטת חיפה (רישיון מס' 124/1999-G), שבהן התגלו מפלסים של שברי כלי חרס מן התקופה הביזנטית המאוחרת (המאות הו'–הז' לסה"נ) שתוארו כשולי האתר. השטח נמצא באזור שהיה בו ערוץ נחל ושכוסה במילוי ובפסולת בנייה בני ימינו. נפתחו שני ריבועים (B ,A; איור 2) המרוחקים כ-20 מ' זה מזה, והחפירה החלה כשני מטרים מתחת למפלס פני הקרקע הנוכחי.
בריבוע A (מידות 3×4 מ'; איור 3) נחשפו באדמת סחף כהה ודחוסה שני מקבצים של מפולות אבנים (L105; איור 4). המקבץ הצפוני (0.4×1.0×1.0 מ') מורכב מאבני כורכר מעורבות בצדפים (0.3×0.4 מ' בממוצע), והדרומי (0.6×0.7 מ') מאבני כורכר (0.3×0.4 מ' בממוצע) ומגושי בטון בן זמננו המחוברים במוטות ברזל. מעל המפולות התגלו שברי כלי חרס ספורים מטיפוס כלי עזה השחורים (Gaza Ware) המתוארכים למן התקופה העות'מאנית המאוחרת. מתחת למפולות לא התגלו ממצאים נוספים.
בריבוע B (מידות 2.0×3.5 מ'; איור 5), הוסר משטח בן זמננו העשוי סיד ואבני חצץ
(L102; כ-0.7 מ' עובי) שהתפרש על פני כל שטח הריבוע, ונחשפה שכבת אדמה מהודקת היטב שצבעה שחור-אפור שהכילה שברי כלי חרס רבים (L104; כ-0.3 מ' עומק; איור 6). הממצא תוארך בעיקרו לתקופה הביזנטית המאוחרת (המאות הו'–הז' לסה"נ) וכלל קערה ממשפחת Phocean Red Slip Ware (איור 1:7) וקנקני עזה (איור 2:7, 3); כן נמצאו שברים ספורים משלב מוקדם יותר בתקופה הביזנטית (המאות הד'–הה' לסה"נ; לא צוירו). בפינה הצפונית-מערבית של מפלס שברי כלי החרס נמצא מקבץ (0.15×0.40×0.50 מ') של אבני כורכר קטנות (6×8 ס"מ בממוצע), שאי-אפשר היה לקשר לשרידים האחרים. מתחתיו נחפר מפלס אדמה חומה קשה עם חרסים ספורים שמקורם לא זוהה.
בחפירה תועד מפלס של שברי כלי חרס שתוארך לתקופה הביזנטית ונחשפו מפולות אבנים בנות זמננו שככל הנראה התגלו כבר בבדיקות המקדימות, אך אי-אפשר היה אז לקבוע את טיבן. מיקום שטחי החפירה ותוצאות החפירות הקודמות שנערכו סמוך, מעלים את האפשרות שהמפלס שנחשף הוא המשך שולי האתר.