בחודשים ינואר, יוני ויולי 2003 נערכה חפירת בדיקה באזור העתיק של אעבלין (הרשאות מס' 3799-A ו-3920-A; נ"צ — רי"ח 21836-7/74747-8, רי"י 16836-7/24747-8), לקראת בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ר' אבו ריא, בסיוע ו' אסמן וו' פירסקי (מדידות ושרטוט), ח' טחן (ציור כלי חרס) וד' שיאון (נומיסמטיקה).
החפירה (6 × 12 מ') נערכה על כיפה, במרכז של מתחם מקודש הנקשר בקדושה מרים בוארדי, שחיה במקום במאה הי"ט לסה"נ. שטח החפירה מרוחק כ-15 מ' מדרום לכנסיה היוונית-אורתודוכסית וכ-30 מ' מצפון לחפירה קודמת שנערכה באתר (ר' חדשות ארכיאולוגיות 120, איור 1). נחשפו שרידי בנייה וממצאים למן התקופה הרומית ועד לתקופה העות'מאנית (איור 2).
מן התקופה הרומית הקדומה (שכבות II ,I) נחשפו מקווה טהרה, מחילה ומערה חצובים. המקווה מטויח וכולל בור רבוע (לוקוס 187; 1.5 × 1.5 מ', 1.6 מ' עומק מרבי), שבדופנו הצפונית נחצב פתח קמור, המוליך אל חדר מקומר תת-קרקעי (לוקוס 189; 1.2 × 2.1 מ', 1.6 מ' גובה). מן הדופן המערבית של חדר 189 מוליכה מחילה חצובה (לוקוס 118; 3 מ' אורך, 1.2 מ' רוחב, 1.3 מ' גובה), המטויחת בטיח שונה מזה של המקווה, שבסופה מערה מעוגלת חצובה (לוקוס 115; כ-3 מ' קוטר), המלאה ברובה בסחף שלא נחפר; נראה שהן שימשו למסתור. בדופן המערבית של המערה נחצב פתח מקומר, המוליך אל חלל תת-קרקעי מטויח שלא נחפר.
מן התקופה הביזנטית (שכבות IV ,III) נחשפו שני חלקי חדרים (לוקוסים 183, 186). בקיר המשותף לשני החדרים (W15) קבוע פתח (1 מ' רוחב). בחדר 183 נחשפה אבן גדולה (0.7 × 0.8 × 1.0 מ'), שבתוכה חצובה מגרעת רבועה (0.2 × 0.2 מ'), והיא שימשה כמתקן. כן, נחשפו שרידי מבנה שנבנה באבני גזית והשתמר היטב, המשוייכים לסוף התקופה הביזנטית (שכבה IV). במבנה ארבעה חדרים (לוקוסים 181, 188, 191, 192), בריכה מטויחת (לוקוס 182) וגרם מדרגות (W10). בחדר 188 נחשפה רצפת גיר כתוש מהודק ועליה במרכז החדר – אבן רבועה, ששימשה אולי בסיס לעמוד. הקיר המזרחי של החדר והרצפה נבנו על המקווה מהתקופה הרומית. פתחו של חדר 189 במקווה נאטם, והמחילה והמערה הקשורות למקווה הוסבו לשמש לאגירת מים. שרידי מבנה אלה מלמדים על חשיבותו של היישוב בתקופה זו.
בתקופה האומיית (שכבה V) נמשך השימוש במבנה מסוף התקופה הביזנטית, ללא שינויים.
מן התקופה הפאטימית (שכבה VI) התגלה מצבור חרסים במזרחו של שטח החפירה, ובהם קערות מזוגגות בירוק ולבן.
מן התקופה הצלבנית (שכבה VII) נחשף קטע מקיר איתן (W1; אורך 8 מ', רוחב 1.6 מ', גובה השתמרות 1.5 מ'), שנבנה בכיוון מזרח-מערב; אל הקיר נצמדה מדרום אומנה
(W5; גובה 2.4 מ', 1.2 × 1.4 מ') מן התקופה הממלוכית (שכבה VIII) התגלו מעט חרסים, עיקרם בתוך מילויים מאוחרים ומקצתם חדרו למפלס החיים מהתקופה האומיית.
מן התקופה העות'מאנית (שכבה IX) נחשפו חלקים של שני חדרים (לוקוסים 185, 186) וחצר (לוקוס 184), המושתתים על שרידי הבנייה מהתקופה הביזנטית. במקום עמד מבנה שנהרס באמצע המאה הכ'. כן, נחשף קבר (לוקוס 177) בכיוון מזרח-מערב, ובו היה מונח שלד של אשה מבוגרת שנקברה בקבורה ראשונית והונחה על גבה, ראשה במערב וידיה מוצלבות על חזה, כמקובל בקבורה נוצרית.