בחודשים מרס–אפריל 2011 נערכה חפירת הצלה מצפון-מזרח לתל קשיש (הרשאה מס' 6149-A; נ"צ 210397-698/732372-540), לקראת בניית מסילת רכבת העמק. החפירה, מטעם רשות העתיקות ומימון חברת נתיבי ישראל, נוהלה על ידי אק"מ ון דן ברינק, בסיוע ד' קירזנר ומ' ח'טאר (פיקוח), י' לבן (מנהלה), ר' מישייב ומ' קאהן (מדידות וסרטוט), א' פרץ (צילום שטח), י' בוקנגולץ (רפאות), א' אקרמן ונ' גרינבאום מאוניברסיטת חיפה (גיאולוגיה), חברת Sky View (צילום אוויר) ושישים פועלים.
החפירה (30 ריבועים; 4 × 4 מ' כל אחד; איור 1) נערכה במדרון המזרחי של גבעת קרטון מצפון לתל קשיש, בשטח שכונה בעבר 'שטח E', בין שתי שורות ריבועים, המרוחקות 20 מ' זו מזו, שנבדקו בחפירת הצלה בשנת 2010 (הרשאה מס' 5992-A). נחשפו שרידי יישוב מתקופת הברונזה הקדומה 1ב (3300 לפסה"נ לערך). יישוב זה הוא אחד מכמה יישובים דומים בני תקופה זו שנחשפו במערבו של עמק יזרעאל, ובהם קריית אתא, עין שדוד ומגידו.
צמוד לשטח החפירה מדרום נחפרו באופן מכני שלוש תעלות (כ-65 מ' אורך) בציר מזרח–מערב לבדיקה גיאולוגית. יחד עם בדיקות שנערכו ממערב לתעלות בשנת 2010 התברר המבנה הגיאולוגי של האתר. המדרון המזרחי של הגבעה מכוסה בשכבת בזלת שנחשפה לפגעי מזג אוויר, והיא דקה למדי סמוך לפסגת הגבעה, כפי שרואים בתעלה המערבית ביותר, והולכת ומתעבה במורד המדרון. בבמדרון המערבי של הגבעה המצב שונה: שכבת הבזלת נעדרת לגמרי, וסלע הקרטון מתקופת המיוקן מכוסה בשכבות של אדמת סחף.
נחשפו 19 קירות וקטעי קירות, שהם שרידים של כמה מבני מגורים בני חדר רבוע אחד שפינותיו מעוגלות (איורים 2, 3). כיוון המבנים דומה לזה של המבנים שנחשפו בעבר בתל (Ben-Tor, Bonfil and Zuckerman 2003). מן המבנים השתמר רק נדבך תחתון של יסודות אבן; בתוך שלושה מן המבנים שהשתמרותם טובה למדי התגלו מפולות של לבני בוץ, המלמדות כי יסודות האבן נשאו קירות של לבני בוץ. הרצפה היחידה שהשתמרה במבנים נבנתה מאבנים גדולות שהונחו בקפידה (איור 4).
הסטרטיגרפיה של האתר אינה מורכבת, אך בשל אילוצי זמן היא לא הובהרה במלואה. השרידים האדריכליים התגלו בשכבה אחת, ובה שני שלבי בנייה לפחות, שהובחנו בקירות של מבנה אחד החותכים קירות של מבנה אחר. ככל שניתן היה לברר, שרידי המבנה הקדום ביותר התגלו הישר על אדמה בתולה, המכילה בלייה של סלע בזלת, ואילו השרידים המאוחרים נמצאים על שכבה דקה של אדמת סחף כהה שמעורבים בה חרסים. בחלק המערבי ביותר של שטח החפירה, במעלה המדרון, נחשפו כמה קטעים של קירות צרים, באזור של פזורות נרחבות של אבני גיר ונארי לא מעובדות יחד עם ריכוזים גדולים של כלי חרס באתרם. אפשר שקירות צרים אלה שייכים לשלב בנייה שלישי או לשכבה שנייה, מאוחרת יותר. מפולות האבנים הגדולות והצטברויות הקרמיקה, המורכבות משכבות של שברים גדולים, נגרמו אולי כתוצאה מרעידת אדמה.
מתוך כמעט 30,000 שברי כלי חרס שנאספו בחפירה קרוב ל-85% הם שברי גוף. 15% הנותרים הם שברים אינדיקטיביים, ובהם רוב גדול של פערורים וקנקנים שלהם שפת קשת ורק מעט כלים קטנים כמו קערות ממורקות אפור, מעט קערות המיספריות שלהן זיזים ו'קנקני תה' מחופים אדום שלהם פיה מכופפת. בממצא שבר צוואר או כתף של קנקן בינוני מחופה אדום, הנושא טביעת חותם גליל (איור 5), ובה מתוארים שתי חיות שלכל אחת ארבע רגליים ולאחת מהן שתי קרניים ארוכות. טביעת חותם גליל זהה התגלתה באתרה במגידו לפני יותר משמונה שנים. נראה כי שתי הטביעות נעשו מאותו חותם גליל. כלי האבן מהחפירה כוללים אבני שחיקה מבזלת וקערת בזלת אחת שלמה. כל הממצאים מתוארכים לתקופה הברונזה הקדומה 1ב'. כן התגלו באתר מעט כלי צור ועצמות בעלי חיים, המלמדים על אורח חיים המשלב חקלאות ומרעה.
מן החפירה עולה כי היישוב הכפרי מתקופת הברונזה הקדומה 1ב שהתגלה בעבר בתל (שכבה
XV; ר'
Ben-Tor, Bonfil and Zuckerman 2003) השתרע גם מצפון לתל עצמו. שרידי היישוב שהתגלו בחפירה מאופיינים במבנים שפינותיהם מעוגלות וביסודות אבן שנשאו קירות מלבני בוץ. בעוד שמקובל לראות במבני מגורים שפינותיהם מעוגלות הד האחרון למסורת המבנים המעוגלים מתקופת הברונזה הקדומה 1א, מעניין לציין כי שרידים מתקופת הברונזה הקדומה 1א נעדרים הן משטח החפירה הנוכחית והן מהחפירה שנערכה בעבר בתל. אולם, בעוד שהיישוב מתקופת הברונזה הקדומה 1ב בתל נמשך גם לתקופות הברונזה הקדומה 2 ו-3, היישוב בן תקופת הברונזה הקדומה 1ב מצפון לתל ננטש. אפשר שנטישה זו נגרמה כתוצאה מרעידת אדמה שגרמה להרס גדול באתר ואולי אף ביישוב הסמוך בן התקופה במגידו.