בחודשים יולי–אוגוסט 2007 נערכה חפירת הצלה מצומצמת בחורבת מיסר (צפון; הרשאה מס' 5211-A; נ"צ — רי"ח 204343-66/705744-66; רי"י 154343-66/205744-66), לקראת הקמת בית מגורים בכפר מיסר. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ע' מסארווה (צילום), בסיוע ר' מישייב (מדידות ושרטוט) ומ' פיילשטוקר (הנחיה).
החפירה נערכה על המדרון הצפוני-מערבי של הגבעה שעליה שוכן הכפר מיסר. בחפירות שנערכו בעבר בקרבת מקום נחשפו שרידי מבנים, מתקנים חקלאיים ובית מרחץ מהתקופות הרומית והביזנטית (חדשות ארכיאולוגיות 50:113–51; חדשות ארכיאולוגיות 120; וכן הרשאות מס' A-4787 ,A-3925, A-3602).
נפתחו שני חצאי ריבועים (A2 ,A1) במרחק עשרה מטר זה מזה. בריבוע A1, שנחפר עד לקרקע הבתולה, נחשפו מתחת לשכבת מילוי (לוקוס 300) קטעים משני קירות, אשר השתמרו לגובה נדבך אחד: קיר W10 (אורך 2.26 מ', רוחב 0.4 מ') וקיר W11 (אורך 1.17 מ', רוחב 0.5 מ'), היוצרים פינת חדר. קיר 10 נבנה מאבני גזית מסותתות בבנייה יבשה (גודל ממוצע 0.15×0.40×0.60 מ') ואילו קיר 11 נבנה מאבנים מהוקצעות (0.20×0.35×0.50 מ'). אל הקירות ניגשה רצפת אבני גוויל, שהושתתה על אדמה (לוקוס 40). במילויים שבין אבני הקירות ומתחת לרצפה נמצאו שברי קנקנים מן התקופה הביזנטית (המאות הד'–הו' לסה"נ). בריבוע A2 לא נתגלה כל ממצא.