צורי הבחין בשלוש שכבות ברורות (III–I); בשכבה III נמצאו שני שלבי בנייה, קדום (b) ומאוחר (a):
שכבה IIIb. המאה הד' לסה"נ — בניית הקפלה הקדומה.
שכבה IIIa. המאות הד'–הה' לסה"נ — תוספות בנייה, חצר פתוחה (6) ואגף מגורים דרומי.
שכבה II. המאה הו' לסה"נ — מנזר ובו קפלה חדשה, אגפי מגורים, אולמות וחדרים מוקפים בחומה.
שכבה I. המאות הז'–הט' לסה"נ — נטישת המנזר והתיישבות נוודים.

 

שכבה IIIb (המאה הד' לסה"נ). נבנה מנזר ובו קפלה – אולם מרכזי רוחבי (8; 3.5 × 11.5 מ'; איור 4) ואפסיס הפונה למזרח. אזכורו של חדר 8 מופיע בידיעות המועצה אזורית גלבוע (ידיעות תשי"ז:7, מס' 48), אך לא בחומר הארכיוני של החפירה, והוא נחשף מחדש בחלקו הדרומי. האולם המרכזי של הקפלה היה מרוצף בפסיפס, מעוטר בדגמים צמחיים משולבים במתומנים סדורים בשורות ומחוברים בצלע משותפת, בגוונים רבים שהדגישו את הפלסטיות של הדגמים. במזרח האולם המרכזי נמצא יסוד האפסיס, בנוי מאבני גוויל גדולות וללא חומר מליטה. ממערב לאולם נמצאו זוג קברים (B ,A) שכיוונם מזרח–מערב. מדרום לאולם נמצאה בריכת אגירה (3.2 × 3.5 מ', 3.7 מ' עומק) שקירותיה רחבים ובנויים מאבני גזית מלוכדות בטיט ומלט ומטויחים בטיח איכותי. בהמשך, ממערב לבריכת האגירה נחשפו שרידיהם של שלושה חדרים (9–11) מרוצפים בפסיפס חד-גוני.

 

שכבה IIIa (המאות הד'–הה' לסה"נ). זמן קצר לאחר בניית המנזר, נוספו יחידות בתחומו. ממערב לקפלה, בין החדרים שמדרום לזוג הקברים, נבנתה חצר (6; 7.4 × 8.5 מ'; איורים 5, 6) ומדרום לה הוקם אגף מגורים חדש. החצר מרוצפת בפסיפס לבן גס ומעוטרת בשני ריבועים מצטלבים ובמרכזם שושן או עיטור כוכב ומדרום לו לוח אישקוקי. אגף המגורים הדרומי כלל שבעה חדרים (13–19), בהם חדרי אפייה (15, 16), חדרים לאגירה ולאחסון תבואה (16, 14?) וכנראה חדר מגורים (17). מערכת החדרים הייתה מלוכדת ואחידה בקצה הדרומי של המנזר. בקיר הדרומי של חדר 18 נמצאה הכניסה הראשית אל אגף המגורים ואל המכלול כולו. בחדר המערבי 19 נמצא קבר (G; 1.5 מ' עומק) מטויח כולו ולצדו היה חדר שרצפתו פסיפס עם צלב במזרח. צורי הניח שחדר זה שימש חדר תפילה. בין אגף המגורים הדרומי לבין גוש החדרים המערבי משתרעת חצר (12) לא מרוצפת, מוגנת בקיר או בחומה התוחמת אותה ממערב וממזרח. בסוף המאה הה' לסה"נ נהרס חלקה הצפוני של הקפלה כליל ורצפתה חובלה. המקום נעזב, אך כנראה לא לזמן רב.

 

שכבה II (המאה הו' לסה"נ). בראשית המאה הו' לסה"נ חודשה הפעילות במנזר, באגף המגורים הדרומי, בחדרים שממערב לבריכת האגירה, בחצרות ובבריכת האגירה. מקומם של זוג הקברים נשאר. על שרידי הקפלה הקדומה, שחרבה, נבנתה קפלה חדשה (7; איורים 7–9), מלבנית, בציר מזרח–מערב. בקיר המזרחי, מעל האפסיס הקדום, נבנה אפסיס חדש. בין האולם המרכזי לקיר האפסיס הפריד קיר סורג (איור 10) ששרד ממנו בסיס בנוי מאבני גזית מגיר שעליהן חריצים. על אחת מאבני היסוד כתובת ביוונית, בת ארבע שורות, שנפגעה מהחריץ של הסורג (איור 11) — עדות לקדמותה של הכתובת ולשימוש החוזר שנעשה בה כאבן יסוד לקיר הסורג (צורי תשכ"ב:184). רצפת האולם המרכזי של הקפלה רוצפה בפסיפס מעוטר בשטיח מרהיב של מדליונים מאוכלסים בדמויות של עופות, בעלי חיים ואדם וביניהם שריגי גפן (איורים 12, 13). האפסיס רוצף בפסיפס מעוטר ברשת ריבועים אלכסוניים על רקע לבן.
ארבעה קברים נמצאו בתחום הקפלה, שלושה קברים בנויים ומטויחים (E–C; לא בתכנית) מתחת לרצפת הפסיפס של האולם המרכזי, צמוד לקיר הצפוני של הכנסייה, וקבר (F) שנחפר לתוך שכבה III, מתחת לרצפת האפסיס. הכניסה הראשית לקפלה הייתה בקיר המערבי. פתח נוסף היה בקיר הצפוני, והוא הוביל לחדר קטן רבוע (4), מרוצף במגוון לוחות שיש. בקיר המזרחי של חדר 4 נמצא פתח נוסף שהוביל אל חדר (5), אולם אורכי מרווח צמוד לקיר הצפוני של הקפלה, שבקירותיו הצפוני והמזרחי נמצאו גומחות. החדר מרוצף בפסיפס מעוטר במסגרת של תשליב מעוינים ובמרכז מדליון גדול עם תשליב של שתי לולאות (איור 14). רצפת הפסיפס כיסתה גם את רצפת הגומחות ואת הפתח המוביל לחדר 4, שם היא מכסה את ראש הקיר של הכנסייה הקדומה והיא עוטרה בקנקן שלו שתי ידיות ומתוכו עולים צמחים ופרחים. צורי הניח שחדר זה שימש חדר טבילה. מצפון לחדר 4, במרווח הצר שבינו לקיר הצפוני של חדר 5, נמצא תא מאורך (3) שקירותיו רחבים והוא מרוצף בלוחות חרס. בקיר הדרומי, המפריד בין תא 3 לחדר 4 הותקנה תעלת שופכין, משופעת לצפון, העוברת מתחת לרצפה ולקיר הצפוני של אולם 5 ומתחברת לתעלה רחבה יותר, העוברת מתחת לרצפת אולם 21, ממערב למזרח, ומתחת לקיר ההיקפי המזרחי. צורי זיהה ביחידה זו בית כיסא. ממערב לחדרים 3 ו-4 נבנו שני חדרים נוספים (1, 2) מרוצפים בפסיפסים. סמוך לקיר הצפוני של חדר 1, על רצפת הפסיפס, נמצאו שני כלי חרס גדולים ולידם, על הרצפה, כתמי צבע אדומים (איור 15). לדעת צורי, שימש חדר זה לצביעה ולכביסה. התעלה הרחבה שמתחת לרצפת אולם 21, עוברת גם מתחת לקיר המזרחי של חדר זה וכנראה הייתה קשורה לפעילות זו. מצפון וממערב למכלול זה נבנו גם אולמות (20–23) מרוצפים בפסיפס לבן חד-גוני, שהוקפו בקיר (או חומה), ממערב ומצפון, שהתחבר לקיר ההיקפי של האגף הדרומי. שטח המנזר גדל ושטחו הגיע לכדי דונם וחצי (30 × 50 מ'). חצר 6 שממערב לקפלה (שכבה IIIb) המשיכה להתקיים, אך צורתה המקורית שונתה, בגלל שהפינה הדרומית-מערבית של הקפלה החדשה נבנתה על רצפת הפסיפס של החצר, כיסתה קטע מהדגם של הריבועים המצטלבים שהיה במרכז החצר והצרה את החלק המזרחי שלה. תעלת הניקוז בין חצר 6 לחדר 9 המשיכה לנקז את השפכים החוצה. את מכלול החדרים והאולמות החדשים סביב הכנסייה הקיף קיר ממערב ומצפון שהתחבר אל הקיר שהקיף את האגף הדרומי ויצר יחידה יישובית אחת ששימשה את חטיבת המנזר גם בשלב השני לקיומו. בשלב מסוים, כנראה סמוך לנטישת הכנסייה, נבנה אגף נוסף, ממערב לחצר 6, מחוץ לתחום שטח המנזר המגודר, שכלל שלושה חדרים עוקבים זה אחר זה, ממזרח למערב (24–26). קירות האגף החיצוניים והפנימיים איתנים ורחבים (1 מ' רוחב) מיתר קירות המבנים במנזר, בשתי התקופות, וכל המבנה בוצר בסוללת אבנים ועפר כבוש. צורי הניח שחדרים אלה שייכים לאגף ששימש בית כלא שהיה צמוד, אך מחוץ לקיר המנזר, בתקופת המעבר שבין סוף המאה הו' לסה"נ ועד לכיבוש המוסלמי. לאחר מכן, כנראה עוד לפני הכיבוש המוסלמי, הפסיק המנזר לתפקד. מאחר שלא ניכרו סימנים של פגיעה והרס בשרידים, נראה שהמנזר נעזב וננטש, וכנראה שאז נשדדו הקברים.

 

שכבה I (המאות הז'–הט' לסה"נ). נחשפו שרידי קירות אחדים, שלא מתחברים למכלול ארכיטקטוני. הקירות הוקמו על רצפת חצר 6 ועל רצפות הפסיפס של החדרים והאולמות. אלה שימשו תושבים ארעיים שהתיישבו ברחבי המנזר ואת מתיהם קברו בקבורה לא מסודרת בתוך שרידי המבנים. בריכת האגירה יצאה מכלל שימוש. על אחד מקירותיה המטויחים נחקקו כתובות בערבית (איור 16). רעידת אדמה, כנראה בשנת 748 לסה"נ, הביאה בעקבותיה להרס הבריכה. חרסים מזוגגים שנמצאו בשכבה זו מעידים שההתיישבות הארעית הייתה כנראה בתקופה העבאסית (המאות הח'–הט' לסה"נ).