בחודש מאי 2006 נערכה חפירה בח' ג'נבה (הרשאה מס' 4792-A*; נ"צ — רי"ח 21330-85/58500-35, רי"י 16330-85/08500-35), לקראת הקמת גדר ההפרדה ממצדות יהודה למצפה שלם. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון משרד הבטחון, נוהלה על ידי א' פרץ וי' דרייאר, בסיועם של ח' לביא (מנהלה), א' האג'יאן (מדידות), מ' היימן (צילום), א' ברין (שרטוט), נ"ש פארן, פ' סונטג וי' באומגרטן.
האתר נמצא על המדרון הדרומי של גבעה, מעל דרך עפר המוליכה לנחל טוב. במעלה הגבעה נחפרו שטחים נוספים (הרשאות מס' 4793-A-4795 ,A). בחפירה נפתחו שני ריבועים, האחד (A) נמצא בשיפולי המדרון והשני (B) מרוחק 10 מ' מצפון לו. נחשפו מעגלי אבנים (איור 1), ששימשו כנראה מחסה או בסיסי אהלים לרועי צאן בדורות האחרונים.
ריבוע A. טרם החפירה הובחנו על פני השטח שלוש אבנים גדולות המונחות בקשת. האבן הצפונית מהן גדולה וניצבת באדמה (1.1 מ' אורך, 0.37 מ' רוחב, 1.3 מ' גובה), ואילו שתי האבנים האחרות קטנות יותר ומונחות על צדן הארוך. בחתך שנחפר בריבוע נחשף בין שלוש האבנים מפלס אפר (לוקוס 105; 0.20-0.15 מ' עובי). באפר נחשפו ארבע אבנים המונחות במעגל. נראה כי המקום שימש מחסה לרועי צאן. הממצא על פני השטח כולל מעט חרסים שחוקים מהתקופות הביזנטית–האסלאמית הקדומה לא באתרם.
ריבוע B. טרם החפירה הובחנו על פני השטח חמש אבנים גדולות. האבן המערבית ניצבת באדמה, והיא גדולה במיוחד ודומה למצבה (1.9 מ' אורך, 1.1 מ' רוחב, 1.2 מ' גובה). בין האבנים הגדולות מונחות אבני גוויל קטנות (0.2 × 0.2 מ' בממוצע), ויחדיו הן יוצרות מעגל (W1) הפתוח למזרח. בחתך שנחפר בריבוע נחשף בחלקו הפנימי של המעגל מפלס אפר (לוקוסים 107, 109; 0.2 מ' עובי); האפר התגלה גם מתחת לאבני הגוויל הקטנות. מפלס האפר התגלה גם ממערב לקיר 1 (לוקוס 113). נראה כי מעגל האבנים שימש כמחסה או כבסיס לאהל. הממצא על פני השטח ומן החפירה כולל פריטי צור שזמנם אינו ברור, בהם להבים, לרבות להב מגל, וחתיכת פח בן זמננו (בתוך האפר). נראה שפריטי הצור התגלגלו למקום מאתר במעלה הגבעה.