במתחם (1700 מ"ר; ר' איור 2) הוגדרו שמונה שטחי חפירה, שמתוכם נחפרו רק שישה

(60 ריבועים סה"כ; בשל מגבלות השטח לא כל הריבועים היו בגודל סטנדרטי): מבנה בית החולים (לא נחפר), השטחים הפתוחים של המתחם (EA; שטח B לא נחפר), שטח מבנה הבאוהאוס (F) ושטח נוסף באגף המגורים של הנזירות (G); שני המבנים הוסרו לחלוטין לקראת הבנייה במקום. בחלקים נרחבים משטחים אלה העמיקה החפירה עד לסלע; הירידה עד לסלע בשאר שטחי החפירה תושלם בעונות הבאות.

נחשפו שרידים המיוחסים לתשע שכבות יישוב (איור 4):
שכבה
תקופה
תאריך
I
שלהי התקופה העות'מאנית עד ימינו
סוף המאה הי"ט–המחצית הראשונה של המאה הכ' לסה"נ
IIA
שלהי התקופה העות'מאנית
ראשית המאה הי"ט לסה"נ
IIB
התקופה העות'מאנית
המחצית השנייה של המאה הי"ח לסה"נ
IV
התקופה הצלבנית
המאות הי"ב–הי"ג לסה"נ
V
התקופה האסלאמית הקדומה
המאות הח'–הי' לסה"נ
VI
התקופה הביזנטית
המאות הו'–הז' לסה"נ
VIII
התקופה ההלניסטית
המאות הד'–הב' לפסה"נ
IX
התקופה הפרסית
המאות הו'–הד' לפסה"נ
XI
תקופת הברונזה המאוחרת 2
המאה הי"ג לפסה"נ
 
עיקר הממצא מיוחס למערך הביצור שהגן על הפינה הדרומית-מזרחית של יפו בימי הממלכה הצלבנית ובתקופה העות'מאנית: חלקלקה שמפנים לה הוקם מבנה מבוצר, אולי מגדל או שער (להלן: 'בית הבסטיון', שלבים ראשון ושני), מן התקופה הצלבנית; ובסטיון מן התקופה העות'מאנית, שהוקם על גבי החלקלקה, ובו שולב בית הבסטיון, אשר הורחב בשלב זה (שלב שלישי). לממצא זה חשיבות רבה לא רק בשל ממדיו העצומים ומצב השתמרותו הטוב, אלא גם משום שלראשונה בתולדות החפירות ביפו נחשפו שרידי ביצור ברורים המתוארכים בוודאות לעיר הצלבנית. מדרום למערך הביצורים משתרע שדה קבורה מתקופות הברונזה המאוחרת, הפרסית וההלניסטית – המשכו נחשף בעבר במתחם אנדרומדה שמדרום לשטח החפירה (חדשות ארכיאולוגיות קו:79–80) – התורם לשחזור גבולותיו של תל יפו הקדום.
להלן יתוארו השכבות מן הקדומה למאוחרת.
 
שכבה XI בתקופת הברונזה המאוחרת שימש האזור לקבורה. בשטח F נמצאה מערת קבורה חצובה בסלע שתקרתה התמוטטה (איור 1:4). המערה לא נחפרה, אך במילוי שבחללה נמצאו עצמות אדם ושברי כלי חרס: קערות, ובהן 'קערות חלב', קנקנים ופכיות. פיר סמוך (0.6 קוטר) חצוב בסלע הוליך כנראה לחלל קבורה נוסף (איור 2:4). בשטח E נתגלה בור עגלגל חצוב בסלע, ככל הנראה מערת קבורה נוספת, שאף הוא לא נחפר (איור 3:4). בתחתיתו הותקן פתח קטן שהוביל לחדר מלבני חצוב, שעל רצפתו נחו גושי סלע שהתנתקו מן התקרה. שברי חרס אחדים המתוארכים לתקופת הברונזה המאוחרת, שמקורם כנראה בסחף מהתל, נמצאו בהצטברויות ובשפכים המיוחסים לשכבות מאוחרות. נראה אם כן כי יש לאתר את גבולו הדרומי של התל הקדום מצפון לשטח החפירה.
 
שכבה IX. בתקופה הפרסית המשיך בית הקברות להתקיים באזור זה. בשטחי החפירה זוהו לפחות 13 קברים משני טיפוסים: קברי שוחה חצובים בסלע לקבורת יחיד, ומערות קבורה ששימשו לקבורת רבים. מערות הקבורה, שנתגלו ברובן בשטח E, טרם נחפרו וכך גם רוב קברי השוחה. הקברים נמצאו מכוסים בחול כורכרי גרוס, ובחלקם אפשר היה להבחין בעצמות אדם ובשברים של כלי חרס מן התקופה הפרסית. קבר שוחה מלבני אחד בשטח E תועד תיעוד ראשוני בלבד: הוא נחצב בקפידה יתרה וגופת הנפטר שהונחה בו כוסתה בשברים גדולים של קנקן ששיוו לה מראה של ארון קבורה אנתרופואידי (איורים 4:4; 5). לצד הנפטר נמצאו מנחות קבורה המתוארכות למאות הה'–הד' לפסה"נ: כלי חרס תמימים, ובהם פכית, סקיפוס ונר שמן, וכן שברי קנקן. בשכבות המאוחרות נמצאו פריטים אחדים מן התקופה הפרסית שלא באתרם, ובהם כלי בהט. כן נתגלו שלא באתרן צלמיות אנתרופומורפיות וזואומורפיות, המתוארכות לתקופה הפרסית ולראשית התקופה ההלניסטית.
 
שכבה VIII. מן התקופה ההלניסטית נמצאו קברי שוחה פשוטים ויסודות של מבנה גדול (מבנה ציבור? שטחים D, E). נתגלו שישה קברי שוחה: המתים הונחו פרקדן בשקעי סלע טבעיים עם מנחות קבורה משני עבריהם. אלו כללו כלי חרס, בעיקר קערות ואמפורות, אשר נמצאו תמימים. חלק מן הקברים נפגעו בעת כריית תעלות יסוד למבנה איתן ורחב ממדים, המאוחר אך במעט לזמנם של הקברים. בתעלות היסוד (1.2 מ' רוחב), החצובות בסלע, השתמר נדבך יסוד יחיד הבנוי מאבני גוויל שהוקצעו בגסות לקבלת מתאר מלבני והונחו בשיטת הראשים (איורים 5:4; 6). את תעלות היסוד חתמה הצטברות משכבה VI, אך הן נהרסו בחלקן עם התקנת החפיר הצלבני של שכבה IV. טיבו של המבנה אינו ברור; מאחר שאזור זה שימש לקבורה אפשר שהוקם בו מאוזולאום, אך אפשר גם שהמבנה שימש עמדה מבוצרת שהוקמה מחוץ לחומות העיר ההלניסטית, בתוך שטח הנקרופוליס.
ממצאים מן התקופה ההלניסטית נמצאו במילויים מעל סלע הכורכר בכל שטחי החפירה. אלה כוללים שברי כלי חרס מן המאות הג'–הב' לפסה"נ, ובהם כלי ייבוא מאתיקה, ממצרים ומאסיה הקטנה. במילויים משכבות מאוחרות יותר זוהו 13 ידיות אמפורה רודיות המתוארכות למאה הג' לפסה"נ, מטבעות, רובם תלמיים (המאות הג'–הב' לפסה"נ), ומשקלות נול עשויות חרס. ממצאים אלה, כמו שאר הממצאים מן התקופה ההלניסטית, מיוחסים אך ורק לתקופה ההלניסטית הקדומה, ללא כל עדות להתיישבות במקום בתקופה ההלניסטית המאוחרת (התקופה החשמונאית; המאה הא' לפסה"נ).
 
שכבה VI. לתקופה הביזנטית מיוחסים שרידי בנייה והצטברויות עם מגוון ממצאים. אף שבמתחם אנדרומדה הסמוך נתגלו קברים מן התקופה הביזנטית, לא נתגלו קברים כלשהם בשטחים שנחפרו, עדות לכך שגבולו הצפוני של שדה הקבורה מן התקופה הביזנטית נמצא מדרום למתחם בית החולים וכי שטחי החפירה נכללו בתחום העיר הביזנטית או השתרעו ממש למרגלותיה.
בשטח F נתגלתה תשתית עשויה אבני גוויל מעל סלע הכורכר (11 מ' אורך חשיפה, 2.5 מ' רוחב) הבנויה בציר צפון-מזרח–דרום-מערב (איור 6:4), אולי בסיס לקיר איתן. במילוי התשתית נמצאו שברים של אגן טבילה מעוטר עשוי שיש. כן נתגלו בשטח E שרידים דלים ומקוטעים של מבנים, מפלסי חיים ורצפת מתקן. בשטח D, מעל מפלס הסלע, נמצאה הצטברות של עפר בגוון אדמדם שנחתכה בעת התקנת החפיר של שכבה IV. בהצטברות נמצאו שברי כלי חרס מן המאות הה'–הו' לסה"נ, ובהם כלי ייבוא – כלים ממורקים אדום מצפון אפריקה, מפוקאה ומקפריסין, וכן אמפורות מסוריה – וכן כלים מקומיים וקנקני עזה. על חלק משברי כלי החרס נמצאו צלבים חרוטים. כן נמצאו בהצטברות שברי חרס שחוקים אחדים מן התקופה הרומית הקדומה (המאה הא' לסה"נ), ובהם כלי טרה סיגילטה, סירי בישול וכלי אבן במסורת יהודית, המעידים על התיישבות באזור בתקופה זו. הממצא הנומיסמטי משכבה זו מתוארך ברובו למאות הו'–הז' לסה"נ, ועיקרו מטבעות ברונזה בעריך של פוליס.
ממצא מן התקופה הביזנטית נתגלה גם במילויים מן השכבות המאוחרות: רעפי חרס, שברי ריצוף ושיבוצי אופוס סקטילה משיש, שמקורם ככל הנראה במבנה ציבור גדול, וכן שבר קטן של אריח שיש הנושא כתובת גרפיטי של צליין ובה בקשה מישו לרחמים בעולם הבא, שלצדה צלב (איור 7). דומה כי מקורם של הממצאים בכנסייה מן התקופה הביזנטית; אפשר שהכנסייה ניצבה במקום ונהרסה כליל או שיש לאתרה בקרבת מקום.
 
שכבה V. נראה כי בתקופה האסלאמית הקדומה (המאות הח'–הי' לסה"נ) השתרע במקום רובע מגורים, שממנו נותרו שרידי בנייה מקוטעים בכל שטחי החפירה (איור 4). אלה כוללים יסודות של קירות, קטעי רצפות, מתקנים מטויחים, בורות ספיגה רבועים (איור 8) ובריכות אגירה, שהושתתו על שרידים, הצטברויות ומילוי משכבות VIII ו-VI. בחלק מן הבתים זוהו שלבי בנייה אחדים, שכללו הרמת רצפות וביטול קירות. ברצפת אחד מן הבתים שולב קטע מכתובת בערבית שממדיה הקטנים מקשים על פענוחה. ההצטברויות של שכבה זו מתאפיינות באדמה בגוון חום כהה ובשפע של שברי כלי חרס המתוארכים למן אמצע המאה הח' עד למאה הי' לסה"נ. אלה כוללים כלי צלהב, פכים, קערות וצלחות מזוגגות, סירי בישול ומחבתות מזוגגות. כן נמצאו בשכבה זו שתי ידיות קנקן עם טביעת פנטגרמה כנגד עין הרע, בובה עשויה עצם, משקולות פלך, מטבעות המתוארכים ברובם לתקופה העבאסית (המאה הט' לסה"נ) ושתי כתובות בערבית המוטבעות על ידיות קנקן: האחת מזכירה את מנזר דיר סמואל והשנייה לשונה "אלוהים אחד".
 
שכבה IV. מן התקופה הצלבנית נחשף ביצור מרשים ויוצא דופן בממדיו: חלקלקה בנויה (איור 7:4) שלאורכה נמשך חפיר (איור 8:4, 9), מבנה אומנות איתן ('בית הבסטיון'; איור 10:4) – אולי שרידיו של מגדל או שער – שבו זוהו שני שלבי בנייה המיוחסים לשכבה IV ושלב שלישי המיוחס לשכבה IIB (להלן), וחומה אשר תחמה את החלקלקה מצפון-מערב, שממנה שרדה תעלת היסוד בלבד (איור 11:4).
החלקלקה והחפיר ששרידיהם נתגלו בכל שטחי החפירה, נבנו בתוואי עגלגל או סגלגל (כ-35 מ' קוטר; איורים 9 ,10). גובה השתמרותה של החלקלקה כמעט אחיד (למעלה מ-3 מ'). נראה כי במקור היה גובהה רב יותר והיא נגדמה במהלך התקופה העות'מאנית, בעת הקמת הביצורים שמעליה (שכבות IIAIIB), או אולי בתקופה הממלוכית. החלקלקה נבנתה בשיפוע ויחד עם החפיר חדרה אל תוך מילויים ושרידים מן השכבות הקדומות. נדבך היסוד של החלקלקה בנוי אבני גזית, שהושתתו על הסלע בניצב לשיפוע החלקלקה. בכמה מקומות שבהם פני הסלע היו גבוהים, נחצב הסלע כדי להעמיק את בסיס החלקלקה וקרקעית החפיר. שיפוע החלקלקה דופן באבני גזית אשר הושתתו על מצע של אבני גוויל קטנות; בין אבני הגזית הונח חומר מליטה אפרפר. לנדבכי הגזית התחתונים שימשו אבנים גדולות למדי (0.4×0.5 מ' בממוצע) ומהוקצעות היטב, ואילו הנדבכים העליונים נבנו מאבני גזית קטנות יותר (0.2×0.3 מ' בממוצע) אשר נחצבו ברישול מה. ייתכן שהשוני נובע מזווית השיפוע ההולכת ונעשית חדה יותר בחלקה העליון של החלקלקה או לחילופין אפשר שהנדבכים העליונים הם תיקון מאוחר, אך אין לכך סימוכין ארכיאולוגיים בשלב זה של המחקר. החפיר (14 מ' רוחב עליון מרבי; איור 9:4) הולך ונעשה צר בחלקו התחתון (6–7 מ' רוחב; איור 8:4). הדופן הנגדית לחלקלקה אף היא בנויה בשיפוע, אך בניגוד לרעותה לא דופנה באבנים אלא נאטמה בשכבת כורכר גרוס ומהודק. בתוך החפיר נמצא מילוי עפר בגוון אפרפר-שחרחר. לא נמצאו בו סימני חורבן או אבני מפולת, ועל כן יש להסיק כי החפיר נאטם במסודר ובמכוון.
'בית הבסטיון' (איור 10:4) נחשף בשטח G. בשלב הראשון היה זה מבנה רבוע, שכלל ארבע אומנות יצוקות (1.5×1.5 מ') שנשאו קשתות רחבות ועמוקות (איור 11). האומנות הושתתו על סלע הכורכר ולפיכך חדרו דרך שכבות VIII ,V ו-IX. היציקה עשויה בליל של אבני גוויל בינוניות וקטנות מעורבות בחומר מליטה אפרפר עם שברי פחם וסיד. בשלב השני הוצמד לזוג האומנות המזרחי זוג אומנות נוסף (1.1×1.1 מ'), שנבנה בשיטה דומה והושתת על הסלע, והקשת שבין האומנות הוגבהה. ייעודו של המבנה אינו ברור, אך מיקומו, שיטת הבנייה בו וגודלו מצביעים על כך שהיה קשור למערך הביצורים, ואפשר ששימש מסד למגדל/שער או בסיס לגשר.
כן נחשף בשטח G קטע מתעלת יסוד (11 מ' אורך), ככל הנראה של חומה אשר תחמה בתקופה הצלבנית את החלקלקה מצפון-מערב. מתעלת היסוד, אשר חתכה מבנים משכבה V ונחצבה אל תוך סלע הכורכר בציר דרום-מערב–צפון-מזרח (איור 11:4), נחשפה רק הדופן המזרחית; אף שהדופן המערבית לא נחפרה בשל בעיות טכניות, נראה כי התעלה נועדה להקמת ביצור – קיר שרוחבו עלה על שני מטרים. תעלת השוד שהעמיקה עד לקרקעית תעלת היסוד מעידה כי הביצור נשדד כמעט לחלוטין. כל שנותר מן הביצור הוא קטע מבליל יצוק של אבני גוויל וחומר מליטה ואבני גזית אחדות, רמז לשיטת הבנייה של הביצור. דומה כי הקיר אשר נבנה בתוך תעלת היסוד נקשר למערך הביצור שכלל את 'בית הבסטיון' על שני שלביו ואת החלקלקה, אך הקשר ביניהם טרם הובהר.
על אופיו הצבאי של חלק זה של העיר בתקופה הצלבנית מעידים, לצד הביצורים, פריטי המתכת מתקופה זו שנתגלו בחפירה: ראשי חצים וחניתות, וכן ממצא נדיר של דוקרנים
(caltrops; איור 12) וגרזן מלחמה. הממצא הארכיאוזואולוגי בשכבה זו כלל כמות ניכרת של עצמות חזיר וסוסים, עדות לתפריט של אנשי הממלכה הלטינית ומקומו החשוב של הסוס בו, ולשוני הניכר בין תפריטם לזה של אנשי השכבות האחרות, שבהן הייתה נוכחות דומיננטית של עצמות עזים, כבשים ובקר.
תמוהה העובדה שלא נתגלו כלל שרידים של חומה או קיר, אשר בביצורים צלבניים נבנו בדרך כלל על גבי החלקלקה או שהחלקלקה נסמכה אליהם (talus). כמו כן, צורתה האליפטית והיקפה הגדול של החלקלקה ייחודיים וטרם נמצא להם הסבר, ואף מקומו של הביצור בעיר הצלבנית אינו ברור דיו. עם זאת, מתוך השוואה למקורות ההיסטוריים ולביצורים המוכרים של ערי החוף הצלבניות, אפשר שהממצא האדריכלי היה הפינה הדרומית-מזרחית של חומת העיר התחתית (faubourg), אשר כללה מגדל עגול רחב ממדים, כפי שמעיד מהלך החלקלקה; או לחלופין, היה זה חלק מביצור – מצודה או מגדל מבוצר (donjon) – שהוקם בתוך תחום העיר המוקפת חומה.
זהותו של מקים הביצורים אף היא לוטה בערפל. כלי החרס המתארכים את מרכיבי מערך הביצור מיוחסים למן אמצע המאה הי"ב עד לשנים הראשונות של המאה הי"ג לסה"נ. ממצא המטבעות משכבה זו מועט למדי ומרביתו מטבעות הנושאים את שמו של המלך אמלריך (1163–1174), אשר נטבעו ככל הנראה במטבעה בירושלים. על פי תאריכים אלה דומה שיש לייחס את הקמת הביצור לריצ'ארד הראשון (לב הארי; 1191–1192 לסה"נ) ולפרדריך השני (ברברוסה; 1225–1243 לסה"נ) ובנו, אשר לפי מקורות בני התקופה שיפצו בשנים אלו את חומות העיר. אולם אפשר גם שמקורם של שברי כלי החרס הספורים שעליהם מבוסס תיארוך הביצור הוא מן הסביבה הקרובה ולא מן הביצורים עצמם, וכי אלה הוקמו באמצע המאה הי"ג לסה"נ על ידי לואי התשיעי (1250–1254 לסה"נ), הבונה הגדול של ערי החוף הצלבניות.
במילוי שבתוך החפיר נמצאו שברי כלי חרס מן המאה הי"ג לסה"נ וכן מטבע מן התקופה הממלוכית. ע' שטרן מציעה כי ייתכן שממצא זה מעיד שהחפיר נסתם בתקופה הממלוכית. דומה כי תאריך זה מתאים, שכן בתקופה הממלוכית נהרסו הביצורים באזור זה וניטשו. למעט בור אשפה בשטח E, שנחפר אל תוך השכבות הקדומות ומיוחס לתקופה זו, ומטבעות אחדים מן המאה הי"ד לסה"נ שנתגלו בשכבות IIBI, לא נתגלו שרידים המתוארכים לתקופה הממלוכית. העדר הממצא מתקופה זו מתאים למקורות ההיסטוריים בני התקופה ולראיות הארכיאולוגית העולות מן החפירות הנערכות בשנים האחרונות ביפו, המצביעים על כך שגבולותיה של יפו בתקופה הממלוכית הצטמצמו ושטחים נרחבים מן העיר עמדו חרבים ושוממים.
 
שכבה IIA. מן המאה הי"ח לסה"נ נחשף יסוד של חומה הנמשך בציר צפון-מזרח–דרום-מערב (15 מ' אורך חשיפה, 2.2 מ' רוחב; איור 12:4). תוואי החומה נבנה לאורך תוואי החומה של שכבה IV, שתעלת היסוד שלה התגלתה כ-0.5 מ' מתחת ליסוד. היסוד כולל קשתות מקלות, שעליהן הושתתה החומה, ונדבכי יסוד אחדים שהשתמרו יחדיו לגובה מרבי של למעלה משני מטרים. יש לשער שהחומה מתחברת לפינה הצפונית- מזרחית של שלב הבנייה השלישי של 'בית הבסטיון', אך מקום החיבור המשוער טרם נחפר.
בשלב הבנייה השלישי ב'בית הבסטיון' עובה המבנה משכבה IV: הוא הוקף בבניית גזית, כך שנוצר מבנה רבוע שפינותיו מעוגלות, ככל הנראה מגדל אשר התנשא לגובה רב (איור 13:4). מן המבנה נחשפו שלוש פאות; הרביעית חבויה מתחת למבנים מודרניים. קירות המגדל נבנו על קשתות מקלות רחבות ועמוקות, אחת בכל פאה. הקירות והקשתות השתמרו לגובה מרבי של 5.5 מ'. יסודות המגדל חדרו אל תוך שרידי החלקלקה משכבה IV ומשום כך אי אפשר לעמוד על הקשר בין החלקלקה לבין שני שלבי הבנייה הראשונים של 'בית הבסטיון'. בתעלת היסוד של קירות המגדל ובתעלת השוד של הקירות נמצאו חרסים ספורים מן המאה הי"ח לסה"נ.
ביצורים אלה הם הביצורים שנפוליון הרס עם כיבוש יפו בשנת 1799; המגדל מצוין במפת ז'קוטן כ-Tour ébréchée (המגדל המט לנפול או המגדל הסדוק).
 
שכבה IIB. נחשפה פינתו הדרומית-מזרחית של מערך הביצור העות'מאני מראשית המאה הי"ט לסה"נ, שאל תוכו שולבו שרידי הביצור משכבה IIA. הביצורים, התואמים להפליא למקורות ההיסטוריים והכרטוגרפיים בני התקופה, הוקמו על ידי השליט העות'מאני מחמוד אגא א-שאמי פחה, המכונה 'אבו נבוט', בעזרתם של האנגלים לאחר נסיגת נפוליון.
מערך הביצור כלל את החומה הפנימית והמגדל ('בית הבסטיון') משכבה IIA (איור 12:4, 13); בסטיון מבוצר (איור 14:4), שחלש על בסיס החומה והמבואות הדרומיים-מזרחיים של יפו, אשר הוצמד מבחוץ אל החומה הפנימית משכבה IIA; משטח לחימה קדמי
(fausse-braye; איור 15:4), שהקיף את הבסטיון והחומה; וכן חפיר (איור 16:4) וקיר הנגד שלו (איור 17:4), שהקיפו את משטח הלחימה.
הבסטיון הוא מבנה מחומש הבנוי מקיר פנימי (1.5 מ' רוחב), שסגר על חצר, ומקיר חיצוני (2.5 מ' רוחב), שנבנה במקביל לקיר הפנימי. בין שני הקירות, שניגשו אל החומה הפנימית משכבה IIA, השתרע משטח שעליו נעו הלוחמים ומוקמו התותחים. יסודות הבסטיון ותעלות השוד שלהם נחשפו בכל שטחי החפירה. הקיר החיצוני של הבסטיון (איור 14:4; שטח F) שולב בגדר ההיקפית של מתחם בית החולים, הפונה אל סמטת מזל תאומים, והודות לכך השתמר לגובה של 3 מ' (איור 13). בין קירות הבסטיון (שטח G) זוהו האומנות אשר נשאו את הקומה העליונה של הבסטיון. בחצר הבסטיון פעלה נפחייה שבה יוצרו כדורי תותח, שממנה שרד מתקן מלבני ובו שכבה עבה של אפר ופחם. בשטח הבסטיון נמצאו כדורי תותח רבים, ובקרבת המתקן נותרו כדורי תותח מעוותים שנפגמו בתהליך הייצור לצד סיגי מתכת ואבני כורכר שנשרפו ושינו את צורתן בטמפרטורה הגבוהה.
בשטח D נחשף קטע ממשטח הלחימה הקדמי (איור 15:4): רצועה רחבה המקיפה את הקיר החיצוני של הבסטיון ומשתרעת עד לחפיר. רצפת המשטח עשויה שכבה מהודקת של כורכר גרוס וחומר מליטה, שהונח על גבי מילויים משכבות קדומות. משטח זה היה קו ההגנה האחרון לפני הבסטיון, שבו אפשר היה ללכוד את האויב אם זה פרץ כבר את החפיר ועמד לפרוץ את חומות הבסטיון. המשטח נפגע עם הקמת יסודותיו של המבנה משכבה I.
קטע מן החפיר (13 מ' רוחב משוער; איור 16:4) שהקיף את משטח הלחימה הקדמי נחשף בחלקו בשטח A. כן נחשפה תעלת השוד, היא תעלת היסוד של קיר הנגד של החפיר (8 מ' אורך חשיפה, 2 מ' רוחב; איור 17:4). בתעלת היסוד נמצאה יציקה של אבני גוויל עם אדמת חמרה, שיטת בנייה האופיינית לביצורים העות'מאניים. החפיר וקיר הנגד שלו, אשר נבנה בשיפוע ודופן בשכבה עבה של כורכר גרוס ומהודק (איור 14), העמיקו אל תוך מילויים של שכבות קדומות. בחפיר נמצא מילוי שהכיל ממצא מן המאה הי"ט לסה"נ.
 
שכבה I. בשנות השבעים והשמונים של המאה הי"ט לסה"נ נפרצו חומות העיר והחפיר נסתם. בכך ניתן האות להתפשטותה של יפו מזרחה וצפונה. אחד המבנים הראשונים מחוץ לחומות הוא המבנה דמוי האות ח' שהוקם על ידי ממשלת צרפת כדי לשמש אכסניה לצליינים, וברבות השנים הפך לבית חולים; תאריך הקמת המבנה, 1879, טבוע בגבס בתקרת הכנסייה. בחפירות בכנסייה נחשפו קברו של האב לוסיאן ג'לאס (L'abbé Lucien Gélas), ממקימי האכסניה שנטמן תחת רצפת הכנסייה בשנת 1884. ממצאי החפירה במבנה מלמדים על שיטת הבנייה בתקופה העות'מאנית: המבנה מושתת על מערכת של קשתות מקלות, הסדורות במרווחים קצובים (איור 15); קירות הבסטיון משכבה IIB שולבו ביסודות.
בשטחים D ו-E תועדו שתי בארות מים שפתחיהן נמצאים במפלס חצר בית החולים, ואשר נחצבו בסלע הכורכר עד מפלס מי האקוויפר (איורים 18:4, 19; 15). לצד פי הבאר בשטח E נראו שרידים של מכונה לשאיבת מים, אשר הזרימה את מי הבאר לבריכה סמוכה (איור 20:4). הבארות נאטמו, ככל הנראה עם התקנת מערכות מודרניות לאספקת מים.
בשטח A נחשף מתקן המורכב משלושה תאים פתוחים (2×2 מ', 1.4 מ' עומק; איורים 21:4; 16), הסדורים בטור ומטויחים בטיח פורטלנד. בשני תאים נמצאו מדרגות היורדות מפני השטח לתחתית התא; התא השלישי נמצא בחתך החפירה ולא נחשף בשלמותו. התאים נמצאו מלאים במילוי שהכיל כמות רבה של עצמות עוף מבותרות, סימני שרפה ורובד פיח, בקבוקי תרופות וממצאים מראשית המאה הכ' לסה"נ. נראה כי המתקן הוסב לשמש בור אשפה למטבח בית החולים לאחר שהשימוש המקורי בו פסק. ייעודו המקורי של המתקן אינו ברור; ייתכן ששימש מכבסה או מתקן רחצה למצורעים שהשתכנו במבנה מיוחד (Lasarette), שניצב מרחק קצר מדרום למתקן.
 
החפירה בבית החולים הצרפתי מאפשרת לשרטט את הגבול הדרומי של התל הקדום של יפו. היישוב למן תקופת הברונזה ועד לתקופה ההלניסטית השתרע מצפון לשטחי החפירה, אשר שימשו בתקופות אלו בית קברות. בתקופה הביזנטית החלה יפו להתרחב דרומה ושרידי היישוב שנחשפו מעידים על תהליך שהתעצם בתקופה האסלאמית הקדומה; נראה לפיכך כי יש לחפש את גבולות העיר בתקופות אלו מדרום לחפירה. בתקופה הצלבנית בוצר חלק זה של העיר. בתקופה הממלוכית האזור ניטש, אך הוא בוצר מחדש בשלהי התקופה העות'מאנית, ובמקום הוקם הבסטיון המרכזי והגדול של יפו; מקבילו הצפוני נחשף לאחרונה בחפירות הקישלה (חדשות ארכיאולוגיות 121). הבנייה המודרנית באזור זה – מבנה האכסניה/בית החולים, מגורי הנזירות, ואף סמטאות העיר הסמוכות – הושתתה על שרידי הביצורים העות'מאניים תוך שמירה על קווי התכנון הקדומים של יפו.