שטח A (איור 3). נחפרו שתי מערות שפתחיהן היו גלויים וכן הטרסה שבחזיתן, ובה שכבות יישוב ושרידי פעילות מארבע תקופות וממצא כלי חרס מתקופות נוספות. ממזרח לשטח A נחפר אזור בתחתית המדרון של הגבעה, אולם לא נמצאו בו עתיקות.

תקרת המערה המערבית הוסרה במחפרון, והמערה נחפרה עד רצפת הסלע. ניכר שבפעילות מאוחרת ומודרנית נוקתה המערה מרוב השרידים קדומים. במערה הצפונית נחפרה שכבה של ממצאים מודרניים עד לעומק של כ-1.4 מ', שמתחתיה הצטברות (1 מ' עובי) ובה ממצאים ממגוון תקופות, שנחה על קרקעית המערה. נתגלו קירות אחדים שחסמו את פתח המערה; חלקם נבנו לפני התמוטטותם של חלקים מתקרתה ואחרים — לאחר ההתמוטטות. גם במערה זו ניכרת פגיעה מפעילות מודרנית בממצאים מהתקופות העתיקות.
בחזית המערות, מדרום וממערב לפתחיהן, נחפרה צלע הגבעה המשתפלת דרומה מפתח המערות עד גבול השטח הנחפר (4 מ' עומק; איור 4) ובה הצטברות שרידים. השכבה הקדומה נמצאה על הסלע סמוך למערות, והיא מתוארכת לתקופה הכלקוליתית. הכיסוי העמוק של שכבת הלס מנע גישה לשכבת הסלע בשאר השטח, אך סביר להניח ששכבה זו השתרעה על פני שטח גדול יותר. בתקופה הכלקוליתית התקיים סמוך לפתח הקדום של המערה הצפונית אזור פעילות, ובו מתקנים, חדרים בנויים בקירות אבן שרצפתם אדמה מהודקת ורצפת אבן שמשולבים בה גושים קטנים של ביטומן. בחדרים נבנו מתקנים, בהם טבונים (איור 5), ונחצבו בורות בסלע. הממצא הקטן כולל כלי חרס, צור, עצמות, גרעיני דגנים מפוחמים, קליפת ביצת יען וכלי עבודה מאבן. הרצפות הרבות, זו מעל זו, מעידות על שלושה שלבי בנייה לפחות במהלך התקופה. אופיו של הממצא החומרי מעיד כי השטח נועד למלאכה ולא למגורים.
שכבת פעילות מתקופת הברונזה הקדומה נמצאה באזור פתחי המערות, מעל לשכבה מהתקופה הכלקוליתית, ובבורות באזור הדרומי של שטח A. גם בתקופה זו היו רצפות ומשטחים שעליהם חיו ועבדו תושבי האתר. גרם מדרגות איתן, בנוי היטב מאבני גוויל גדולות, מוביל אל תוך המערה הצפונית, ואפשר שנבנה בתקופה זו או עוד קודם.
מתקופת הברונזה התיכונה נמצאו רק כלי חרס, המעידים על נוכחות כלשהי. מאחר שלא נתגלו באתר שרידי בנייה או שכבת חיים מוגדרת מתקופה זו, אפשר שהנוכחות האנושית בתקופה זו התרכזה באזורים שטרם נחפרו.
מתקופת הברזל 2 נמצאו ארבע ממגורות שנחפרו לתוך שכבות של מילוי אפר, פסולת חפירה, ריכוזי אבנים קטנות ואדמת לס. הממגורות דופנו באבני גוויל בינוניות ורצפתן אדמה מהודקת. ארבע הממגורות קרובות מאוד זו לזו ואינן אחידות במידותיהן. בתקופה זו נבנו גם קירות גדרה מאבני גוויל.
מהתקופות הפרסית וההלניסטית נמצאו כלי חרס, ללא שרידי בנייה או שכבה מוגדרת.
באזור הדרומי-מערבי של השטח התגלו שרידי קירות, מתקנים וכלי חרס מן תקופה האסלאמית הקדומה, השייכים ליישוב קטן.
 
שטח B (איור 3). השטח נמצא בחלק הצפוני, הגבוה, של החפירה, באזור שמעל למערה הצפונית ועד לגבול השטח שהוקצה לחפירה. התגלו ממצאים אדריכליים מהתקופות הכלקוליתית והברזל 2, וממצא כלי חרס ללא שיוך סטרטיגרפי מהתקופות הברונזה הקדומה, הברונזה התיכונה, הפרסית וההלניסטית.
במהלך התקופה הכלקוליתית, התקיים בשטח יישוב ששרידיו כוללים, בין היתר, חדרים שמתארם סגלגל וקירותיהם בנויים אבן ולבני בוץ; בורות חצובים בסלע, מלאים בממצאים מהתקופה הכלקוליתית; רצפות עשויות אדמה מהודקת; ושרידי מדורות. שכבת היישוב מהתקופה הכלקוליתית התגלתה על הסלע או על שכבה דקה של אדמה המכסה אותו.
במהלך תקופה ארוכה שבה האתר לא היה מיושב, התכסתה השכבה מהתקופה הכלקוליתית באדמת לס.
הפעילות התחדשה עם התקנתן של 13 ממגורות, שאינן אחידות בקוטרן ובעומקן (איור 6), בשטח קטן, ללא מיקום מתוכנן. הן נבנו מאבני גוויל בינוניות וקטנות בתוך בורות שנכרו לתוך הלס. בשני מקומות החליפו ממגורות חדשות ממגורות קודמות במהלך תקופה אחת. באחת הממגורות שימש הסלע לרצפה, ואילו בממגורות האחרות הותקנה רצפה של אדמה מהודקת. הממגורות התגלו מלאות באדמת לס, שמכסה גם את הגבעה. על פי ממצא כלי החרס הן מתוארכות לתקופת הברזל 2.
שברי כלי חרס נוספים שנמצאו בשטח מתוארכים לתקופות הברונזה הקדומה, הברונזה התיכונה, ההלניסטית והפרסית, והם מעידים כי גם בתקופות אלו היה האתר מיושב, ככל הנראה גבוה יותר במעלה הגבעה.
 
שטח C. בחלק המערבי של שטח החפירה, על המדרון הדרומי של גבעה, נחפרו 14 ריבועים. בשלושה מהם זוהו קירות מאבני גוויל שאי אפשר לתארך. בריבועים האחרים, שנחפרו עד לסלע, התגלו כלי חרס מהתקופות הברונזה, הברזל, הפרסית וההלניסטית. יש להניח שכלי החרס נסחפו ממעלה הגבעה, מצפון לתחום החפירה, שם זוהו שכבות יישוב של האתר.
 
שטח D. נמצאו שתי מערות: מערבית, שתקרתה התמוטטה בעבר ובחפירה נחפרה הטרסה שלה, ודרומית שלא הייתה גלויה ופתחה נחשף במהלך החפירה; מערה זו נחפרה בכלי מכני לאחר הסרת תקרתה. מעל המערות ובתוכן נתגלו שרידים אדריכליים. במרחק מה מן המערות נתגלה ממצא כלי חרס מועט, ללא בנייה.
מהתקופה הכלקוליתית התגלו שני קירות, שנבנו על הסלע מעל המערה הדרומית וקירות נוספים בקרבת מקום. המפלס מהתקופה הכלקוליתית נמשך מזרחה, אל תוך שטח B. בכל השטח המזרחי של האתר נתגלו על פני הסלע בורות מלאים בכלי חרס ואבן מהתקופה הכלקוליתית. שרידי היישוב מהתקופה הכלקוליתית נמחו בתקופה מאוחרת, אך בסדקי הסלע נשארה כמות גדולה של כלי חרס. גם בתוך המערה הדרומית נראים שרידים כלקוליתיים המרוכזים בבורות, מתחת לשכבת פעילות מאוחרת.
מתקופת הברונזה הקדומה לא נתגלו מפלסי חיים או בנייה, אך בכמה ריבועים נחשפו מפלסים שבהם נמצאו כלי חרס מתקופה זו בלבד.
מתקופת הברונזה התיכונה והמאוחרת התגלו ממצאים פזורים.
מתקופת הברזל 2 התגלו באזור המערבי של השטח קירות ומפלסי חיים שבהם ממצא כלי חרס ומתכת. בתקופה זו היו לפחות שני שלבי בנייה הניכרים בבניית הקירות.
מהתקופות הפרסית וההלניסטית התגלו קירות איתנים (כ-1 מ' רוחב) בשלושה מקומות בשטח D (איורים 7, 8). נבנה קיר סוגר לפתח המערה המערבית, הניגש אליה מדרום, וככל הנראה ממשיך אל הסלע מצפון. לאחר הקמתו נפלו עליו חלקים מתקרת המערה. קיר זה שימש לפחות בשני שלבים בתקופה, וקשורים אליו מפלסי חיים ורצפות. על הסלע מעל המערה הדרומית נבנו שני קירות איתנים שיצרו פינה. במערה הדרומית נבנו קירות איתנים לתיחום אזורים בפתח המערה. כלי החרס מתקופה זו נפוצים מאוד בשטח D ונדירים בשטחים האחרים של החפירה.
מהתקופה הרומית התגלה ממצא כלי חרס לא בשכבה ברורה. מהתקופה הביזנטית נאספו כלים ובהם כלי יבוא, אך אלה לא נמצאו בהקשר אדריכלי או סטרטיגרפי.
 
שרידי הבנייה באתר הם מבנים ומתקנים מהתקופות הכלקוליתית, הברונזה הקדומה, הברזל 2, הפרסית–ההלניסטית והאסלאמית הקדומה. ממצא כלי החרס מעיד על התיישבות באתר בתקופות נוספות. החיים בתקופות הקדומות היו בתוך המערות הטבעיות, סמוך לפתחיהן ומעליהן. הבסיס לתיארוך השכבות הוא ממצא כלי החרס; בהמשך המחקר יתווספו תוצאות של תיארוכים רדיומטריים.
מכלול כלי אבן שנמצא באתר מוסיף מידע על הגדרת אזורי הפעילות. מעט כלי עצם התגלו בשכבות מהתקופה הכלקוליתית, ואילו עצמות בעלי חיים נמצאו בכל השכבות. בממצא הצור כלים רבים וגרעינים.
 
בתקופה הכלקוליתית התקיים על הגבעה שמצפון-מערב לחורבת כסיף אתר גדול ובו אזורים נפרדים למגורים ולפעילויות ייצור של משק הבית. בתקופת הברזל נבנו באתר, בריכוז יוצא דופן, 17 ממגורות צפופות, המלמדות הן על יכולת חקלאית חזקה, שסיפקה עודפי דגן לאחסון, והן על יכולת ניהול המלאי הזה של גורמי שלטון ריכוזיים. בתקופת הברזל 2 יש הפרדה באתר לאזורי פעילות; המבנים נבנו בריחוק מהממגורות. בתקופות הפרסית–ההלניסטית התקיים יישוב רק בשטח D, בחלק הגבוה של האתר. היישוב התרכז בפתחי מערות, בתוכן ומעליהן. בתקופה האסלאמית הקדומה התקיים יישוב קטן בחלקו המערבי של שטח A. ממצא כלי החרס מהתקופות הנוספות מצביע על יישובים נוספים שלא התגלו עדיין; סביר להניח שאלה נמצאים במעלה הגבעה, על אחת משתי כיפותיה, ובמדרונותיה המערביים.
שכבות היישוב שהתגלו בחפירה עולות בקנה אחד עם הידוע על המערך היישובי באזור בתקופות השונות. בתקופה הכלקוליתית, היישוב הקרוב ביותר לאתר הוא תל ערד (Amiran 1978), כ-8 ק"מ צפונית-מזרחית לו. נבטים נמצא כ-18 ק"מ דרומית-מערבית לו (גלעד ופביאן 2001), ותל שבע, אתר גדול מהתקופה הכלקוליתית, כ-20 ק"מ דרומית-מערבית לחורבת כסיף (עבאדי-רייס 2008). אתרי בקעת באר שבע נמצאים הלאה במערב. בשטח מפת סקר 139 (ממערב לאתר) זוהו 16 אתרים מהתקופה הכלקוליתית שלא נחפרו (גוברין תשנ"ב). הקרבה הגיאוגרפית לאתרים הכלקוליתיים והשתייכותו לאתרי התרבות הע'סולית מעידות שהיישוב הכלקוליתי באתר היה חלק ממערך האתרים מהתקופה הכלקוליתית בצפון הנגב.
בתקופת הברונזה הקדומה התקיימו באזור חורבת כסיף (צפון-מערב) שני מרכזים עירוניים, תל ערד ותל להב; בסקר מפת יתיר זוהו 14 אתרים נוספים מהתקופה (גוברין תשנ"ב). שרידי הנוכחות האנושית באתר מתקופת הברונזה הקדומה אמנם מקוטעים, אך האתר היא ללא ספק חלק מהפיזור המוכר של אתרים פרוזים בתקופה זו שבהם חיה אוכלוסייה ששילבה חקלאות ונוודות עונתית יחד עם קשר למרכזים העירוניים.
בתקופת הברזל היה האתר חלק מהמערך היישובי באזור, הכולל מצודה בתל ערד (כהן תשמ"ח), ערים בתל משוש (Kempinski 1978) ובתל באר שבע (Aharoni 1984) ויישובים כפריים (גוברין תשנ"ב). דומה כי מספרן הרב של הממגורות ביישוב מתקופת הברזל 2 מעיד כי הוא שימש מחסן תבואה מרכזי.
היישוב על הגבעה סמוך מאוד לשרידים מהתקופות הביזנטית והאסלאמית הקדומה, שהתגלו בסקרים ובחפירות בדיקה בחורבת כסיף. מקרבתם של האתרים – משני צדי הוואדי – עולה שבתקופות אלה האתר בחורבת כסיף (צפון-מערב) היה חלק מהיישוב בחורבת כסיף.
 
בחורבת כסיף (צפון-מערב) נחשף אתר רב-שכבתי מתקופות שלא היו מוכרות עד כה בגבעה זו. מאופי היישוב מתבהרים מהות ההתיישבות באזור וקשריהם של תושבי המקום עם סביבתם ועם אתרים מרוחקים יותר. הממצאים מעידים על אתר רב-שכבתי ורב-שימושי (אולי: שבו התבצע מגוון פעולות) במהלך תקופות המשתרעות על פני אלפי שנים. החפירה, שהוגבלה לתוואי הכביש המתוכנן, חשפה רק מקצת מאתר גדול שלא היה מוכר עד כה.