בחודשים יוני ויולי 2011 נערכה חפירת הצלה ביקנעם עילית (הרשאה מס' 6218-A; נ"צ 2095-8/7279-82), לקראת בניית שכונת מגורים. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון משרד הבינוי והשיכון, נוהלה על ידי י' טפר (צילום שטח), בסיוע י' לבן (מנהלה), י' חושקר וע' זידאן (ניהול שטחים), א' האג'יאן, מ' קונין וט' מלצ'ן (מדידות ושרטוט), י' ביבס (צילום שטח), א' שפירו וח' בן-ארי (GPS), ד' שיאון (גלאי מתכות), חברת Sky view (צילום אוויר), ק' ורדי, א' ירושביץ, ר' אקשטין וע' מרדר (ממצא צור), ג' נגר וא' פחימה (שימור פסיפסים), ע' חמו, י' שאלתיאל וי' סער (שימור) ופועלים משפרעם, ערערה, כפר קרע ואום אל-פחם.
החפירה נערכה על גבעה, בחלק הצפוני של רמות מנשה, מדרום-מערב לתל יקנעם ומצפון-מערב לחורבת חנות קירה (יפה וחנא 2011; טפר 2012). נפתחו שלושה שטחי חפירה (C–A). שטח A נפתח בראש הגבעה, ותועדו בו מחשופי סלע ושטחי חציבה וסיתות של צור מתקופות פרהיסטוריות. שטחים B ו-C נפתחו במדרונות הגבעה, ונחפרו בהם קירות תמך של מדרגות עיבוד, גדרות וערמות סיקול. בשטחB נחפרה גם מערת קבורה. נוסף על אלה, נחשפו שלושה מוקדי מלאכה ומתקנים: בשטח A נחשפו שלוש גתות וכבשן (איור 1); בשטח B נחשף מכלול של שתי גתות (איור 2) ובשטח C נחשף בור איגום (איור 3). זוהו שש שכבות (I–VI) המתוארכות לתקופות הפלאוליתית, הניאוליתית, הכלקוליתית, הרומית, הביזנטית, האסלאמית הקדומה, הצלבנית, הממלוכית והעות'מאנית.
שכבה VI – תקופות פרהיסטוריות. נאספו כמה עשרות כלי צור ונתזים המתוארכים לתקופות הפליאוליתית, הניאוליתית והכלקוליתית. בשטח C, בראש הגבעה, נמצאו מחשופי סלע ובהם ריכוזי צור לווחי ובולבוסי צור ולצדם סימני חציבה.
שכבה V – התקופה הרומית. בשטח A נחשף קטע מרצפת פסיפס צבעונית, כנראה מפינת מבנה אמידים. בפסיפס זוהו לפחות חמישה גוונים וכמה פנלים שבהם עיטורים של דגמי גיוש ושיניות, היוצרים פינה של מבנה (לפחות 3.5 × 5.0 מ'). את רצפת הפסיפס חותכים בדרום שרידי שכבה מאוחרת. בשטח B נחפרה מערת קבורה, ששימשה בתקופה העות'מאנית למגורים, ונראה שיש לתארך את חציבתה לתקופה הרומית.
שכבה IV – התקופה הביזנטית. בשטח A נחשפו שלוש גתות מטיפוס מכבשי בורג, ערוכות בשורה מצפון לדרום, ולצדן קיר רחב. מהגת הצפונית שרד משטח דריכה מרוצף בפסיפס לבן ובור איגום, שאליו יורדים בגרם מדרגות. מהגת הדרומית שרדו מפלסי תשתית של פסיפס, בסיס המכבש ובור איגום. בין שתי הגתות נמצאו שרידי גת נוספת, שממנה שרדו בור האיגום ומשטח הדריכה. בשטח B נחשפו שתי גתות מטיפוס מכבשי בורג, ניצבות זו לזו ומוקפות בגדרה. בשטח C נמצא מתקן נוסף, שבו בור איגום בלבד. כלי חרס מהתקופה הביזנטית שנמצאו בחפירת המתקנים, הגדרות ומדרגות העיבוד מצביעים על פעילות חקלאית אינטנסיבית באתר בתקופה זו.
שכבה III – התקופה האסלאמית הקדומה. בשטח A נבנה כבשן לתוך בור האיגום של הגת האמצעית. הכבשן נמצא נקי ממצא. בשפך אפר מדרום לכבשן נאספו שברי כלי חרס מהתקופה העבאסית. פסולת זכוכית נמצאה בפריסה רחבה בכל שטחי החפירה. לפיכך ייעודו של הכבשן, ייצור כלי חרס או זכוכית, טרם הוברר.
שכבה II – התקופות הצלבנית עד הממלוכית. שברי כלי חרס מזוגגים שנמצאו על גבי גלי הסיקול ומדרגות העיבוד, בשטחים A ו-C, מצביעים על פעילות חקלאית באתר בתקופות הצלבנית והממלוכית. בשטח C, בין אבני קיר רחב (כ-100 מ' אורך), נמצא מטבע המתוארך למאה הי"ב לסה"נ, ונראה לפיכך שאפשר לתארך את בניית הקיר לתקופה זו.
שכבה I– התקופה העות'מאנית. לתקופה זו יש לתארך את הרחבת מערת הקבורה בשטח B והסבתה למגורים. על רצפת המערה נאסף ממצא המתוארך למאות השנים האחרונות.
בחפירה נמצאו עדויות לפעילות אנושית, הקשורה בחציבה, סיתות, חקלאות ומלאכה, שבוצעה לאורך תקופות פרוטו-היסטוריות והיסטוריות ממושכות. האתר ומיקומו, לצד תל יקנעם ולצד חורבת חנות קירה, תורמים רבות להבנת תולדות האדם במרחב שבין ההר והעמק, במקום שבו שוכנת יקנעם עילית.