המערכת להובלת מים (איור 1)
המערכת נחצבה כדי לתפוס את מי המעיין ולהסדיר את זרימתם. המעיין הוא מעיין שכבה, הנובע בקו המגע שבין סלע דולומיט מתצורת עמינדב לבין האקוויפר של חוואר מוצא. תחילת מפעל המים בפיר אנכי (כ-0.8 מ' קוטר, כ-6 מ' עומק), שנחצב מפני השטח אל המעיין. מן המעיין מוליכה נקבה חצובה (כ-17 מ' אורך, 0.5 מ' רוחב, כ-1 מ' עומק), המקורה בלוחות אבן, לכיוון צפון, אל אולם איגום תת-קרקעי (5 × 11 מ'; איור 2). אל האולם מוליכות מדרגות חצובות ותקרתו קמרון דמוי חבית. קירות האולם מדופנים בחלקם התחתון באבני גזית גדולות שביניהן טיט אפור. הקירות טויחו בכמה שכבות טיח, השכבה התחתונה אפורה ואופיינית למתקני מים מסוף ימי הבית השני. כיום מדופן חלקם העליון של הקירות והתקרה באבנים קטנות ובבטון בן זמננו. במרכז התקרה קבוע פתח רבוע לשאיבת מים ולתאורה. האולם מחולק לשני חלקים, החלק הדרומי (5.2 × 5.5 מ', כ-2 מ' עומק מרבי) נמוך בכמטר מהחלק הצפוני והוא מטויח היטב ומשמש לאגירת מים. סמוך לקרקעיתו נובעים מים מגומחה קטנה, שהותקנה בבסיס הדופן המזרחית של האולם תוך פירוק חלק מאבני הדיפון. נביעה זו פעילה בכל השנה וממלאת את הבריכה בעונות השחונות. בקרקעית החלק צפוני, הגבוה, של האולם נחצבה תעלה, המזרימה את עודפי המים שנאגרים באולם האיגום לצפון אל נקבה חצובה נוספת. בראשיתה של נקבה זו יש חדרון לא רגולרי, שהיה כנראה במקור חלל טבעי תת-קרקעי. תקרתו נחצבה כקמרון מחודד ובראשו נחצב פיר רבוע שדופן באבנים מסותתות ונועד להכנסת אור ולאוורור. הנקבה (כ-17 מ' אורך, 0.4 מ' רוחב, 0.7 מ' גובה) מוליכה לצפון ומקורה בלוחות אבן. בקצה הצפוני שלה נבנה בימינו חדר מבטון ואבנים קטנות, ובתקרתו נקבע פתח רבוע. בקצה הנקבה זורמים המים לשני כיוונים: למזרח, אל רהט (סביל) הקבוע במבנה בן זמננו שאליו מוליכות מדרגות, ולצפון, אל שוקת אבן שנועדה כנראה להשקיית צאן. מן הקצה המזרחי של השוקת יוצאת תעלה בנויה, מקורה בלוחות אבן, המזרימה מים אל בריכת איגום טרפזית קטורה (7 × 7 מ', כ-1.8 מ' עומק; 0.8 מ' רוחב הקירות), הבנויה בערוץ נחל קובי. הבריכה מטויחת היטב בשכבות רבות של טיח הידראולי, המעידות על שימוש ממושך. בקרקעית הבריכה, בקיר הצפוני, קבוע פתח שדרכו זרמו המים אל שטחי השלחין באפיק נחל קובי. במרכז הערוץ ניכרת תעלה בנויה, שנועדה בעיקר לנקז מי נגר עילי. בעונת 2000 נחשפה תעלה אחרת חצובה (לפחות 300 מ' אורך, 0.3 מ' רוחב, 0.3 מ' עומק) במדרון המערבי של נחל קובי. תעלה זו קשורה למערכת להובלת המים. בדופן התעלה קבועים פתחים שמהם הזרימו מים לחלקות חקלאיות בערוץ.
סמוך למוצא המערכת להובלת מים תועד מבנה מאקם רבוע, שבראשו כיפה (א-שיח' אחמד אל-עמרי). המבנה נבנה באבני גזית בשימוש משני ובקירו הדרומי נבנה מחראב. בפינתו הדרומית-מזרחית מחוץ משולב עמוד עגול בשימוש משני.

 

המערכת להובלת מים שימשה תקופה ממושכת ועברה תיקונים רבים. השלב האחרון של התיקונים במערכת הוא מימי המנדט הבריטי; תיקונים אלה משולבים היטב במערכת וכוללים לעתים שימוש משני בפריטי בנייה עתיקים. לפיכך קשה לתארך את המערכת מבלי לפרק את מרכיביה ולבצע חתכים ארכיאולוגיים. ייתכן שבדיקות מרכיבי הטיח של השלבים השונים יסייעו בתיארוך המרכיבים השונים. יש לשער שראשית המערכת כבר בימי הבית השני. לשלב ההקמה שייכים כנראה רוב מרכיבי המערכת, להוציא את תקרת הבטון המקומרת של אולם האיגום התת-קרקעי, הרהט והשוקת שבמוצא המים.
מערכות דומות להובלת מים הותקנו במעיינות נוספים בהרי יהודה, בהם עין צובה, עין חנדק, סטף, עין יעל, עין חניה, עין אל-הדף ובתיר. באמת ואדי ביאר שבצפון הר חברון, המהווה חלק ממערכת אספקת המים לירושלים בימי הבית השני, הותקנו נקבות התופסות נביעות (צוק צ', מירון י' וולובלסקי ק', תשמ"ו. סקר אמת הביאר. נקרות צורים 13: 129-109; מזר ע', 1989. סקר אמות המים לירושלים. בתוך עמית ד', הירשפלד י' ופטריך י' [עורכים] אמות המים הקדומות בארץ-ישראל, עמ' 195-169). הדמיון בין מערכות מים אלה מלמד שכבר בימי הבית השני השכילו תושבי יהודה לנצל את מי האקוויפר ולהובילם בנקבות אל בריכות אגירה.

הכנסייה (איור 3)
הכנסייה נבנתה במדרון הר, כ-50 מ' ממזרח למעיין. היא תועדה בשנת 1873 בידי סוקרי הקרן הבריטית לחקירת ארץ-ישראל ותוארכה על ידם לתקופה הצלבנית (Conder C.R. and Kitchener. H.H. 1883. The Survey of Western Palestine: Memoirs. Vol. III:25, 100). כן תועדה הכנסייה בקצרה בידי ב' בגאטי. בספרו של בגאטי הובא גם מידע ארכיוני אודות סקר שנערך על ידי מ' גיסלר בשנת 1939, שתיארך את הכנסייה לתקופה הביזנטית (Bagatti B. 1983. Antichi Villaggi Christiani di Giudea e Neghev. Jerusalem. P. 26, Fig 8.1). הסקר המקיף ביותר בוצע על ידי ד' פרינגל מטעם בית הספר הבריטי לארכיאולוגיה בשנת 1981 (Pringle D. 1998. The Churches of the Crusader Kingdom of Jerusalem, A Corpus, Vol. II:156-157. Cambridge). פרינגל עמד על תוכנית המבנה ופרטיו והדגיש את השימוש באבנים בשימוש משני, שבהן לא הובחן סיתות אלכסוני האופייני לתקופה הצלבנית.
בחפירת הכנסייה נחשף אולם מלבני בכיוון מערב–מזרח (11.6 × 16.0 מ'). הקירות (כ-1.9 מ' רוחב) נבנו מחוץ באבני גזית שהונחו אופקית, ומפנים באבני גוויל ודבש; הם השתמרו לגובה מרבי של 6 מ'. פתח הכנסייה (1.8 מ' רוחב) נקבע במרכז הקיר המערבי; הסף ואחת המזוזות השתמרו באתרן. בחלק המזרחי של הקיר הצפוני השתמרו כמה אבנים השייכות לפן התחתון של מזוזות חלון. האפסיס הפנימי של הכנסייה (2.5-2.0 מ' רדיוס) היה קבוע בקיר המזרחי, אך הוא טרם נחשף. הכנסייה קורתה בשני קמרונות צולבים, שנתמכו בעמודי מרפק (איורים 4, 5); במרכזם של שני קירות האורך שולב עמוד מרפק. כותרות העמודים מעוטרות בדגמים צמחיים סכמטיים. עמודים כאלה נפוצים בעיקר בירושלים ובסביבותיה, והם הוכנו כנראה בבית מלאכה בירושלים; הם מאפשרים תיארוך מדויק של הכנסייה בשלב זה למחצית הראשונה של המאה הי"ב לסה"נ (גרבינר א' 1999. עמוד המרפק: יצירה צלבנית מקורית. בתוך ס' רוזנברג, אבירי ארץ הקודש, ממלכת ירושלים הצלבנית. ירושלים. עמ' 169-163). הפן הפנימי של קירות הכנסייה כוסה בטיח בהיר וחלק. הטיח מתייחס אל עמודי המרפק, ולפיכך ברור שהוא בן זמנם. בקירות הצפוני והדרומי נחשפו קטעי טיח קטנים ועליהם ציורי קיר צבעוניים. הם עברו שימור ראשוני וכוסו, כדי למנוע נזק לטיח ולציורים. בציור שבקיר הצפוני מתוארת דמות עומדת, לבושה גלימה אדומה, המחזיקה בשתי ידיה ידית מוארכת (איור 6); ייתכן כי לפני דמות זו ניצבת דמות אחרת, נמוכה ממנה, שהפנתה את עורפה אל הדמות העומדת. בציור שבקיר הדרומי מתוארת רגל קדמית של בעל חיים צועד, פרד או חמור, ולצדה החלק התחתון של דמות אדם הפונה לחזית ולבושה בגד קצר בצבע אדום, המסתיים מעל הברך (איור 7). רגל בעל החיים וחלקה התחתון של רגל האדם חופו בצבע ירוק בהיר. אפשר שזהו ציור של סצנה ידועה מן הברית החדשה, המתארת את הליכתה של מרים אם ישו לבית לחם, או של סצנה המתארת את ירידתה של המשפחה הקדושה למצרים. ציורי קיר מן התקופה הצלבנית כמעט ולא השתמרו בארץ. כיום מוכרים חמישה מבנים נוספים מתקופה זו שבהם התגלו ציורי קיר באתרם, ובהם כנסיית המולד בבית לחם, כנסיית ירמיהו הקדוש באבו גוש, מנזר תאוקטיסטוס בנחל אוג שבמדבר יהודה, קפלת יוחנן המטביל בסבסטיה וכנסייה בגת שמנים בירושלים (Boas A. 1999. Crusader Archaeology, The Material Culture of the Latin East. London and New York. Pp. 205-210; ושם ספרות). בכנסייה נחפר מילוי בן זמננו של עפר ואבנים מסוקלות לעומק של כ-2 מ', וטרם נחשף מפלס הרצפה.
נראה שבכנסייה היו שני שלבי בנייה, הראשון בתקופה הביזנטית והשני בתקופה הצלבנית. בשלב השני שוקם המבנה, בקירותיו שולבו אבני גזית בשימוש משני, כנראה מן התקופה הביזנטית, ותקרתו נבנתה מקמרונות הנשענים על עמודי מרפק. בהר יהודה ידועות כנסיות נוספות מן התקופה הצלבנית שלהן תוכנית דומה: בח' עין אל-כניסה, בעין אל-מעמודיה, בח' תנור (עלר אס-סופלה) ובבית פגי (Pringle D. 1993. The Churches of the Crusader Kingdom of Jerusalem, A Corpus, Vol. I. Cambridge. Pp. 27-30, 47-51, 157-160).
בקרבת הכנסייה מצפון ניכרים שרידי מבנים המכוסים ברובם בעפר. הכנסייה והמבנים הסמוכים אליה קשורים לפעילות שנערכה בסביבות המעיין, ואולי גם לדרך קדומה שעלתה מן השפלה לירושלים.