חדר 1 הוא חדר כניסה דרומי-מזרחי לבית הנתיבות. מסיבות בטיחותיות נערכה בחדר רק חפירת בדיקה קטנה (1.0 × 1.5 מ') בפינתו הצפונית-מערבית. נחשף ראש של אחד מקירות המרתף (W6), שנבנה בציר צפון–דרום באבנים שסותתו בסיתות שוליים. בקצה הדרומי של הקיר נבנתה מזוזת פתח מאבנים שחלקן סותתו בסיתות שוליים; הפתח מוליך למערב ומלמד כי המרתף נמשך למערב.

 
חדר 2 הוא חדר כניסה צפוני לבית הנתיבות. נפתח ריבוע חפירה במרכז החדר, ונחשפו ארבע שכבות מילוי של אדמות לס וחרסית (1.6 מ' עומק כולל).
 
חדר 3 הוא חדר פנימי בבית הנתיבות. מסיבות בטיחותיות נערכה החפירה בחלקו הצפוני-מזרחי של החדר. התגלו הקירות הצפוני והמזרחי של קומת המרתף עד לעומק היסודות (W8 ,W7). הם נבנו באבנים שסותתו בסיתות שוליים. מתחת לקיר המפריד בין חדר 1 לחדר 3 (W4) הובחן פתח רחב (2.1 מ'), שחיבר בין חדרי המרתף. רצפת המרתף (L116) עשויה מאדמת לס מהודקת. קומת המרתף התמלאה בשפכי אדמה ובפסולת בנייה מהתקופה העות'מאנית (ר' איור 1: חתך 2–2).
בחלקו התחתון של המילוי בקומת המרתף נתגלו כלי זכוכית וחרסינה רבים מימי המנדט הבריטי. כלי הזכוכית הם כלי תצוגה, המדגימים עושר של טיפוסים, צורות וצבעים (איור 2), ובהם גם כלים המחקים כלי קריסטל (איור 3). כלי החרסינה כוללים דגמים רבים של כלי הגשה, ובהם כוסות, צלוחיות, צלחות וכלי מזיגה (איור 4). זוהו שלושה דגמים עיקריים. הדגם הראשון כולל כלים בצבע קרם שעוטרו בדגם צמחי בצבע זהב, ועל שפתם פס ירוק התחום בפסים בצבע זהב (איור 1:5); אחת הצלחות מדגם זה נושאת על בסיסה חותמת בית הייצור (Victorian), מתחתיה מופיע כתר ומתחתיו המילה .Bros (איור 2:5). הדגם השני כולל כלים בצבע לבן שעוטרו בפרחים צבעוניים ופס זהב על קצה הכלי (איור 1:6, 2); על שבר של בסיס ספל מדגם זה יש חותמת בת חמש שורות (איור 7), ומתחתיה נכתבו בכתב יד בצבע שחור הספרות 4840 והאות E. הדגם השלישי כולל כלים בצבע לבן, שעוטרו בקווים בצבעים כתום ואפור או חום ואפור, ועל שפתם יש פס זהב (איור 3:6, 4). על בסיסה של צלחת לבנה הובחנה חותמת יצרן בת שלוש שורות (איור 8).
 
חדר 4. במרכז החדר נפתח ריבוע חפירה, ובו נחשפו שכבת שרפה דקה (L102) ומתחתיה חמש שכבות של אדמות לס וחרסית (2 מ' עומק). בשכבות האדמה התגלו שברי רעפים מהתקופה העות'מאנית, המתארכים את שלב הבנייה הראשון של מבנה בית הנתיבות. ברעפים הובחנו ארבעה טיפוסים (איור 9), שעל כולם הוטבעה חותמת באותיות לטיניות, פרט לרעף אחד שעליו נעשתה כתובת בתבליט (איור 1:9), ומקורו של רעף זה במפעל בפדובה שבאיטליה. רעפים שעליהם כתובת שנעשתה בתבליט תועדו גם בבריכת מים מימי מלחמת העולם הראשונה בניצנה (אורמן תשס"ה:19).
 
החצר תחומה מצפון ומדרום בשני קירות (W5 ,W1), שנראו על פני השטח טרם החפירה. נפתחו שני ריבועי חפירה צמוד לקיר 1 וריבוע חפירה נוסף צמוד לקיר 5. קירות 1 ו-5 נבנו מפן חיצוני של אבנים שסותתו בסיתות שוליים ומפן פנימי של אבני שדה. השתמרו תשעה נדבכים בכל קיר; שני הנדבכים העליונים (0.5 מ' רוחב) צרים מהנדבכים שמתחת להם (0.6 מ' רוחב). בריבוע הדרומי-מזרחי נחשפו הפן הצפוני של קיר 1 וקיר נוסף (W2) היוצר עמו פינה. קיר 2 הוא קיר קצר, שנבנה בדומה לקירות 1 ו-5 ותחם מרחב עבודה פתוח. כן נחשפו בריבוע זה שרידים של שתי רצפות. מן הרצפה העליונה השתמר רק פס של גבס או גיר על הפן הפנימי של קירות 1 ו-2. המשכה של הרצפה העליונה נחשפה גם בריבוע הדרומי-מערבי (L118). הרצפה התחתונה (L109) עשויה מאדמה מהודקת שכוסתה בשכבה דקה של גיר מהודק; גובהה תואם לגובה יסודות קיר 2. בריבוע הצפוני נחשפה רצפה עשויה מגיר מהודק (L117). בחפירה בחצר התגלו שברים אחדים של כלי עזה.
ריבוע חפירה נוסף נפתח בפינה שבין חדר 3 לחדר 4, במקום שבו עמדו בשלביו המאוחרים של בית הנתיבות מדרגות שהובילו אל החצר; הן הוסרו לאחרונה כחלק מעבודות השימור במבנה. טרם החפירה הובחן על פני השטח ראש קיר (W3; רוחב 0.9 מ'), המקביל לקיר הדרומי של חדר 4. חלקו המזרחי של קיר 3 שימש בסיס לקיר 1. בריבוע החפירה נחשפו היסודות של קירות בית הנתיבות (L107), והתברר כי אין במקום מדרגות שהוליכו לקומת המרתף כפי ששוער עד כה.
 
בחפירה נחשף אחד משלבי הבנייה המוקדמים של תחנת הרכבת התורכית. תכנית התחנה בבאר שבע זהה כמעט לתכניות תחנות בסעודיה (תכנית F/8/9 של תחנת הרכבת העות'מאנית באוסף ההנדסה של רכבת המנדט, ארכיון רכבת ישראל) ובוואדי צראר (נחל שורק). על סמך השוואה לתכנית התחנה בסעודיה נראה כי חדר 4 שימש מחסן סחורות, והחצר שימשה כנראה לפריקה והעמסה של סחורות. בשנים 1917–1927 פעלה התחנה תחת שלטון המנדט הבריטי, וחדר 4 הוסב לאולם המתנה ובית תה. עם כיבוש צה"ל את העיר במלחמת העצמאות, קרסו גג הרעפים של המבנה ותקרת המרתף, וחלל המרתף התמלא בהריסות המבנה ובכלים שהיו בו. המרתף שנחשף הוא ייחודי לתחנה בבאר שבע ואינו מופיע בתחנות אחרות של הרכבת התורכית.