בחפירה נפתחו שני שטחים (א', ב'; איור 3). שטח א' מאופיין במשטחי סלע גיר נרחבים, ובו נחשפו קברי ארגז, מחצבות וחציבות. שטח ב' מאופיין במחשופי סלע קטנים יותר ומפוזרים, ובו נחפרו 12 אתרים (LA), שבהם נחשפו מקווה (?), מחצבות, קברים וקיר של מדרגת עיבוד; באתרים C ו-LJ לא התגלו עתיקות. בשטח שנפגע ממערב לכביש 65 (שטח M) תועדו שלוש מערות קבורה, שבאחת מהן נחצבו כנראה כוכים, ובה התגלתה גלוסקמה.

 
שטח א'
נחשפו שמונה קברי ארגז חצובים (3–5, 8, 9; 0.55–0.70 × 2.00 מ'), מהם שישה נחצבו בזוגות (3, 4, 9), שתי מחצבות להפקת אבני בנייה (6, 7) וחציבות (1, 2). שניים מזוגות הקברים (3, 4) נחצבו בכיוון צפון–דרום, וזוג הקברים השלישי (9) נחצב בכיוון צפון-מזרח–דרום-מערב. שלושת קברי הארגז הנותרים נחצבו בכיוון צפון-מערב–דרום-מזרח. על פי סימני החציבה בשתי המחצבות נראה שנחצבו בהן אבני בנייה גדולות (כ-0.7 × 1.0 מ').
 
שטח ב'
אתר A (איורים 4, 5). נחשף פתח מלבני חצוב במשטח סלע גיר רך (1.2 × 2.5 מ'; איור 6), וממנו יורד גרם של חמש מדרגות (0.3–0.4 מ' רוחב, כ-0.3 מ' גובה המדרגה, 1.8 מ' עומק הגרם). בדופן הדרומית של גרם המדרגות נחצב מדף סלע (0.45 מ' רוחב). שלח המדרגות שחוק מאוד ומעוגל, עדות לשימוש מוגבר במדרגות. המדרגות ודפנות הסלע שמסביבן טויחו בטיח הידראולי. בתחתית גרם המדרגות נחשף פתח, הפונה לצפון ומוליך אל חלל חצוב שלא נחפר. נראה שזהו מקווה טהרה, שכן תכניתו דומה לזו של מקווה שנחשף בדרומה של חורבת חוקוק (מגנס 2012). בשלב מסויים, כנראה בתקופה הרומית, תקרת המקווה נפגעה וחלקה המערבי קרס; לא ברור אם התמוטטות זו ארעה בזמן שהמקווה פעל או לאחר גמר השימוש בו. לאחר שהמקווה נעזב הוא התמלא עד למדרגה האמצעית באדמת סחף, שבה התגלו שברי כלי חרס מהתקופות הרומית והביזנטית (המאות הד'–הו' לסה"נ), ובהם קערות (איור 1:7–3), סיר בישול ומכסה (איור 4:7, 5) וקנקן (איור 6:7). מדרום למקווה נחשף קטע של קיר (W2; אורך 6.5 מ', רוחב 0.8 מ'), שנבנה בכיוון מזרח–מערב באבני גוויל גדולות והשתמר לגובה נדבך אחד. נראה שאין קשר בין הקיר למקווה(?) הסמוך לו.
 
אתר B (איור 8). במשטח סלע גיר נחשף בור מלבני חצוב בסלע (L3; מידות 2.5 × 3.0 מ', 2.5 מ' עומק מרבי; איור 9). לאורך הדופן הדרומית של הבור, בגובה של כ-0.5 מ' מהקרקעית, נחצבה מדרגה (0.5 מ' רוחב). בדופן הצפונית של הבור הובחן פתח חצוב, הסתום באבן מלבנית גדולה, שהודקה למקומה באבני גוויל בינוניות וקטנות (איור 10). הפתח לא נחפר. אפשר שהפתח מוליך אל מערת קבורה, והבור החצוב שימש כחצר בחזית המערה ובה ספסל, ששימשו את הבאים לטקסי קבורה. מערות דומות מפוארות יותר התגלו בבית שערים ובירושלים (טפר וטפר 24:2004); היישוב באתר היה יישוב כפרי ובהתאמה מערת הקבורה צנועה. מצפון וממזרח לחורבת חוקוק התגלו עשרות מערות קבורה, חלקן חצובות וחלקן טבעיות. בחפירות בעבר נחשפו באתר ארבע מערות קבורה ובהן כוכים וגלוסקמות, אך ללא חצרות קדמיות (Ravani and Kahane 1961:121–125), ששימשו כנראה אוכלוסייה יהודית למן המאה הב' ועד למאה הג' לסה"נ (טפר, דרעין וטפר 73:2000). סמוך לדופן המזרחית של הבור נחצב קבר ארגז (L4; כ-0.55 × 2.00 מ'; איור 11).
בבור החצוב התגלתה הצטברות של אדמת סחף, ובה שברי כלי חרס רבים המתוארכים למן התקופה הרומית הקדומה ועד לתקופה הביזנטית. הממצא מהתקופה הרומית כולל קערות כפר חנניה מטיפוס 1B (איור 1:12, 2), המתוארכות למאות הא'–הב' לסה"נ, סירי בישול מטיפוס 3A (איור 3:12, 4) ומטיפוס 4B ,4A (איור 5:12–7), המתוארכים למן המאה הא' לפסה"נ ועד לאמצע המאה הב' לסה"נ, פך (איור 8:12) המתוארך לאמצע המאה הב' לסה"נ, קנקנים (איור 9:12–14) המתוארכים למן ראשית המאה הא' ועד לסוף המאה הג' לסה"נ. הממצא מהתקופה הביזנטית כולל קערה מטיפוס כפר חנניה 1E (איור 15:12) המתוארכת למן המאה הד' ועד לראשית המאה הה' לסה"נ, קערות מטיפוס LRRW (איור 16:12–18) המתוארכות למאות הה'–הו' לסה"נ, קדרה שעוטרה טרם הצריפה בטביעה של כלי שלו חוד רחב (איור 19:12) וקדרה עשויה ביד ומעוטרת במסרק שלו שיניים שטוחות (איור 20:12). על פי ממצא כלי החרס נראה כי מערת הקבורה (?) הייתה בשימוש בתקופות הרומית הקדומה והתיכונה, וכי בשלב כלשהו במהלך המאה הב' או המאה הג' לסה"נ פסק בה השימוש ובמקום הצטברו פסולת ואדמת סחף.
 
אתר D (איור 13). סימני חציבה של אבני בנייה במשטח סלע גיר רך.
 
אתר E (איור 14). זוג קברי ארגז חצובים בכיוון מזרח–מערב (0.55 × 1.70 מ') במשטח סלע גיר רך הבולט מעט מסביבתו. הקבר הצפוני מהשניים השתמר רק בחלקו הדרומי. בקצה המערבי של הקבר הדרומי נחצבה מדרגה נמוכה, ששימשה כנראה להנחת ראש הנקבר ומלמדת אולי על כיוון הנחת הנקבר. במרחק של כ-0.5 מ' מדרום-מערב לקברים נחשפה חציבה מלבנית קטנה (0.30 × 0.55 מ'), ששימשה כנראה קבר של ילד או בור לאיסוף עצמות לקבורה משנית (טפר, דרעין וטפר 78:2000).
 
אתר F (איורים 15, 16). קיר תמך של מדרגת עיבוד (25 מ' אורך חשיפה, 1.2 מ' רוחב), שנבנה בכיוון דרום-מזרח–צפון-מערב משני פנים של אבני גוויל גדולות ובתווך אבני גוויל קטנות; הוא השתמר לגובה נדבך אחד. בין אבני הקיר התגלו כמה שברי כלי חרס מזוגגים בירוק ובצהוב, המתוארכים לתקופה הממלוכית (המאות הי"ד–הט"ו לסה"נ). ממזרח לאתר, על החורבה ובין מטע עצי זית, ניכרים קטעים נוספים מהקיר שהשתמרותם טובה.
 
אתר G (איורים 17, 18). מחצבה להפקת אבני בנייה במשטח סלע גיר. על פי סימני החציבה נראה כי במחצבה נחצבו אבני בנייה גדולות (כ-1 מ' רוחב).
 
אתר H (איור 19). מחצבה לאבני בנייה במשטח סלע גיר רחב ידיים (איורים 20, 21). בשטח המחצבה ניכרים היטב תעלות ניתוק האבנים, המלמדות כי במקום נחצבו אבנים גדולות (0.5 × 2.0 מ' ויותר). במרכז משטח הסלע החציבה העמיקה כדי 2 מ'. במרכז המחצבה התגלה חלל טבעי בסלע. לאחר נטישת המחצבה היא התמלאה באדמת סחף, ובה התגלו מעט חרסים שחוקים. במרחק של כ-2 מ' מדרום-מערב למחצבה התגלה קבר ארגז (איור 22), שנחצב בכיוון מזרח–מערב. הדופן המזרחית הקצרה של הקבר מעוגלת, ונראה שהיה זה מקום הנחת ראש הנקבר.
 
אתר I (איורים 23, 24).פיר חצוב במחשוף סלע גיר. פתח הפיר מלבני (1.2 × 2.2 מ', 3.5 מ' עומק). במחצית עומק הפיר נחצב בכל דפנותיו מדף סלע צר, ששימש כנראה להנחת מכסה. בתחתית הדופן הצפונית-מזרחית של הפיר נחצב פתח המוליך למערה. המערה לא נבדקה, אך על פי צורת הפיר נראה שזהו פיר כניסה של מערת קבורה.
 
במשטחי סלע ממערב לחורבה נחשפו קברים, מקווה (?), מחצבות, קירות מדרגה וחציבות; הם נחצבו, כנראה בתקופות שונות, על ידי תושבי היישוב ששכן בחורבה. באתרים A ו-B בשטח ב' התגלו הצטברויות אדמה ובהן שברי כלי חרס מהתקופות הרומית והביזנטית. נראה כי שני אתרים אלה היו בשימוש בתקופה הרומית (המאות הא'–הב' לסה"נ), ולאחר שפסק בהם השימוש בסוף התקופה הרומית ובתקופה הביזנטית הצטברה בהם אדמת סחף.