במהלך שנת 2005 נערכה חפירה ארכיאולוגית במכלול תת קרקעי 90, 220 מ' דרומית-מזרחית לתל מרשה (הרשאה מס' A-4361; נ"צ — רי"ח 190680/611086; רי"י 140680/111086). החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון 'סמינרים ארכיאולוגיים', נוהלה על ידי א' שטרן, מ' אוסבנד, ב' אלפרט ונ' שגיב בסיוע ש' שחרית ול' יבורסקי (רפאות ורישום), ש' נוימן (שרטוט וציורים), ר' ברקאי (מטבעות), ע' ארליך (צלמיות) וג' פינקלשטיין (ידיות אמפורה). השתתפו נציגים מהסמינרים הארכיאולוגיים מכל רחבי העולם וקבוצות של נוער מתנדב, בשיתוף פעולה עם צ' צוק וצוות הגן הלאומי בית גוברין.
מכלול תת-קרקעי 90 נתגלה לראשונה ב-1991 בסקר שכלל כמה בדיקות שערכו ע' קלונר, נ' שגיב וי' צורן (רישיון מס' 46/91-G; איור 1) ומתואר כאן בקצרה: במכלול 18 חדרים, כולל בור מים סגלגל גדול (לוקוס 101) עם גרם מדרגות לולייני שירד אל בור מים נוסף שלא נחפר ושני חדרי סינון (כמטר אחד רוחב) לצדו (לוקוס 103). גוש טין גדול בבור 101 שהוסר ממדף חצוב בסלע, חשף פתח לחדר נוסף (לוקוס 105). בבית הבד (לוקוס 107) נערכה בדיקה קטנה מתחת לגומחת פולחן בין שני מיתקני הסחיטה. נמצא פסלון ברונזה שמור היטב של הרקולס, אוחז אלה ביד אחת ועור אריה בשנייה, וכן שני שברי קערת נסך ומזבח אבן מסותת, חצוב לתוך פינת בית הבד, שנראה כי הושחת במתכוון (איור 2). עוד נמצאה אבן קירטון מסותתת בצורת ראש אריה, עם חור בפיה, כנראה חלק ממזרקה מעוטרת שהושלכה למכלול התת-קרקעי עוד בימי קדם. על פני השטח ליד הכניסה לבור 101 נמצא מטבע של אלכסנדר זבנוס, המתוארך לשנת 126 לפסה"נ וכן שלוש חותמות רודיות המתוארכות לשנים 189–135 לפסה"נ. חותמת אחת נשאה את שמו של היצרן ניסיוס לצד קדוקאוס והיא מתוארכת לשנים 169–135 לפסה"נ; השנייה נשאה את שם היצרן פילאיניוס, ומתוארכת לשנים 189–184 לפסה"נ; החותמת השלישית נשאה את שם האפונים פילודמוס ומתוארכת לשנת 183 לפסה"נ. בלוקוסים 101 ו-103 נמצאו קערות שלמות רבות, רבות מהן תמימות.
החפירה הנוכחית במכלול התת-קרקעי 90 התמקדה בבור המים (לוקוס 101), בחדרים הצדדיים הקטנים (לוקוס 103), בחדר האמצעי (לוקוס 105) ובבית הבד (לוקוס 107).
בור מים (לוקוס 101)
לבור הסגלגל החצוב בסלע מעקה (כ-6 מ' קוטר) וניתן עדיין לראות שרידי טיח בקטעים של חלקו העליון. בחפירת גרם המדרגות של בור המים נחשפו אבני קירטון רבות שהיו כנראה שרידי מבנים שניצבו בעבר על פני השטח. מרבית העפר החום בבור (כ-0.4 מ' עומק) נשטף כנראה מפני השטח.
חדרי סינון (לוקוס 103)
החדרים (כמטר אחד רוחב) לצד גרם המדרגות, מלאים עפר (0.4 מ' עומק) והם טיפוסיים לבורות מים ברחבי מרשה תחתית.
חדר אמצעי/חדר ביניים (לוקוס 105)
החדר שדופנותיו מעוגלות (3 × 4 מ') נחפר כדי לספק גישה נוחה ללוקוס 107; כמה משרידיו מעידים על תפקידו. הכניסה לחדר הייתה מעל המדף החצוב בסלע ומתחת לשרידי קו המים של בור 101, כלומר הוא נחצב לאחר שהבור יצא משימוש. בדופן הדרומית פתח קטן למנהרה (לוקוס 109) עם תקרה גמלונית העולה למסדרון כניסה (לוקוס 108) מדרום. חדר 105 נשדד ממש לפני החפירה והעפר האנתרופוגני ששפכו השודדים ללוקוס 107 נחפר בנפרד (לוקוס 105A2).
בית בד (לוקוס 107)
השתמרותו של בית הבד היא הטובה במרשה ואולי אף בשפלה כולה (איורים 3, 4). איכות העבודה מעולה והושם דגש ברור על אסתטיקה. ההשתמרות המעולה נובעת כנראה מכך שמעולם לא נעשה בו שימוש, או שהשימוש בו נפסק כמעט מיד לאחר שנחצב. ההנחה מבוססת על הקצוות החדים לאורך מרבית הפתחים והגומחות בבית הבד, אשר בדרך כלל נשחקים ומתעגלים בקלות לאחר שימוש מועט בשל רכות האבן. סימן נוסף הוא הקווים השחורים שהתוו החוצבים לסמן את גבולות החציבה שעדיין ניתן לראותם.
בשל המספר הרב של הסלעים בחדר (לוקוסים 106, 107D) התרכזה החפירה בצדו הצפוני של בית הבד, שעדיין הצריך פינוי כמויות גדולות של אבני קירטון אשר הונחו בלוקוס 106. בצדו המזרחי של החדר (18 מ' אורך, 6 מ' רוחב) שני פתחים סתומים שלא נחפרו. פתח שלישי מוביל למנהרה (לוקוס 11) שנראה כי נחצבה מאוחר. שני פתחים בצד מערב מובילים לחדר האמצעי (לוקוס 105) ולמסדרון (לוקוס 108).
נחשפו כמה שכבות של מפלסי עפר, חלקן אולי מפלסי חיים. בחתך לרוחב לוקוס 107 נחשפו מפלס קירטון לבן (0.8-0.4 מ' עומק, לוקוס 107A) שנטה לכיוון בית הבד והכיל מעט מאוד ממצאים; מפלס עפר חום (לוקוס 107F1-4) שליד המזבח הכיל ממצא רב וייתכן מאוד שהיה מילוי מכוון לצורך פילוס הרצפה ואולי מפלס של קירטון קשה כתוש בין הקירטון הלבן והעפר החום הניתן לזיהוי ברוב השטח. בדיקה קטנה זו נועדה לקבוע את קיומה של תעלה למשקולות, אך לא הושלמה.
ליד הקצה העליון של מנהרה 11 וסמוך לה נמצאו חלקים של קערת שיש המשלימים את שברי קערת הנסך שנתגלו ב-1991.
הצעת כרונולוגיה זמנית לבית הבד:
שלב 1. החדר נחצב לראשונה כדי לשמש בית בד, אך על פי צורת הקשתות מעל משטח הסחיטה, שחלק אחד חצוב ואחר מסומן בלבד לחציבה, לא הושלם מעולם. מיתקן הסחיטה כולל מרחב למשקולות ורצפת קירטון כתוש. ייתכן כי מזבח האבן נהרס חלקית בשלב זה.
שלב 2. כדי לפלס את הרצפה מולא השטח שליד מיתקן הסחיטה בעפר אנתרופוגני חום-שחרחר.
שלב 3. נחצבה מנהרה (לוקוס 11) שהמילוי ממנה ואבני קירטון רבות הושלכו לתוך לוקוס 107 והם גם רוב המילוי בלוקוס 107A.