באתר יבנה ים נערכו חפירות מאז שנות ה-60 של המאה הכ' (קפלן תשכ"ט:16; תשל"א:24) ועד לשנים האחרונות (טקסל תשס"ה). בחפירות שנערכו בשנת 2007 ממזרח ומדרום-מזרח למתקן הנוכחי נחשפו גתות וקברים מתקופות שונות (עג'מי ועד 2009).
המתקן נמצא מצפון-מערב לפינה הצפונית של הסוללה מתקופת הברונזה התיכונה ובמרחק של כ-10 מ' מקו החוף הנוכחי. הסביבה מאופיינת בחול ים, אשר כיסה את המתקן, וכן בקו של סלע כורכר וסלעי גידוד על קו המים ממערב למתקן. המתקן לא נחפר אלא רק תועד בחלקו העליון שנחשף מגלי הים.
 
תועד מתקן מלבני (3.1 × 3.4 מ' לערך; איורים 2, 3), שנבנה מאבני כורכר קטנות שלוכדו בחומר מליטה אפור, ובו שברי צדפים. קירות המתקן (כ-0.5 מ' רוחב) טויחו בחלקם הפנימי בשלוש שכבות של טיח (כ-1 ס"מ עובי כל שכבה); כל שכבה כוללת רובד של טיח פנימי לבן, ובו חסמים כהים, ורובד של טיח חיצוני ורוד (איור 4). הקירות המערבי והדרומי של מתקן נחשפו לכל אורכם; אפשר שבקיר המערבי היה פתח, שהוליך לכיוון הים. מהקירות המזרחי והצפוני נחשפו רק קטעים קצרים. פינות המתקן בחלקו הפנימי מעוגלות, והוא נראה כמו בריכה סגלגלה. הטיח הרב-שכבתי על קירות המתקן מעיד כי הוא שימש לאיגום נוזלים.