הצד המערבי של הגבעה שעליה משתרעת חורבת קושט נפגע מדחפורים ומתקנים בשולי האתר נהרסו. חמישה מתקנים חצובים נפגעו בחלקם – שלוש מחצבות קירטון (CA) ושני בורות מים (F ,D) – ובהם התרכזה החפירה (איורים 2, 3).

 
מחצבות קירטון (CA; איורים 2, 4). חלקם העליון של מחצבות הקירטון, ששימשו גם לייצור סיד, הוסר בעת הכשרת השטח לסלילת הכביש והן גם נחתכו לאורכן. מחצבה A מעוגלת ודופנותיה משופעות; צורתה הייתה כנראה פעמונית. היא נמצאה סתומה ברובה באבני בנייה מנארי ונלקטו בה חרסים ושברי כלי אבן גיר (להלן). בחלקה הצפוני היא התחברה לחציבה קטנה יותר, אולי מחצבה נוספת. מחצבה B עגולה ונראה שגם היא הייתה פעמונית. היא נמצאה מלאה בעפר, כמעט ללא חרסים. מחצבה C מרובעת וחציבתה רשלנית יותר מזו של מחצבות A ו-B. גם היא נמצאה מלאה בעפר, ללא חרסים.
 
בורות מים (F ,D). בור מים D פעמוני, חצוב בקירטון ומטויח, ונחתך לאורכו בפעולות החציבה (איורים 5, 6). פתח הבור לא שרד. בחתך אפשר היה להבחין בהשתכבות (מלמטה למעלה, חלקן באיור 5) של חרסית, המייצגת את שלב השימוש בבור (L107), ובה ארבעה מטבעות מן המחצית השנייה של המאה הד' לסה"נ (ר"ע 106990–106993), מעט מאוד כלי חרס ושבר אגן 'קלל'; אבני בנייה אחדות וכלי חרס בתוך סחף (L106), וכן שלדים אחדים של בעלי חיים שכנראה נפלו לבור בזמן השימוש, או מיד לאחר תום השימוש בו (איור 7); שכבה של אבנים קטנות בגודל אגרוף (L105; איור 8) שנמצאה מפולסת לכל רוחב הבור, כ-3 מ' מתחת לפתחו המשוער, ונראה שהונחה שם בידי אדם מסיבה לא ברורה ובתקופה לא ידועה, אולי לשתילה של עצי פרי (גצוב תשס"ה); גושי קירטון שהתמוטטו מתקרת הבור ובהם מעט חרסים ועצמות רבות של בעלי חיים; וסחף של עפר נקי (L104).
על סמך כלי החרס והמטבעות שימש הבור בפעם האחרונה בתקופה הביזנטית. ייתכן שנחצב בתקופה קדומה יותר, אלא שפעולות ניקוי תקופתיות העלימו את העדות לתקופה זו. אופי ההשתכבות שבו, ובעיקר עצמות בעלי החיים, מעידים שהבור נעזב והתמלא סחף ופסולת לאורך זמן רב.
בור מים F חצוב אף הוא בקירטון והשתמר כמעט בשלמותו. בניגוד לרגיל, צורת הבור גלילית ולא פעמונית, והוא נמצא מטויח בטיח באיכות ירודה. על סמך דופן החציבה של הבור, פתחו נחצב בשכבת הנארי הקשה והיה מכוסה עפר, לכן לא היה גלוי לפני פעולות חציבת הכביש (איור 9). בקרקעית הבור נמצאה שכבת חרסית (L110 ,L108; כ-0.5 מ' עובי) סטרילית לחלוטין קרוב לדפנות, סביב היקף הבור, ואילו במרכז הבור, מתחת לפתחו, נמצא ריכוז גדול מאוד של כ-50 כלי חרס תמימים ושלמים (איורים 10, 11). חלק מכלי החרס הם קנקנים, פכים ופכיות שנועדו לדליית מים, אך נמצאו גם קדרות וסירי בישול רבים שעדיין ניכרו עליהם סימני פיח הבישול, וכן קערות אחדות ושברי שני נרות. חלק מן הכלים נמצאו מרוסקים זה על גבי זה, על החרסית ובתוכה, ונראה שנשמטו מידי שואבי המים. נמצאו גם שברי כלי זכוכית רבים למדי (להלן). על קרקעית הבור, בתוך גומה קטנה בדיוק מתחת לפתח, נמצא מטבע מימי הקיסר טריאנוס (98–117 לסה"נ; ר"ע 106989), שנטבע בציפורי. מעל שכבת החרסית נמצא רוב הבור מלא באבני נארי גדולות, חלקן אבני בנייה וחלקן אבני גוויל. בשכבה זו נמצאו מעט שברי כלי חרס, רובם בהיקף הבור ולא במרכזו, עדות לכך שנפלו פנימה לאחר שחרוט העפר והאבנים במרכז כבר התקשה. חלקו העליון של הבור נמצא מלא בסחף נקי.
על סמך כלי החרס והמטבע שימש הבור מסוף המאה הא' עד המאה הג' לסה"נ. בבור כלל לא נמצאו עצמות בעלי חיים, ונראה שנסתם במכוון עם סיום השימוש בו.
 
כלי החרס משלב השימוש בבור מים D (טבלה 1) מתוארכים לתקופה הביזנטית, בעיקר למאות הד'–הה' לסה"נ, ובהם קערות מיובאות (איור 1:12, 2), קנקן אפור (איור 3:12), פך (איור 4:12) ושבר אגן 'קלל' (3 ס"מ עובי; איור 5:12). בשכבה מאוחרת יותר נמצא שבר נר הרודיאני (לא צויר) המתוארך למאה הא' לסה"נ. 
כלי החרס משלב השימוש בבור מים F (טבלה 2) מתוארכים בעיקר למאות הב'–הג' לסה"נ. משפחת כלי כפר חנניה היא השלטת במכלול וכוללת קערות (איור 1:13–5), קדרות (איור 6:13–9), סיר בישול (איור 10:13) וקנקנים (איור 11:13–16). משפחת כלי שיחין מיוצגת בקדרה (איור 17:13). מעט קנקנים מייצגים כלים הנפוצים על הר הכרמל (איור 18:13). כן נמצאו שברים אחדים של קנקני 'יודפת' (לא צוירו), הקדומים מעט למכלול העיקרי ומתוארכים למאה הא' לסה"נ. את החוף הפיניקי מייצגת ידית של קנקן האופייני למאות הא'–הב' לסה"נ (לא צוירה). כלים ששיוכם פחות ברור אך הם בני זמנם של הכלים הנזכרים לעיל כוללים אגנים (איור 19:13, 20), מכסים (איור 21:13, 22), פכים ופכיות (איור 23:13–25). כל הקנקנים קטנים במידה ניכרת מקנקנים סטנדרטיים, ונועדו כנראה לשאיבת מים בכמות המאפשרת נשיאת משקל סביר מן הבור אל הבית. קשה קצת יותר להסביר את הימצאותם של קערות ואגנים. אלה שימשו אולי לשתייה ולפעולות נוספות ליד הבור, ומשנשברו הושלכו לבור. לחילופין, הושלכו לשם כאשפה. על קרקעית הבור נמצאו נר עשוי בדפוס שעליו עיטור של זר פרחים הדומה ל'נרות הדרום' ומתוארך למאה הב' לסה"נ (איור 26:13), וכן שברים רבים של אגן 'קלל' גדול עשוי אבן גיר. ראשיתם של כלים אלה בשלהי ימי בית שני, אך בגליל המשיך כנראה השימוש בהם לפחות עד אמצע המאה הב' לסה"נ (שברים נוספים של כלי דומה נמצאו במחצבה A). על רצפת בור F נמצא שבר של מפתח גדול עשוי ברזל (לא אויר).
 
טבלה 1 (איור 12)
מס'
הכלי
מס' לוקוס
מס' סל
1
קערה
106
1005/3
2
קערה
106
1005/5
3
קנקן
106
1005/1
4
פך
106
1005/6
5
אגן 'קלל'
107
1009
 
 
טבלה 2 (איור 13)
מס'
הכלי
מס' לוקוס
מס' סל
1
קערה
110
1019/3
2
קערה
110
1019/15
3
קערה
108
1018/4
4
קערה
110
1019/14
5
קערה
110
1019/16
6
קדרה
110
1022/10
7
קדרה
110
1022/9
8
קדרה
108
1021/14
9
קדרה
110
1022/8
10
סיר בישול
110
1019
11
קנקן
110
1022
12
קנקן
110
1022/2
13
קנקן
110
1022/3
14
קנקן
110
1022/4
15
קנקן
108
1021/10
16
קנקן
110
1022/5
17
קדרה
108
1021/3
18
קנקן
108
1021/2
19
אגן
108
1018/3
20
אגן
110
1019/9
21
מכסה
110
1019/10
22
מכסה
110
1022/7
23
פך
110
1019/5
24
פך
110
1019/6
25
פך
110
1019/7
26
נר
110
1019/12
 
כלי הזכוכית
יעל גורין-רוזן
 
נמצאו כ-55 שברי כלי זכוכית. מחצית החומר — שברי גוף שאי אפשר לזהותם. מעט מאוד ממצאי זכוכית נתגלו בשטחי המחצבה, אך ראויים לציון שני שברים של שפות מקופלות פנימה בכפל רחב חלול של בקבוק מטיפוס דמוי פמוט המתוארך למאות הב'–הג' לסה"נ (L101) וגוש זכוכית גולמית (L101; גוון כחלחל-ירקרק, חתך משולש, 6.5 ס"מ אורך מרבי). מרבית השברים נמצאו בשני הבורות: מעט בבור D (ב-L107,L106) ויותר בבור F (ב-L110; סל 1019; איור 14). כל הכלים המזוהים מתוארכים לתקופה הרומית, משלהי המאה הא' ועד ראשית המאה הד' לסה"נ. רוב הכלים מוכרים ממכלולים אחרים בגליל, בעיקר ממכלולי קבורה מהגליל המערבי, או באזורים אחרים במרחב, מיעוטם מייצג טיפוסים חדשים. לפי טיב הזכוכית ואופן העיבוד נראה שזוהי תוצרת מקומית מאחד מבתי המלאכה שפעלו בגליל התחתון בפרק זמן זה. ייתכן שגוש הזכוכית הגולמית שנמצא בחפירה מרמז על תעשייה מקומית, אף שאין די בגוש יחיד כדי להעיד על בית מלאכה שפעל במקום.
בבור D נמצאו שפת כוס רחבה או קערה עמוקה שלה חוט דק מתחת לשפה, שפת בקבוק גדול נוטה חוצה ומעוגלת באש, שבר בסיס בקבוק שטוח ושבר גוף מדופן של כוס דמוית שק (L107). הכלים מתוארכים למאות הג' וראשית הד' לסה"נ. נמצא גם בקבוק ששפתו מקופלת פעמיים: החוצה ומטה ואחר כך שוב למעלה ומהודקת (L106), האופייני מאוד לתקופה הרומית בכל רחבי האימפריה. בקבוק מטיפוס זה מוכר למשל ממערת קבורה ליד כברי שתוארכה למאות הא' עד ראשית הב' לסה"נ (שטרן וגורין-רוזן תשנ"ח:4, 5, 8, איור 2:12). באותו סל זוהו שפות של שני בקבוקים נוספים מטיפוס פשוט יותר שבהם קצה השפה מעוגל באש.
הכלים שנמצאו בבור F (ב-L110) מייצגים מבחר גדול יותר של טיפוסים: קערה שלה שפה חלולה מקופלת חוצה מזכוכית בגוון כחלחל-ירקרק (איור 1:14). קערות כאלו החלו להופיע בשלהי המאה הא' לסה"נ והיו נפוצות מאוד במאות הב'–הד' לסה"נ; קערה שלה שפה נוטה חוצה, מעוגלת באש מזכוכית בגוון כחלחל-ירקרק (איור 2:14). קערות דומות למס' 1, 2 נמצאו במערות קבורה בגליל המערבי, למשל בכפר יסיף, במערה המתוארכת למאה הג' (גורין-רוזן תשנ"ח [ב]:7273, 76, איור 2:3, 3 ושם הפניות גם לחניתה). כן נמצאו בסיסי טבעת נמוכים קטנים וצבוטים (איור 3:14, 4). בסיס מס' 3 שייך אולי לקערה מס' 2. בסיס מס' 4 טבעתי, חלול, קטן יחסית, מזכוכית חסרת צבע. בסיס זה אולי השתייך לכוס או לבקבוק האופייניים לגליל במאה הג' ולעתים אף בראשית המאה הד' לסה"נ, לדוגמה במערות קבורה באשרת (גורין-רוזן תשנ"ח [א]: 7476, איור 6:4 – כוס, 11 – בקבוק). בסיס טבעת מוגבה, חלול מזכוכית בגוון כחלחל-ירקרק (איור 5:14) שייך לקערה, דומה לקערות שנמצאו בקברים בגליל, למשל בכברי (שטרן וגורין-רוזן תשנ"ח: 1013, איורים 2:6, 3; 9:7, 10). בסיס מזכוכית בגוון ירקרק-צהבהב (איור 6:14) שייך כנראה לכוס שגופה חרוטי, המסתיים בשפה מעוגלת באש או בשפה חתוכה. כוסות אלה היו נפוצות למן שלהי המאה הא' ועד המאה הד' לסה"נ. כוסות רבות כאלה נמצאו בקברים בגליל שתוארכו למאות הג' עד ראשית הד', למשל באשרת (גורין-רוזן תשנ"ח [א]: 6365, איורים 7:2; 7:3 ושם הפניות נוספות לפקיעין, כפר יסיף ופלה). בסל נמצאו גם שברי בקבוקים אחדים: בסיס מעובה של בקבוק אגסי מאורך (איור 7:14) מטיפוס שהופיע במאה הא' והמשיך למאה הב' לסה"נ, מזכוכית בגוון כחלחל-ירקרק. הבקבוק עקום ומעוות, בדומה לבקבוק שנמצא במערת קבורה ליד כברי שתוארכה למאות הא' עד ראשית הב' לסה"נ (שטרן וגורין-רוזן תשנ"ח:3, 4, 8, איור 6:2); בקבוק ששפתו נוטה חוצה ומקופלת פנימה, צווארו גלילי וכתפו שמוטה, מזכוכית בגוון כחלחל-ירקרק (איור 8:14); בקבוק מיוחד ששפתו משפכית, מדורגת וקצה השפה מלוטש ודק יותר מהדופן שמתחתיו. על המשפך ועל תחילת הצוואר משוך חוט דק הבולט על הדופן (איור 9:14), הכלי והחוט בגוון כחלחל-ירקרק; שבר מצוואר וגוף המעוטר בדומה לכלי הקודם (איור 10:14) נמצא אף הוא באותו סל בתוך הבור. טיב החומר והחוט המעטר בשני הכלים דומה וייתכן שהשתייכו לכלי אחד; בסיס השייך כנראה לבקבוק גדול מזכוכית בגוון כחלחל-ירקרק (איור 11:14). התחתית מעובה מעט במרכז, הדופן דקה. על הבסיס צלקת גדולה של מוט הזגג; שבר נוסף של כלי שדופנו דקה מאוד מעוטר בצלעות מרווחות הבולטות כלפי חוץ וכלפי פנים הכלי (איור 12:14). מגוון כלים המעוטרים בצלעות לא אחידות בחלק התחתון של הגוף מוכרים בגליל, כך למשל קערה במערת קבורה בכפר יסיף המתוארכת למאה הג' (גורין-רוזן תשנ"ח [ב]:73, 76, איור 4:3 ושם הפניות לבקבוקים וכוסות המעוטרים בעיטור דומה מקבר בחניתה). קערה שלמה שלה עיטור דומה נמצאה במערת קבורה בחורבת עיתאים ליד נהריה ותוארכה למאות הב'–הג' לסה"נ (אבו-עוקסה תשס"ז:7273, איור 7:6). כלי הזכוכית שנמצאו משקפים רפרטואר מקומי שיכול היה להגיע ממכלול יישוב.
 
התוכן הרב וההומוגני מבחינה כרונולוגית של שלב השימוש האחרון בבור F (המאות הב'–הג' לסה"נ, אולי עד ראשית המאה הד' על פי כלי הזכוכית) מצד אחד, ומעט שברי כלים מן המאה הא' לסה"נ מצד שני, מעידים על ראשיתו ועל סופו של הבור. השברים הקדומים שרדו כנראה פעולות ניקוי תקופתיות. כאמור, נראה שהבור נסתם בכוונה תחילה סמוך לתום השימוש בו. הממצא בבור D מעיד על קיום היישוב גם בתקופה הביזנטית.
אפשר לקבוע במידה גבוהה של ודאות שבתקופה הרומית על כל שלביה הייתה חורבת קושט מיושבת על ידי יהודים. רובם המוחלט של הכלים בבור F משתייכים למשפחת כלי 'כפר חנניה', ומיעוטם לכלי 'שיחין', ששימשו יהודים מסוף ימי בית שני ועד המאה הה' לסה"נ. שבר של נר הרודיאני וכלי ה'קלל' מאבן גיר, ובמידה מועטה יותר 'נר הדרום', תומכים בזיהוי אתני זה. באשר לתקופה הביזנטית, העדויות אינן חד-משמעיות. שבר תבליט המנורה שייך בוודאי לבית כנסת, ותוארך על סמך סגנונו למאות הה'–הו' לסה"נ. רוב בתי הכנסת מתוארכים לתקופה הביזנטית והמנורה מעידה כי חורבת קושט המשיכה להיות יישוב יהודי. עם זאת, חלק מן היישובים באזור הפכו ליישובים נוצריים; על כך מעידה למשל הכנסייה בבית לחם הגלילית. כיוון שאין הסכמה בין החוקרים לגבי האפשרות לתארך בית כנסת על פי סגנון אמנותי בלבד, תיארוך מדויק יותר של בית הכנסת והזיהוי האתני של היישוב בתקופה הביזנטית ימתינו לחפירות נוספות באתר. המתקנים שנחפרו בחפירה זו נמצאים בשולי היישוב, ואין בממצאים שבהם די כדי לעמוד על גודלו ועל אופיו של היישוב לאורך שנות קיומו.