בחפירה הנוכחית נפתחו שישה שטחים (FA; איור 1): שטחים A ו-B כ-200 מ' צפונית לצומת, ממזרח לכביש הגישה למושב; שטח C מדרום להם; שטח D צמוד לצומת מצפון, בשוליים המזרחיים של חורבת ניסנית; שטח E מדרום לצומת; ושטח F כ-100 מ' מדרום-מערב לצומת, בחורשה במעלה הגבעה. ממצאים ארכיאולוגיים נמצאו רק בשטח F (מידות 4 × 204 מ'; איורים 1–3), בתוך ולצד שרידי מערה טבעית בסלע הקרטון הרך.

 
מן המערה, שתקרתה קרסה, שרדו גושי סלע גדולים שביניהם הצטברה אדמת סחף. בשלושה מקומות בין גושי הסלע (L13 ,L9 ,L5) נמצאו באתרם כלי חרס תמימים המתוארכים לתקופות הברונזה המאוחרת 2 והברזל 1. מקבצי הכלים, ככל הנראה כלי מנחה, מעידים כי המערה שימשה לקבורה; דומה כי מקבץ כלים 9 מאוחר לקריסת התקרה.
 
מקבץ כלים 5 נמצא בחלל בין שני גושי סלע, בתוך הצטברות של אדמת חומה ושברי סלע גיר. נמצאו שני קנקנים זהים, שהונחו בתוך שקעים טבעיים בסלע, כ-0.8 מ' זה מזה (איורים 4, 5); הקנקן המערבי נמצא שקוע באדמה שנתמכה בשורת אבני שדה שהושענה כנגד דופן הסלע שמצפון לה. מתחת לקנקן המזרחי (איור 1:6) נמצאה פכית תמימה (איור 2:6), הנושאת שרידי עיטור פסים אלכסוניים בצבע חום-אדמדם, שזמנה תקופת הב"מ 2. בהצטברות האדמה סביב הקנקנים נמצאו קערת חלב מחופה לבן (איור 3:6) ופכית מקורצפת (איור 4:6), שיובאו כנראה מקפריסין. כלים דומים נמצאו בקברים במגידו ומתוארכים לשלהי תקופת הברונזה המאוחרת (המאות הט"ו–הי"ג לפסה"נ). בהצטברות אדמה ממזרח לקנקנים נמצא צמיד קטן עשוי סגסוגת נחושת (איור 7) מטיפוס המופיע למן ראשית תקופת הברונזה. על פי מיקום הכלים אפשר לשחזר קבורה אחת ברורה בחלקה הדרומי-מערבי של המערה.
 
מקבץ כלים 9 נמצא בחלל שהתמלא בסחף אדמה ובאבני גיר בין גושי סלע גדולים מעל משטח סלע שקרס (איור 8). פך ששפתו תלתנית (איור 1:9) המתוארך לתקופת הברזל 1 נמצא שעון אל דופן בנויה אבני שדה בגודל בינוני, ככל הנראה דופן של קבר שנבנה על גוש סלע חצוב בחלקו שקרס לתוך המערה לאחר התמוטטותה. בהצטברות של אדמה חומה שכיסתה את הקבר נמצא שבר של כלי זואומורפי בדמות ראש חיה מקרינה, העשוי מטין חום בהיר (איור 4:9).
 
מקבץ כלים 13 נמצא כוך קטן (0.3 מ' רוחב, 0.25 מ' גובה, כ-0.3 מ' עומק) שנחצב בדופן הדרומית של הסלע; סימני חציבה ניכרים בעיקר סביב פתח הכוך. בתוך הכוך נמצאו זו לצד זו קערית מזווה (איור 2:9) ופכית כדורית שעל כתפה בולטות שלוש ידיות אופקיות ובתחתית צווארה רכס בולט (איור 3:9). זוהי פכית ייחודית בעיצובה, כנראה כלי מקומי המחקה את הכלים המיקניים שכמותם נמצאו בקברים מתקופת הברונזה המאוחרת 2 במגידו.
 
מעל שרידי המערה נחצב במשטח סלע נרחב משטח דריכה (L7; אורך 1.4 מ', עומק כ-0.1 מ'; איור 10). משטחי דריכה וגתות שנחצבו במחשופי סלע מעל למערות נסקרו בעבר במורדות הגבעה (רבן 95:1999, אתר 141).
 
בסקר שנערך על הגבעה בשנות השבעים לא נמצאו כלי חרס מתקופת הברונזה המאוחרת. רבן הסביר היעדר זה בשפל שחל בתקופה זו בהיקף ההתיישבות באזור שבין הגבעות לבין רמות מנשה (רבן 17:1999–18).נראה שתוצאות החפירה הנוכחית הן עדות ראשונה לקבורה בגבעה בתקופת הברונזה המאוחרת. יש להניח כי המערה שימשה את תושבי מגידו הסמוכה, שקברו את מתיהם במדרונותיו המזרחיים של התל, אך ככל הנראה התפרסו גם לעבר הגבעה.