בחודש ינואר 2003 נערכה חפירת הצלה במערבו של אתר נחל ניצנה II שבמערב הנגב (הרשאה מס' 3765-A; נ"צ 14330-80/53775-85), לקראת הקמת יישוב חדש. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון המועצה האזורית מערב הנגב, נוהלה על ידי ח' חלאילה וי' מילבסקי, בסיוע א' דובובסקה (מפה), ל' זייגר (ציור פריטי צור) וכן ט' אריקסון-גיני וי' לנדר.
האתר משתרע במדרון הדרומי-מערבי של דיונת חול יציבה, בין נחל לבן בצפון לנחל רות בדרום; נחל רות מתחבר אל נחל ניצנה בחלקה המערבי של הדיונה. הכביש הישן שחיבר בין באר שבע לבאר מילכה עובר בשוליים המערביים של הדיונה וחוצה את האתר לשני חלקים, החלק המזרחי, העיקרי, והחלק המערבי, הקטן (איור 1). חלקו הצפוני של האתר הופרע בימינו, כנראה במהלך כריית חול. באתר הובחנה תפזורת צפופה של פריטי צור, המשתרעת בשטח של כ-5 דונם, וצפופה יותר במרכז האתר מאשר בשוליים. האתר נסקר בעבר פעמיים (מתקופת האבן 18: 63–67, אתר 103; 361 BAR, ושם מכונה 'אתר המקדחים').
שטח החפירה (100 מ"ר) חולק לריבועים קטנים (2×2 מ'). תחילה נאסף ונופה הממצא מפני השטח, ולאחר מכן נערכה החפירה. הריבועים בהם הובחנה צפיפות גבוהה של פריטי צור תועדו וצוירו טרם איסוף הממצא.בכל שלבי העבודה באתר הובחן כי הממצאים אינם באתרם וכי הם עברו תהליכי תזוזה ופיזור מחדש. כמה ריבועים נבדקו לעומק אך לא נחשפו שרידים עתיקים, לכן נראה שהפעילות בתקופות הפרהיסטוריות התקיימה רק על פני השטח.
לוקטו 6328 פריטים מצור מקומי (3–5 ס"מ) במגוון צבעים (חום, חום כהה, אפור בהיר, אפור לבנבן ואפור שקוף). צור בצבעי אפור על גווניו השונים הוא צור באיכות בינונית, לרוב מחוספס, ובו תרכיזי גיר. צור בצבע חום כהה הוא צור באיכות טובה. המכלול שלוקט חולק לשלוש קבוצות: פסולת תעשייה (87.9%), כלים (8.9%) וגרעינים (3.2%). חלוקה זו מלמדת שההכנה והסיתות של הפריטים נערכו באתר. רוב הגרעינים הם גרעיני נתזים (איור 2: 1, 2) ורק מיעוטם הם גרעיני להבים ולהבונים. בהתאמה לגרעינים רוב פסולת התעשייה מורכבת מנתזים, ובכלים נפוצים נתזים משובררים (איור 2: 3) ומשוננים ומגרדים (איור 2: 4, 5). עם זאת, הלהבים והלהבונים הועדפו להכנת מקדחים, שבולטים אף הם באתר. המקדחים באתר בגדלים שונים (איור 3: 1–8), חלקם על להבים רחבים ואחרים על להבונים; המשותף ביניהם הוא החוד הבולט, שעוצב משני צדיו בשברור זקוף שהשתרע לאורך צדי הפריט. במקדחים הובחנו שלוש קבוצות, האחת כוללת מקדחים שעיצובם לא הושלם, השנייה כוללת מקדחים בהם החוד השתמר בשלמותו והשלישית היא קבוצה גדולה הכוללת מקדחים שהחוד שלהם שבור, כנראה משימוש מוגבר (איור 3: 4, 5, 8). במכלול באתר לוקטו גם שלושה סהרונים קטנים (איור 3: 9) ושני סכינים דו-פניים שעוצבו בשברור לחץ. כן נאספו שברים רבים של ביצי יען (איור 3: 10, 11), שהיו פזורים על פני השטח. פ' בוריאן וא' פרידמן, שסקרו את האתר בעבר, קשרו את תעשיית המקדחים באתר להכנת חרוזים מביצי היען (מתקופת האבן 18: 63–67).
מהחפירה ומניתוח הממצא עולה שזהו אתר ארעי חד תקופתי, שתושביו ניצלו את הדיונות היציבות של מערב הנגב וקרבתן למקורות הצור לצורך סיתות מוגבר של פריטי צור. מצפיפות הממצא עולה שגודל האתר המקורי לא עלה על שני דונם, אך פעילות בת ימינו גרמה לפיזור של פריטי הצור בשטח רחב יותר. בניתוח כלי הצור זוהו השלבים השונים בייצור המקדחים, המלמדים שבאתר התקיימה תעשייה שהתמחתה בייצור המקדחים; לאחר השימוש במקדחים הם ננטשו באתר. נראה, כפי שסברו בעבר, שאתר זה הוא אתר חנייה, שיושביו התמחו בייצור מקדחים ששימשו להכנת חרוזים מביצי היען. תיארוך האתר בעייתי בהעדר 'כלים מנחים' פרט למקדחים. עם זאת השילוב בין מקדחים וסהרונים שכיח במכלולי תקופת הברונזה הקדומה בנגב. הסכינים הדו-פניים, האופייניים לתקופה הניאוליתית, אינם באתרם, וייתכן כי הם הובאו לכאן מאתר נחל ניצנה 4 הסמוך.