בחודש נובמבר 2005 נערכה חפירת הצלה בחורבת חומרה (ד'הרת אל-חומריה; הרשאה מס' 4616-A; נ"צ — רי"ח 17538-44/64851-62; רי"י 12538-44/14851-62), לקראת הנחת קו מים. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת מקורות, נוהלה על ידי א' ינאי (ציור וצילום), בהשתתפות א' בכר (מנהלה), נ' זאק (שרטוט), ובסיוע מ' עג'מי, פ' וולינסקי וד' ברקן.
שטח החפירה משתרע על שלוחה שטוחה מדרום לגבעת כורכר נמוכה, כ-50 מ' מצפון לאפיק נחל שורק (איור 1). באזור זה, התחום מצפון ומדרום בחוֹליות נרחבות, שוכנים שני תלים גדולים, שבהם שרידים מתקופות הברונזה והברזל: תל מחוז (תל אל-סולטאן) שממזרח לאתר ויבנה ים שממערב לאתר (חדשות ארכיאולוגיות 118: איור 1:1, 11).
נפתחו תשעה ריבועים בציר מזרח–מערב, והובחנו בהם, על פי הבדלים בצבע הקרקע, 11 קברי שוחה. החפירה הופסקה על ידי היזם כמעט מיד לאחר תחילתה ולפיכך נחשפו חלקית רק ארבעה קברים בחלקו המזרחי של שטח החפירה (1, 3, 10, 11; איור 2). הקברים על תכולתם תועדו מבלי שהוצא מהם כל ממצא. עם תום התיעוד כוסו הקברים.
ארבעת הקברים (0.3 מ' עומק מפני השטח) היו ארבעה ריכוזים של כלי חרס וממצא קטן ליד שרידי עצמות, ככל הנראה של ארבעה פרטים. בקברים, המתוארכים לתקופת הב"ת 2ב', נמצאו כלי חרס שלמים, אך מצב השתמרותם היה גרוע מאוד: הצבע התקלף וכמה מן הכלים התפוררו בעת חשיפתם. בקבר מס' 1 (איור 3) נמצאו שלוש קערות (איור 1:4–3), ששתיים מהן (איור 2:4, 3) הונחו זו בתוך זו; קערה מס' 3 היא פשוטה וחסרת בסיס. כן נמצאו בקבר זה קנקן (איור 10:4), פך (לא צויר), פכית דלייה (איור 9:4) ופכית מיובאת מקפריסין ממשפחת לבן צבוע VI (איור 6:4). קבר מס' 3 נפגע בעת כריית תעלה לצינור ביוב; שרדו בו פכית קפרית ממשפחת לבן צבוע VI (איור 8:4) ושני קנקנים (איור 11:4, 12) עם שפה מקופלת וחריץ בצד הפנימי העליון של שפתם; מאחד מהם (איור 12:4) נתלשו הידיות עוד קודם להטמנתו בקבר. קברים מס' 10 ו-11 נחפרו זה לתוך זה, ואי אפשר היה לקבוע את היחס הסטרטיגרפי ביניהם. בקבר מס' 10 נמצאו שתי קערות (איור 4:4, 5), קנקן (לא צויר), פך (לא צויר) וארבע פכיות מיובאות מקפריסין ממשפחת לבן צבוע VI (זהות לפכית מקבר 1; ר' איור 6:4). בקבר מס' 11 נמצאו רק שתי פכיות מיובאות מקפריסין, ממשפחת לבן צבוע VI (איור 7:4). הפכיות הקפריות ממשפחת לבן צבוע VI עשויות מחומר צהוב בהיר מאוד או לבן, פניהן מקורצפות אנכית, והן מעוטרות בפסים בצבע חום כהה ואפור. ההקבלות לפכיות אלו בבית הקברות במגידו ובתל מגידו מעידות כי הן יובאו לארץ ישראל בתקופת הב"ת 2ב' ובראשית תקופת הב"מ 1.
על פני השטח באזור החפירה נמצא ממצא קטן, שהועלה ככל הנראה מקברים אלה או מקברים סמוכים שלא נחפרו במהלך חריש. נמצאו סיכת רכיסה מברונזה (איור 1:5), פגיון ברונזה (איור 2:5), שתי משקולות, אחת מאבן אדומה (איור 3:5) ושנייה ממתכת (איור 4:5), וכן חרפושית מאבן שחורה שבתחתיתה חרוט דגם צמחי (איור 5:5).
הקברים שנחשפו בחפירה שייכים לבית קברות המשתרע בשולי הגבעה, סמוך לנחל שורק. מכלול בן 63 קברים, שיוחסו לתקופות הב"ת 2ב' (הרוב) והב"מ 2א', נחפר בבית קברות זה בעבר על ידי י' עורי, ככל הנראה מעט דרומה לחפירה הנוכחית (מיקום החפירה לא תועד במדויק; Ory J. 1948. A Bronze Age Cemetery at Daharat el-Humraiya. QDAP 13:75–91). מול חורבת חומרה, מעט מדרום לאפיק נחל שורק, נמצא אתר מוקף סוללה המיוחס לתקופת הב"ת 2ב', ויש להניח שבית הקברות השתייך לאתר זה. דומה כי על סמך קרבה גיאוגרפית זו ובשל העדרם המוחלט של כלים המאוחרים לב"ת 2ב' בחפירה יש לתארך את בית הקברות לתקופת הב"ת 2ב' בלבד.
בית קברות זה והאתר שאליו ככל הנראה השתייך מצטרפים לאתרים נוספים מתקופת הב"ת 2 – אתרי קבורה ואתרי יישוב – המוכרים באזור (ר' איור 1): שבע מערות קבורה חצובות בכורכר מתקופת הב"ת 2א'–ב' באל-ג'סר (חדשות ארכיאולוגיות 118: איור 10:1; חדשות ארכיאולוגיות 120; Mayer A. L. 1926. A Bronze Age Deposit from A Cave near Neby Rubin [Jaffa District]. PMJB 2:2–7; Ory J. 1945. A Middle Bronze Age Tomb at el-Jisr. QDAP 12:3–42); בית קברות מתקופת הב"ת 2א'–ב' שנתגלה בחולות ראשון לציון, כארבעה ק"מ מצפון-מזרח לחורבת חומרה (חדשות ארכיאולוגיות ק:49); אתר נחל שורק ב' – יישוב גדול מתקופת הב"ת 2א' על הגדה הצפונית של נחל שורק, אך נחתך על ידי אפיק הנחל (עתיקות 9:21–14; חדשות ארכיאולוגיות עח-עט:52; חדשות ארכיאולוגיות 118: איור 5:1); ודרומה יותר – היישובים ביבנה ים ובתל אשדוד (שכבה XXII).