בחודשים יולי–אוגוסט 1999 נערכה חפירת בדיקה בדרומו של האתר ברקה שבגן יבנה (רישיון מס' 124/1999-B; נ"צ 171758-826/631403-48), לאחר שזוהו שרידים עתיקים בפיקוח לקראת הקמת מפעל. החפירה, מטעם המרכז ללימודי ים על שם רקנאטי באוניברסיטת חיפה וחברת שירותים ארכיאולוגיים הנדסיים בע"מ ובמימון חברת אהרון יוסף ובניו בע"מ, נוהלה על ידי א' גונן, בסיוע צ' קינן (מדידות).
נפתחו שישה ריבועי חפירה, ובהם התגלו חרסים מסוף התקופה הביזנטית (המאות הו'–הז' לסה"נ) ללא שרידי בנייה. נחשף אגן מטויח רבוע (2.1 × 2.1 מ'), שנבנה בחומרי בנייה בני זמננו לתוך אדמה בתולה; הוא היה חלקו התחתון של מבנה גדול יותר שלא השתמר. נראה כי שטח החפירה משתרע בשולי האתר ברקה, שבו התגלו בחפירות בעבר שרידי יישוב, לרבות כנסייה, מהתקופה הביזנטית מתחת לשרידי הכפר הערבי ברקה (בן-ארי 2012).