בחודש ינואר 2004 נערכה חפירת הצלה במדרון הצפוני-מערבי בכפר נין (הרשאה מס' 4090-A*; נ"צ — רי"ח 2330/7260; רי"י 1830/2260) בעקבות חשיפת שרידים בעת חפירת יסודות. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ע' עמוס, בהשתתפות ו' אסמן וו' פירסקי (מדידות).
נחשפו בור וגרם מדרגות חצובים בסלע גיר רך מחוץ לתחומי היישוב העתיק.
הבור (לוקוס 3) נחצב בחלקו המערבי הגבוה של מחשוף הסלע (כ-2 מ' עומק, כ-0.4 מ' עובי תקרה; איורים 1, 2), פתחו רבוע (לוקוס 1) והוא נאטם באבני גוויל בינוניות וגדולות (איור 3). בחלקו העליון נמצאו מעט חרסים שכללו שברי גוף מהתקופה הרומית.
ממזרח לבור נחצבו שלוש מדרגות שהובילו אל פתחו (לוקוס 2, איור 4). ייתכן שהמדרגות הוביל בשלב קדום למערת קבורה עם פיר ומאוחר יותר הוסבה המערה לבור שהפיר הוא פתחו.