שכבה III (המאות הז'–הח' לסה"נ)

נחשפו שני מתקנים תת-קרקעיים (איורים 2, 3): מזרחי (L192) – מלבני, חצוב ובנוי, ומערבי (L193) – חצוב, לא-רגולרי.
קיר המתקן המזרחי הבנוי (W22; כ-2.8 × 8.5 מ' מידות פנימיות, 4.55 מ' גובה לפחות) נבנה אל תוך הסלע באבני גיר מקומיות ומהוקצעות ומדפן את החלל התת-קרקעי. בפן הפנימי של הקירות וכמטר מעל הרצפה נחשפו שורות של כוכים מלבניים ברובם (כ-0.13 × 0.20 × 0.25 מ', כ-100 כוכים בסך הכל; איור 4), מיעוטם משולשים (כ-0.20 × 0.20 × 0.25 מ') בנויים לוחות אבן גיר. על גבי הקירות הדרומי והמזרחי מדרגות בולטות המאפשרות גישה מחלקו העליון של המתקן אל רצפתו. בקיר הצפוני אומנה בנויה, ככל הנראה שימשה לתמיכת חלקיו העליונים של המתקן. על גבי רצפת המתקן, תחת שכבות של מפולות אבן ועפר נחפרה שכבה דקה וכהה המכילה עצמות יונים. משכבות המפולת הוצאו אבני גזית מסותתות, בהן מזוזת פתח.
המתקן המערבי חצוב (כ-6.0 × 8.0 × 5.3 מ'), בתקרתו פתח עגול (כ-1.2 מ' קוטר). בדופן המערבית כוכים קטנים אחדים (0.20 × 0.25 × 0.10 מ' גודל מרבי) שחציבתם לא הושלמה. לאורך הדפנות הדרומית והמערבית נחשפו קירות ששרדו לגובה 2–3 נדבכים, אפשר כי שימשו לתמיכת קיר הסלע או כמדף.
כ-75 מ' מצפון-מערב למתקנים התת-קרקעיים נמצאה מערת קבורה (L400; כ-6.5–3.5 × 10.0 מ'; איור 5) שפתחה בנוי אבני גזית ובדופנותיה לפחות חמישה כוכים (1.7 מ' אורך לפחות, 0.50–0.84 מ' רוחב). לאחר ניקוי המערה מפסולת מודרנית הופסקה חפירתה.
 
שכבה II (המאות הט'–הי"א לסה"נ(
על גבי מפלסי מפולת שנחפרו בחלל התת-קרקעי משכבה III נמצאו שרידי פעילות אנושית. שני קירות וגרם מדרגות נבנו מעל קיר המתקן הבנוי ושימשו מעבר מדורג אל החלל החצוב. בגובה 1.3 מ' מעל רצפתו נחשף מפלס חיים ונראה כי שימש למגורים או כמחסן.
 
שכבה I (המאה הכ' לסה"נ)
בשכבת פני השטח נמצאו מכלאה לצאן, תחומה בקירות (W19 ,W18 ,W15 ,W13 ,W11 ,W10; כ-26 × 33 מ'), קירות שדה (W29 ,W14) ששימשו כנראה לסימון חלקות חקלאיות ושני בורות מים. לצד בור המים המזרחי (L125) נבנו קירות (כולל שימוש בבטון) להטיית מי נגר וניקוזם אל תוך הבור (W21 ,W20 ,W16). בור המים השני, כ-300 מ' ממערב לבור 125, לא נחפר.
 
האתר שנחפר נמצא בשולי חורבת כסיף, יישוב גדול מהתקופות הרומית המאוחרת–האסלאמית הקדומה. ממצאי החפירה מלמדים על פרנסת תושבי המקום בעת ההיא וכן על תולדות המקום בתקופה המודרנית.
עצמות היונים וצורתו הארכיטקטונית של המתקן התת-קרקעי שנחשף בחפירה מאפשרים לזהותו כשובך יונים (קולומבריום) ולתארכו, לפי ממצא כלי החרס והזכוכית, לשלהי התקופה הביזנטית–ראשית התקופה האומיית. מתקנים מסוג זה הוקמו לצורך גידול יונים ואיסוף זבלם, כפי שמוכר מאתרים נוספים בנגב (Hirschfeld and Tepper 2006; Tepper 2007), שם הוצע כי זבל היונים נאסף לצורכי טיוב וזיבול שדות חקלאיים. סביר שבורות המים והקירות החקלאיים שלצד השובך שימשו כבר אז את תושבי האתר ומעידים על אופיה החקלאי-כפרי של חורבת כסיף. בשלהי התקופה האומיית ננטשו השובך והמערה שלצדו. על גבי שכבת מפולת והרס שהצטברה במתקן תועדו שרידי בנייה ומפלס חיים ארעי במערה; אלו תוארכו לתקופה העבאסית/פאטימית. השרידים מסוף התקופה העות'מאנית, בעיקר מכלאות צאן, קירות גבול והעדות על שיפוץ בורות המים מעידים על שלב נוסף של פעילות אנושית-חקלאית.