נחקרו ביסודיות המצד וסביבתו, ונוסף מידע חדש על שיטת הבנייה שלו ועל גודלו וצורתו (איורים 4, 5). ארבעה שטחים נחפרו בתוך המצד עד לסלע: השטח הצפוני (D102, C402), שבו נתגלתה הכניסה הראשית למצד (W19);חצר (B202) ממערב לקיר המערבי (W20); חדר ארוך מדרום לחצר (B102) ו'חדרים' מערביים או תאים בתוך המגדל (C120 ,C110). נוסף על אלה נתגלו גת קטנה מצפון למצד (F5 ,F4), קיר שדה בריבוע חפירה שנפתח כ-5 מ' מצפון-מזרח למצד (לא בתכנית)וקירות טרסה אחדים בוואדי, 25–50 מ' מדרום למצד; אחת מן הטרסות, 25 מ' דרומית-מזרחית למצד (שטח F,כ W19; לא בתכנית), נחפרה בעקבות נזק שנגרם מעבודות בנייה שנערכו בקרבת מקום.

הכניסה הראשית למצד (כ-1 מ' רוחב) נחשפה בקיר 19 (C402; איור 6). צמוד לכניסה ממזרח נתגלתה אבן (0.27 × 0.54 מ') ובה שמונה שקעים חצובים בשתי שורות, ככל הנראה לוח משחק.

האזור שמול הכניסה נתחם במערב בקיר (W14), שהמשיך את הקיר המערבי של המצד (W20). תעלה (F6; כ5.34 מ' אורך, 0.22 מ' רוחב, 0.31 מ' עומק; איור 7) נמשכה בציר אלכסוני (צפון-מערב–דרום-מזרח), 0.3 מ' ממזרח לטבון שנחשף בעונת 2001. התעלה שימשה כנראה לניקוז מי גשמים מפינת המצד, שם ניכרת פגיעה באבנים של קיר 14. התעלה נחצבה בסלע ודופנה באבני גזית; על חלקן ניכרים סימני אזמל בסגנון נבטי (איור 8).
הקצה הצפוני של התעלה נהרס עם התקנת הגת הקטנה ב-D102 (איור 7). הגת מורכבת ממשטח דריכה (F4; כ-1.20 × 1.48 מ', 0.2 מ' עומק; איור 9), המרוצף באבנים שעדיין נושאות שרידי טיח הידראולי, ובור איגום קטן ורבוע (5F; 0.93×  0.95 מ', 0.6 מ' עומק; איור 10); פתח בצד הצפוני של המשטח ניקז את התירוש אל בור האיגום. הגת פעלה ככל הנראה בתקופה הביזנטית הקדומה (המאה הד'–ראשית המאה הה' לסה"נ), כאשר היו גידולים חקלאיים באזור.
בחצר המערבית נתגלתה תעלת יסוד חצובה (עד 0.15 מ' עומק) של הקיר המערבי (W20). שתי כניסות בקיר הדרומי (W7) הובילו מן החדרים שמדרום לה אל החצר. הכניסה המזרחית, ביןקיר 7 וקיר 20 (0.82 מ' רוחב; איור 11), יצרה מדרגה ממפלס הסלע של 102B מטה, אל החצר; הסף לא השתמר. הכניסה המערבית (0.8 מ' רוחב; איור 12) נקבעה באמצעו של קיר 7, והיא בנויה מסף מורם וממדרגה שהובילה אל החדר; ייתכן שהסף הורם כדי למנוע חדירה של פסולת מהחצר אל תוך החדר.
בחפירות קודמות במגדל, בקצה הדרומי של המצד, נחשפו ארבעה חללים שהופרדו באמצעות שורות של אבנים (איור 13). בחפירה הנוכחית נחפרו שני החללים המערביים (C120 ,C110) עד לסלע האם. מתחת לרצפת העפר של C110 (איור 14), נתגלה בור חצוב בסלע (3F; 0.45 מ' קוטר, 0.32 מ' עומק); לא נתגלו בו ממצאים, אך במרחב הסמוך (120C) נתגלו מטבע לא מזוהה ומסמרי ברזל.
שברים של פך מסננת נבטי הנושא עיטור פלסטי נתגלו על סלע האם מול המצד (402C; איור 2:15, 3), עדות לנוכחות נבטית בתקופה הרומית הקדומה.שרידי כלי החרס בחלקים אחרים של המצד מתוארכים לתקופה הביזנטית הקדומה (המאות הד'–ראשית המאה הה' לסה"נ), והם כוללים אגנים (איור 4:15–6), פכיות (איור 7:15, 8)ופכים (איור 9:15, 10), סירי בישול (איור 11:15, 12) וקנקני עזה (איור 13:15–16). סימני פיח בתוך אחד מקנקני עזה מעידים כי שימש כופח (איור 15:15). דוגמות לשימוש במחצית העליונה של קנקני אגירה (בדרך כלל קנקני עזה) לכופחים ידועות מן התקופה הרומית המאוחרת, למשל במויאת עוואד, ובעיקר מן התקופה הביזנטית הקדומה, בממשית ובעבדת.כן נמצאו מחציתה התחתונה של פכית כדורית שגופה מצולע (איור 8:15), שנתגלתה על רצפת בור האיגום (F5), ושפה של קערת זכוכית (איור 17:15), שנמצאה בחזית המצד (D102).
 
שני קירות שדה נבדקו מחוץ למצד. קיר 18, שכיוונו מזרח–מערב (5.07 מ' אורך; איור 16), בנוי משורה של אבני שדה בינוניות–גדולות על המדרון שמצפון-מזרח למצד.בחפירות קודמות נתגלו מעט כלי חרס מן התקופה הרומית הקדומה; במהלך החפירה הנוכחית נתגלתה שפה של פך מסננת מן התקופה הרומית (איור 1:15).קיר 19 (16.5 מ' אורך כולל, 5 מ' הקטע שנחפר; איור 17) הוא חלק מטרסה שהוקמה בוואדי מדרום למצד, והוא בנוי משורה של אבני שדה גדולות; לא נמצאו ממצאים מתארכים.

המצד בחורבת בור נבנה סמוך לבור קדום, על דרך חשובה שחיברה את ממשית עם ערים אחרות בהר הנגב, ובהן עבדת.עדויות לנוכחות נבטית לאורך דרך זו נתגלו באתר שלא נחפר בכניסה הצפונית לירוחם וסמוך למצד ירוחם.לאחרונה נתגלתה אבן מיל רומית בתוואי זה, בין מדרשת שדה בוקר לעבדת (ח' בן-דוד, מידע בעל פה).עדויות לנוכחות הצבא הרומי נמצאו לאורך הדרך במצד ירוחם ובחורבת חלוקים.
חורבת בור יושבה לראשונה על ידי הנבטים במהלך התקופה הרומית הקדומה. בתקופה זו נבנה הבור המקושת. עד כה לא נתגלו מבנים נבטיים נוספים באתר, אולם המטבעות וכלי החרס הנבטיים שנתגלו בכל האזור, ואבני הגזית עם סימני אזמל בסגנון נבטי שנמצאו בחפירה הנוכחית, מצביעים אולי על מבנה נבטי שנהרס כדי לפנות מקום לבניית המצד הרומי המאוחר, בימיו של דיוקלטיאנוס. בתקופה זו הוקמו מתקנים צבאיים רבים בכל רחבי הנגב, הערבה ועבר הירדן.
הממצאים שנתגלו בחפירה הנוכחית ובחפירות קודמות מצביעים על כך שהמצד היה מיושב בתקופות הרומית המאוחרת–הביזנטית הקדומה (סוף המאה הג'–ראשית המאה הה' לסה"נ).אם כך, נראה שהגת הותקנה במהלך סוף המאה הד' או בראשית המאה הה' לסה"נ.
מתוצאות החפירה הנוכחית עולה כי השחזור הראשוני של תכנית המצד (ישראל ואריקסון-גיני 2001–2002) שגוי. המבנה העיקרי הוא מלבני; בקצהו הדרומי מגדל, ובתוך החדר המרכזי גרם מדרגות. הכניסה הראשית למצד היא בקיר הצפוני, וצמוד לה נתגלה לוח משחק, כנראה לשימוש השומרים. לוח משחק מסוג זה נתגלה גם בתוך השער הדיוקלטיאני בממשית.הגת וקירות אחרים סביב המבנה העיקרי נוספו בסוף המאה הד' או בראשית המאה הה' לסה"נ.