מערת הקבורה חצובה בסלע בראש המורד הצפוני של השלוחה ויש בה חצר חצובה וחזית חלקה שבה פתח המוקף במסגרת כפולה חצובה במדורג (איורים 1, 2). פתח המערה (0.6 מ' רוחב, 0.7 מ' גובה) הפונה צפונה הותקן במפלס הגבוה בכ-0.8 מ' משכבת המילוי שעל גבי רצפת חדר הקבורה המרכזי (2.6 מ' אורך, 2.4 מ' רוחב, כ-1.4 מ' גובה ממפלס הסחף עד לתקרה) ולא נראתה מדרגה שהקלה על הכניסה. הדופן הצפונית של חדר הקבורה ישרה ואילו הדפנות האחרות מעוגלות. מדרגה חצובה בחלק הדרומי של המערה מעידה כנראה על בור עמידה שנחצב במרכז המערה, שסביבו הותקנו אצטבות קבורה. בפינה הצפונית-מזרחית של המערה הותקן כוך קבורה או ליקוט (1.4 מ' אורך, 0.7 מ' רוחב, גובה לא ידוע בשל סחף אדמה) שבתוכו נותר מן השוד נר הרודיאני תמים (איור 3) המוכר ממכלולים למן התקופה הרומית הקדומה ועד לשליש הראשון של המאה הב' לסה"נ (Rosenthal and Sivan 1978: 80).

 
למערת הקבורה מאפיינים אדריכליים, דוגמת הפתח המוקף במסגרת מדורגת, בור עמידה וכוך קבורה, הנפוצים בקברים רבים שתועדו בעבר בנקרופוליס של ירושלים משלהי ימי הבית השני (קלונר וזיסו תשס"ג). הנר ההרודיאני שנתגלה במערה מחזק את ההנחה כי המערה הותקנה לקבורה בשלהי ימי הבית השני ושימשה את תושבי היישוב היהודי הגדול בבית נטיף. ייתכן כי אצטבות הקבורה הערוכות סביב בור העמידה מעידות כי המערה הותקנה כבר במאה הב' לפסה"נ (Kloner and Zelinger 2007).