האתר חולק לארבעה רבעים (SW ;SE ;NW ;NE) שמרכזם בערך במרכז הכפר העתיק ומחולקים לרשת של ריבועים (5×5 מ'). נפתחו שלושה שטחי חפירה (איור 1): הכפר העתיק (שטח 2000); בית הכנסת והכפר המודרני (שטח 3000) והמקווה הדרומי (שטח 4000).

 
שטח 2000 (ריבועים 7/8; 7/7 SE)
נפתחו שלושה ריבועים (5/4, 5/3, 5/2 NE) שנסגרו אחרי חמישה ימים כאשר התברר שהשטח היה שפך פסולת מודרני. נפתחו שני ריבועים חדשים (7/8, 7/7 SE) בדרום הטרסה ובהם החלו להופיע שרידים מהתקופות הרומית המאוחרת והביזנטית כ-0.5 מ' מתחת לפני השטח (איור 2).
בריבוע 7/7 SE נחשפו שלושה קירות: קיר (W205) בכיוון צפון–דרום שאליו ניגשו שני קירות (W208 ,W207) בכיוון מזרח–מערב לאורך המחיצות הדרומית והצפונית של הריבוע. השטח שבין הקירות היה מלא במפולת אבנים (L2039; לא נחפר). החפירה לא הגיעה ליסודות הקירות ולא נמצאו רצפות או משטחים שניגשו אליהם.
נחשפו שני קירות (W202 ,W201) שהתחברו בפינה הדרומית-מזרחית של ריבוע 7/8 SE. קיר 201 שכיוונו צפון–דרום נמשך לאורך המחיצה המזרחית של הריבוע ואילו קיר 202 נמשך לאורך המחיצה הדרומית (כ-27.2 מ' גובה בסיס). לא נמצאו רצפות או משטחים שניגשו לקירות. מילויי אדמה שנמצאו סמוך לקירות והכילו חרסים ביזנטיים וממלוכיים-עות'מאניים, כיסו קיר קדום (W206) שכיוונו צפון–דרום והוא מקביל לקיר 205 ובאותו המפלס. מפולת אבנים (L2029) ממערב לקיר 206 לא נחפרה וממזרח לקיר נחשפו שני משטחים: משטח של אבנים קטנות בפינה הצפונית-מזרחית של הריבוע
(L2037; גובה 26.99–27.04 מ') ורובד של טיח מהודק מונח על משטח האבנים
(L2038; גובה 26.89–27.02 מ') בצד הדרומי של הריבוע. החפירה לא הגיעה לבסיס קיר 206.
 
שטח 3000 (ריבועים 3/5, 3/8, 4/7, 3/7, 2/7 SW; איור 3)
פריטי האדריכלות מגיר לבן החצובים בעדינות ושייכים כנראה לבית כנסת מרוכזים מעל ערמת מפולת גדולה ובצדיה (ריבוע SW3/5; להלן). בבסיס המדרון המזרחי של ערמת המפולת נמצא בור מים (8.5 מ' עומק) סגור באבן כיסוי עגולה. פנים בור המים נבדק ומופה על ידי י' שבתיאל והסתבר כי בחלקו התחתון של הבור יש שלוש מחילות מסתור שנחצבו כנראה במהלך המרד היהודי הראשון או השני נגד הרומאים.
בניקוי הצמחייה בבסיס המדרון המערבי (ריבוע SW3/8) נחשפו ארבע אבני ריצוף מסיביות ושני גושים של אבני מפתן, כולם מאבן גיר לבנה (28.85–28.97 מ' גובה). האבנים לא נמצאו באתרן אך ייתכן שאינן רחוקות ממיקומן המקורי. בניקוי מפולת האבנים מעל אבנים אלה, לאורך המחיצה המזרחית של ריבוע SW3/8, נחשף קצהו המערבי של קיר (W301; כ-30.79 מ' גובה עליון) בכיוון מזרח–מערב וקיר בכיוון צפון–דרום (W304; כ-30.42 מ' גובה עליון) הניגש לקיר 301 מדרום ונמשך לאורך צדו המזרחי של הריבוע. קיר 301 נמשך מזרחה לאורך הצד הצפוני של ריבוע SW3/7 ומסתיים בריבוע SW3/5 (להלן). קיר 304 מאוחר לקיר 301 ובנוי שונה ממנו, מאבני בזלת ריבועיות וחצובות היטב. החפירה בריבוע SW3/8 נפסקה לאחר הסרת המפולת וחשיפת ארבעה נדבכים מקיר 304.
בראש ערמת המפולת בריבוע SW4/7 נחשף קטע מחדר של בית מהכפר העות'מאני. תחום בקירות W302 ו-W303 בצדיו המזרחי והדרומי (30.0–30.5 מ' גובה עליון). מתחת לכתמי טיח שזוהו בעת ניקוי פני השטח (L3003; גובה 30.32 מ') נחשפו 3–4 שכבות טיח (L3008 ,L3006; גובה 30.06–30.14 מ') ובהן שני מיכלי מתכת מרוסקים, מפתח וכיסוי של פגז שנותר מאימוני צה"ל בשטח הכפר בשנים 1948–1968.
שכבות הטיח 3006, 3008 כיסו על 15 קורות עץ שרופות (L3011 ,L3010; כ-29.85 מ' גובה), שהיו מונחות על מפלס רצפת טיח (L3025; כ-29.88 מ'; איור 4). שכבות 3003, 3006 ו-3008 הן כנראה שכבות של בוץ וטיח שהונחו מעל קורות העץ של התקרה. זוהי שיטת קירוי ידועה שתועדה בבתים פלסטינאיים מסורתיים בהרי חברון (הירשפלד י'. 1995. בית המגורים הפלסטינאי בתקופות הרומית והביזאנטית. ירושלים, עמ' 123). בין הקורות השרופות מעל רצפה 3025 נתגלה מוט ברזל מעוקל במרכז החדר שאולי היה תלוי מקורת תקרה. קיר קצר (W305; גובה עליון 30.33 מ') בולט צפונה מקיר 303 ומחלק את המרחב הדרומי בחדר לשניים. בפינה הדרומית-מזרחית של החדר נראים מעל רצפת הטיח קווי מתאר של 4–5 תומכים, ככל הנראה של ארון. חפצים שאוכסנו במדפי הארון נפלו על רצפת החדר: בקבוק זכוכית שלם, מיכל מתכת עם מכסה, משקולת אבן, מפתח ומטבע של 20 מיל. חלקו הצפוני של החדר (ריבוע SW3/7) לא נחפר.
 
בריבוע SW2/7, מצפון לקיר 301 נחשף במזרח קיר בכיוון צפון–דרום (W308; כ-30.85 מ' גובה עליון). מפולת אבנים גדולה שמכסה את פני שטח נפלה על רצפת טיח שממנה נותרו קטעים אחדים (L3021; גובה 30.32 מ'). שורת אבנים מהוקצעות בכיוון צפון–דרום המחלקת את הריבוע מייצגת כנראה קשת שנהרסה.
 
ריבוע SW3/5 ממזרח לערמת המפולת נפתח בשל הסיבות הבאות: (1) ההנחה שבור המים שנמצא מדרום-מזרח היה ממוקם בחצר מחוץ לבית הכנסת; (2) ציפייה שפני השטח מהתקופות הרומית והביזנטית לא יהיה רחוק מדי מפתחו של בור המים; (3) מציאת פריטים אדריכליים מעוטרים בין אבני המפולת.
בתחילת החפירה נראה קצהו המזרחי של קיר 301 בפינה הצפונית-מערבית של הריבוע, ניגש לקיר (W307; גובה בסיס 29.32 מ'; איור 5) שכיוונו צפון–דרום. פינת הקירות הייתה מלאה במילוי מהודק מעל רצפת טיח (L3013; גובה 29.55–29.60 מ'). הקירות הושתתו מעט מתחת למפלס רצפה 3013. מתחת למפלס רצפה 3013 נחשפו שכבות אדמה (L3015, גובה 29.3 מ'; L3014, גובה 29.22 מ') שהכילו חרסים מהמאות הי"ט–הכ' לסה"נ. בשטח שנותר היו מילויים ובהם חרסים וחפצים מהמאות הי"ט–הכ' לסה"נ, מטבעות אחדים מהתקופה הרומית המאוחרת, אבני פסיפס זעירות רבות, שברי רעפים ושבר של אגן שיש ששפתו מעוטרת. המילויים כיסו מפלס של טיח קשה ואבנים קטנות (L3024–L3022 ,L3018) שעליו נערמו 32 כדורי עופרת של רובה קל ארוך קנה (28.77 מ' גובה), שהיו שייכים לרובה מברזל שנחשף בולט ממחיצת הריבוע ימים אחדים קודם לכן; לקצה אחד של הקנה היה צמוד כדור נוסף. מפלס הטיח והאבנים טיפס וכיסה את חלקו העליון של קיר אבני גזית מונומנטלי שכיוונו צפון–דרום
(W310; גובה עליון 28.72 מ'). הפן הדרומי של אבן הגזית הדרומית חצוב בצורה של דלת ומתחתיו, מדרום נמצאה אבן סף חלקה שהמשכה בתוך המחיצה הדרומית (28.18 מ' גובה עליון; איור 6). המילוי המודרני בצד המזרחי של הקיר הונח כנראה ליישור השטח לפני שהונח מפלס הטיח והאבנים.
שורת אבנים גדולות בכיוון צפון–דרום ממערב לקיר 310 הייתה בשימוש משני בהקשר למפלס הטיח והאבנים המודרני. האבן הדרומית צפה והתעגלות קטנה בפן המזרחי שלה מעידה אולי על היותה אבן קשת שטוחה שהייתה מעל הכרכוב של פתח הכניסה הסמוך. קיר דק בכיוון מזרח–מערב (W309; מפלס עליון 28.85 מ') ניגש לפן המערבי של שורת האבנים ונמשך לתוך מחיצת הריבוע. החפירה במעבר הצר (L3029) בין קיר 310 לשורת האבנים נעצרה כאשר החל להיחשף רובד של טיח עבה מעל הפן המערבי של אבן הגזית הדרומית בקיר 310. חשיפת אבן הסף והטיח שמכסה את הפן המערבי של קיר 310 מעידים שזהו הקיר המזרחי של מבנה מונומנטלי, ככל הנראה בית כנסת.
 
שטח 4000 (ריבועים 27/9; 27/8; SW27/7)
נחפרו מעבר מדורג (כ-6 מ' אורך, 1.2 מ' רוחב) וחציו הדרומי של חדר טבילה של מקווה (איור 7). חמש המדרגות העליונות במעבר נבנו מגושי אבן חתוכים ויתר המדרגות נחצבו בסלע הטבעי. במדרגות (כ-0.4 מ' אורך מדרך, כ-0.3 מ' גובה) ניכרים סימני שימוש במרכזן ומדרגה 11 תוקנה ככל הנראה במילוי של אבנים קטנות. על חמש המדרגות התחתונות ועל קירו הדרומי של המעבר השתמר טיח. שתי צלעות אנכיות מטיח מעוצב המתאימות לקצוות של מדרגות 11 ו-12 נמשכות מעלה עד גובה הטיח בקיר המעבר הדרומי.
לחדר הטבילה שחצוב בסלע צורת טרפז (איור 8). הכניסה אליו הייתה דרך פתח באמצע הצד המערבי (2.3 מ' אורך, 1.3 מ' גובה, הכרכוב בעומק 3 מ' מפני שטח). אורכו של הקיר הפנימי המזרחי בחדר הטבילה (4.6 מ') כפול מאורך הקיר המערבי ורחוק ממנו 4.5 מ'. בתחתית חדר הטבילה סידור לא שגרתי שבו שתי מדרגות בלבד. המדרגה העליונה
(L4005; רוחב 1.5 מ', גובה 0.4 מ') מיד בכניסה והמדרגה השנייה (L4006; רוחב 0.4 מ', גובה 0.4 מ') צרה יותר. השטח שמקצה מדרגה 4006 ועד לקיר המזרחי (כ-2.6 מ' מרחק) הוא בריכת טבילה רחבה ורדודה. התקרה בחלק הפנימי של חדר הטבילה מרוחקת 2.35 מ' מהרצפה ועולה לכיוון הפתח, בהמשך למדרגות.
 
החרסים שנמצאו ברובד אדמה דק (L4002; עובי 0.07–0.10 מ') שכיסה את רצפת הטיח של המקווה מתוארכים לתקופות הרומית והביזנטית ומעידים שהמקווה פסק לשמש בתקופה הביזנטית. קירות חדר הטבילה ותקרתו מכוסים בשכבות טיח הידראולי אחדות המעידות על שימוש ממושך. בתשתית הטיח שעל הקיר המזרחי נראים חרסים מצולעים מהתקופה הביזנטית (ד' אבשלום-גורני, מידע בע"פ). ייתכן שהחרסים קשורים להפיכת המקווה לבור מים, כפי שמעיד הפיר שנחצב לתוך תקרת המקווה מפני השטח (3.0–3.5 מ' גובה).