בחודש דצמבר 2007 נערכה חפירת הצלה בנין (הרשאה מס' 5155-A; נ"צ 23298-9/72640-1), לקראת בנייה. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון בעל הקרקע מ' זועבי, נוהלה על ידי פ' אבו זידאן (צילום), בסיוע י' לבן (מנהלה), ר' מישייב (מדידות ושרטוט), ע' שטרן (ייעוץ קרמיקה) וח' טחן-רוזן (ציור קרמיקה).
הכפר נין שוכן לרגלי גבעת המורה מצפון. נפתח ריבוע חפירה בשוליים הצפוניים של הכפר צמוד לשרידי מבנה מן התקופה העות'מאנית, שנפגע במהלך פריצת דרך. נחשפו שלוש שכבות בנייה (1–3; איור 1): בשכבה 1, הקדומה, נחשפו שרידי אמת מים שזמנה אינו ידוע, אך היא קדומה לתקופה הממלוכית, בשכבה 2 נחשפו שרידי מבנים מהתקופה הממלוכית ובשכבה 3 אותרו שרידי בנייה מן התקופה העות'מאנית.
שכבה 1 (איור 2).נחשפו שרידי אמת המים חצובה בסלע (L19; כ-0.65 מ' רוחב מרבי; כ-1 מ' עומק), בכיוון צפון–דרום. הדופן המזרחית של האמה ישרה ואילו בדופן המערבית, בגובה של 0.3 מ' מהקרקעית, נחצבה מדרגה, המרחיבה את חלקה העליון של האמה (כ-0.65 מ' רוחב בחלק העליון, כ-0.35 מ' רוחב בחלק התחתון). על סמך כיוון האמה נראה שהיא הוליכה מים מהמעיין של הכפר אל שדות בצפון הכפר. בתוך התעלה התגלה מילוי אבנים, שהוכנס כנראה בעת הכנת השטח לבנייה בשלב מאוחר יותר. באמה התגלו חרסים מן התקופות הרומית והביזנטית, אך נראה כי הם נסחפו לכאן לאחר שהאמה יצאה מכלל שימוש. מעל האמה התגלו שרידי מבנה מהתקופה הממלוכית, ולכן ברור כי זמנה של האמה קדום לתקופה זו.
שכבה 2 (התקופה הממלוכית; איור 3). עיקר הבנייה בשטח החפירה מתוארך לתקופה הממלוכית. הובחנו שני שלבי בנייה. לשלב הקדום שויכו קיר (W21) ורצפה מדרום לו
(L18). קיר 21 נבנה בניצב לאמת המים, ולו תעלת יסוד חצובה, שנחפרה לתוך אמת המים ומבטלת אותה. רצפה 18 עשויה מגיר מהודק (כ-3 ס"מ עובי) ומושתתת על אבני גוויל קטנות; נראה שהיא ניגשה אל קיר 21 מדרום. בשלב זה התגלו חרסים, ובהם שברי סיר בישול המתוארך למאה הי"ג לסה"נ (איור 4: 4).
לשלב המאוחר שויכו שלושה קירות של מבנה (W12–W14) ורצפת גיר מהודק (L16) השייכת לאותו מבנה. שלושת הקירות נבנו מעל רצפה 18 מהשלב הקדום. בקיר 13 התגלה פתח המבנה (כ-1 מ' רוחב). רצפה 16 אותרה רק בחתך הדרומי של הריבוע, צמוד לפן הדרומי של קיר 12. בשלב זה התגלו חרסים, ובהם קערות המתוארכות למאה הי"ד לסה"נ (איור 4: 1, 3).
שכבה 3 (התקופה העות'מאנית; איור 5). במהלך פריצת הדרך באמצעות כלי מכני לקראת הבנייה הוסרה שכבת פני שטח (כ-1 מ' עובי), ונהרסו שרידי בנייה מהתקופה העות'מאנית. בחתך הדרומי של הדרך הובחנו שרידי קירות, רצפת גיר ושכבת מפולת מתקופה זו. שרידים אלה לא נחפרו, ותיארוכם מבוסס על שברי קערה וקנקן מהתקופה העות'מאנית (איור 4: 2, 5), שהתגלו במהלך הסדרת חתך החפירה הדרומי ובמהלך הסרת שכבת פני השטח.
טרם התקופה הממלוכית עברה בשטח החפירה אמת מים, שסיפקה כנראה מים לשטחים החקלאיים של הכפר או לבית חווה בשוליים הצפוניים של הכפר. בתקופה הממלוכית נבנו על גבי הסלע מבנים. היישוב בתקופה זו מתרחב ומגיע כמעט עד לשולי הכפר של היום. בתקופה העות'מאנית נמשך היישוב במקום, וחלק מהמבנים אף היה מוכר לבני המקום בימינו. רוב המבנים מהתקופה העות'מאנית נהרס כתוצאה מהתפתחות היישוב.