בחודשים אוקטובר ונובמבר 2009 נערכה חפירת בדיקה באזור חורבת כלח בנקיקי סלע, שנראו כמערות (הרשאה מס' 5764-A; נ"צ 198310/647645), בעקבות פיקוח על חפירת יסודות של מבני תעשייה באזור התעשייה מודיעין. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת גב-ים הייטק בע"מ, נוהלה על ידי מ' היימן (צילום).
באזור נערכו חפירות הצלה (חדשות ארכיאולוגיות 122; הרשאה מס' 5661-A) ונחשפו בהן טרסות חקלאיות.
נחפרו שני נקיקי סלע שנראו כמערות: נקיק אחד ללא גבולות ברורים (L100; מידות כ-3×5 מ', כ-1.5 מ' עומק; איורים 1, 2) שעל דופנותיו סימני חפירה של כף טרקטור. הנקיק השני (L101; מידות 4.4×3.5 מ', 2.1 מ' עומק; איורים 3, 4) נמצא מלא בחומר אורגני כהה שהכיל שיחים שנפלו פנימה מפעולת הדחפור, ואף על דופנותיו נמצאו סימני חפירה של כף טרקטור.
בחפירה לא נמצאו עתיקות. השטח הנבדק הם שרידי בורות שנחפרו בדחפור בעת בדיקות קרקע כשנה לפני החפירה.