שכבה IIב. נחשפו קטעים של שני קירות אבן (W120 ,W118) ממבנה יחיד שיסודותיו היו מונחים על סלע הגיר הטבעי (איור 2). קיר 118 (יותר מ-4 מ' אורך, 1 מ' רוחב) במזרח נבנה משתי אומנות מסותתות מאבן גיר רכה. האומנה הדרומית השתמרה לגובה של שישה נדבכים (1.5 מ' גובה) ואילו מן הצפונית נותרו רק שני נדבכים (איורים 3, 4). הקיר בין שתי אומנות האבן נבנה מאבני גוויל קטנות יותר ומהוקצעות. שרידי טיח שנראו על אומנת האבן הדרומית (ר' איור 3) עשויים להעיד שהאומנות היו כנראה יחידות עצמאיות לפני שנוספו קטעי האבן ביניהן. קיר 120 (יותר מ-2.5 מ' אורך), מקביל לקיר 118 ומרוחק ממנו 4 מ' מערבה, נחשף רק בפן המזרחי שלו, רובו מעבר לגבולות הריבוע (איור 5). הקיר נבנה מאבני גוויל מהוקצעות על הסלע הטבעי והשתמר לגובה שישה נדבכים

(1.5 מ' גובה). תעלת ניקוז קטנה מאבן (L121) שנבנתה לתוך הקיר (0.3 מ' רוחב, 0.3 מ' גובה), נועדה כנראה לנקז את המים לצדו המערבי של המבנה לכיוון תחתית המדרון (איור 1: חתך 3–3). מפלסי החיים הנמוכים ביותר שהיו קשורים לקיר 118 היו פני סלע הגיר הרך והטבעי שהיו מפולסים (L126), קטע קטן של לוחות אבן וקטעי גיר אחדים

(L122). הסלע הטבעי (L119) שנחשף בבסיס קיר 120 היה נמוך בכ-0.3 מ' מהסלע הטבעי ב-L126, בשל המדרון הטבעי של הגבעה ממזרח למערב. לא ברור אם משטחי סלע אלה שימשו למפלסי חיים או שפולסו בתהליך הבנייה. כ-0.5 מ' מעל מפלסי סלע אלה נחשפו קטעי רצפה של אדמה מהודקת עם גיר (L114 ,L113, ו-L116). רצפות 113 ו-114 העשויות מרבדים דקים של טיח גירני בצבע צלהב, ניגשו לקיר 118 ואילו רצפה 116 ניגשה לקיר 120. כל מפלסי הרצפה היו במפלס כמעט אחיד ומכאן שהם היו בשימוש עם הקירות באותה תקופה. עצמות בעלי חיים, בעיקר של עז/כבש ומיעוט של בקר ואולי צבי, נמצאו בהצטברויות שמעל רצפות 113, 114 ו-116. מיעוט החרסים מתחת לרצפות והכמות הנכבדת מעליהן כללו מגוון של סירי בישול פשוטים ומזוגגים, עשויים ביד ובאובניים (איור 6), קערות צבועות ביד (איור 7: 1, 2) ופכים (איור 7: 3–9). לא נמצאו כלים מזוגגים צבעוניים ונראה ששכבה IIב מתוארכת לראשית התקופה הממלוכית, אולי בתחילת המאה הי"ד לסה"נ. בתעלת ניקוז 121 נמצאה טבעת ברונזה דקה ומעל רצפה 113 נמצא מסמר ברזל בעל חתך מרובע (לא צוירו).

 
שכבה IIא. הקירות העיקריים של המבנה, 118 ו-120, המשיכו כנראה לשמש אולם בתוך החדר נעשו שינויים. מפלסי רצפה חדשים (L110 ,L109; כ-0.1 מ' עובי) הונחו מעל לשכבה שהצטברה על הרצפות הקדומות (ר' איור 1: חתכים 1–1, 2–2). מתקן גדול מעוגל (L115; כ-3 מ' קוטר; איור 8) שנחפר לתוך מפלס חיים 110 העליונה והיה מוקף אבנים קטנות שחלקן הונחו בעמידה על צדן הצר. לצדו המזרחי של המתקן היה צמוד מתקן קטן יותר (L117) שצורתו חצי עיגול. הרצפות והמתקנים טויחו בטיח שצבעו צלהב. במתקנים נמצאו רובדי טיח זה על גבי זה וכן מעט חומר אורגני, פחם וחרסים. במחיצה הצפונית נחשפו שני עמודי אבן גיר קטנים (W112, W108A; כ-1 מ' גובה השתמרות; איור 9).
החרסים בהצטברות מעל לרצפות כללו שברים מזוגגים אחדים, בהם קערות מזוגגות עם עיטור סגרפיטו חתוך (איור 10: 2, 7, 10, 11), קערות מחופות בצבע (איור 10: 3, 8), קערות איטלקיות מזוגגות (איור 10: 1, 5, 6) וקערות מחומר פריט רך (איור 10: 9). המכלול הקרמי מתארך את שכבה IIא לשלב מאוחר בתקופה הממלוכית (המאות הי"ד–הט"ו לסה"נ). נמצאה גם קערה מזוגגת מחומר כחול חולי (איור 10: 4) המתוארכת לראשית התקופה הממלוכית.
 
שכבה I. בתקופה העות'מאנית המאוחרת, לאחר ששכבה II נעזבה והבית נסתם במילוי, נחפרו תעלות שוד (L104a ,L102) לתוך רצפה 110, כנראה להוצאת אבני בנייה מקיר 118 הקדום (ר' איורים 1: חתכים 1–1, 2–2; 2). מעל תעלות השוד הונחו נדבכי המסד של קירות המבנה החדש (W106 ,W105 ,W103) שנמצאו בו שברי כלי חרס אחדים של קנקנים עות'מאניים ושברי זכוכית בני זמננו (לא צוירו).  
 
נראה שקירות 118 ו-120 משכבה II היו חלק ממבנה גדול. עם זאת, השטח המצומצם שנחפר מנע קבלת תוכנית מסודרת. על סמך כלי החרס שנמצאו על הרצפות של שכבה IIב מהשלב הקדום, נראה שהמבנה הוקם בתקופה האיובית המאוחרת או בראשית התקופה הממלוכית והיה בשימוש במהלך המאה הי"ד לסה"נ. ריכוז עצמות בעלי החיים וכלי בישול מעידים שהשטח שימש מטבח. 
השינויים במבנה בשכבה IIא מהשלב המאוחר, עדיין בתקופה הממלוכית, הפכו את החדר לאזור ייצור ועיבוד, אף שלא ניתן לקבוע איזה מוצרים עובדו בו. כלי החרס מלמדים שהמבנה נעזב במאה הט"ו לסה"נ.
במקורות כתובים מימי הביניים נזכרים ביקורים של עולי רגל נוצריים בכפר כנא שזוהה עם נס החתונה של ישוע שהפך מים ליין. במאות הט"ו–הט"ז לסה"נ תיעד רבי משה בסולה שוק מקומי פורח בכפר כנא, לשם הביאו יהודים תושבי צפת צמר למכירה.
מהחפירה עולה היעדר מבנים קדומים לתקופה הממלוכית. חפירות קודמות בשטח הכפר העלו שהיישוב מתקופות הברונזה הקדומה והתיכונה הוקם סמוך למעיין ואילו היישוב מתקופת הברזל 2 והיישובים מהתקופות ההלניסטית והרומית הוקמו בגבעה המערבית בכרם א-ראס. האזור שאחר כך הפך להיות גרעין הכפר שימש בתקופה הרומית אזור קבורה, כפי שמעידות עשרות מערות קבורה שנחשפו במהלך עבודות פיקוח בכפר. רק בראשית התקופה הביזנטית נבנתה כנסייה שהנציחה את נס הפיכת המים ליין ושרידיה נחשפו על ידי הפרנציסקנים מתחת לכנסיית החתונה הנוכחית. הכנסייה הייתה כנראה המבנה הראשון שהוקם באזור זה ובעקבותיה התפתח השטח סביבה לגרעין הכפר. נכון להיום, רק שרידים מעטים מהתקופה הביזנטית נמצאו בגרעין הכפר; מרבית השרידים שנחשפו בפיקוח או בחפירות קטנות תוארכו, כמו החפירה הנוכחית, לתקופה הממלוכית ואילך.