בחודש אוקטובר 2004 נערכה חפירת הצלה באתר של עין המורה צפון (הרשאה מס' 4275-A; נ"צ 232709/726354), בעקבות חשיפת שרידים עתיקים בעת בניית בית. החפירה, מטעם רשות העתיקות, נוהלה על ידי ק' קובלו-פארן (מדידות, צילום), בסיוע י' לבן (מנהלה), א' בן-ציוני (פיקוח), ח' טחן (ציור ממצא) ונ' גצוב (צור).
היישוב העתיק שנמצא מתחת ליישוב המודרני של נין מחולק לשני אתרים סמוכים, נין ועין המורה (צפון) שממערב לנין וליובל של נחל טבת (איורים 1, 2). האתר נסקר בעבר על ידי נ' צורי (1977. נחלת יששכר סקר ארכיאולוגי, ירושלים, עמ' 64, אתר 99, עין רוז [עין המורה]) וצ' גל (מפת עין דור [45], אתר 10) שתיעד בו מתקנים חקלאיים חצובים בסלע, קברים וחרסים מתקופות הברונזה הקדומה, הביניימית והתיכונה וכן מתקופת הברזל 1–2.
האתר מעל מדף שטוח לרגלי המדרון הצפוני של גבעת המורה ומצפון למעיין עין המורה. היום מכוסה השטח במטע זיתים והכפר המודרני מתפשט מערבה לכיוון השוליים המזרחיים של האתר.
נחפר ריבוע אחד (25 מ"ר) ונחשפו שרידי יישוב משכבה אחת שנמצאה 2 מ' מתחת לכסוי סחף כבד ומתוארכת לתקופת הברונזה הביניימית.
שכבה I (איור 3)
השרידים האדריכליים הדלים משכבה זו כוללים רצפת אבנים (לוקוס 101), המורכבת ממפלס מהודק היטב של אבני בזלת קטנות ובינוניות ואבני אבן גיר (0.25 מ' עובי; איור 4). בין אבני הריצוף נמצאו חרסים רבים ופריטי צור, אולם רק עצמות בעלי חיים אחדות. ראויים לציון כתמים של חומר פיתוליטי לבן. המפולת מעל הרצפה סוננה היטב (מסננת גדולה, 1 מ"ר) כדי להעצים את חשיפת הממצא. הסרת רצפה 101 העידה שהייתה מושתתת על הסלע הטבעי מבזלת (לוקוס 102; איור 5).
ממצא כלי החרס (איור 6) מתוארך לתקופת הברונזה הביניימית ויש בו אלמנטים האופייניים למכלולים בני התקופה בעמק יזרעאל, כמו כלי חרס עשויים ביד עם גימור על אובניים וכן עיטור חבל וחריתה. הפן החיצוני של החרסים השתמר גרוע ולכן אם היה עיטור בצבע אדום על פני הכלים, הוא לא שרד כלל. הקערות כוללות קערות גדולות פתוחות בעלות שפה מעובה (איור 6: 1–5) וקערה עם ידית מדף צמודה לשפה (איור 6:6). כמו כן נמצאו פערורים במגוון צורות (איור 6: 7–10) וסירי בשול כדוריים שלהם שפה פשוקה (איור 6: 11, 12). לקנקנים (איור 6: 13–19) ידיות מדף מקופלות (איור 6: 20, 21) או ידיות אוזן שטוחות (איור 6: 22) ולחלקם עיטור של רצועה מבוהנת על התפר שבין הגוף לצוואר (איור 6: 14). בין כלי החרס הקטנים והסגורים, כמו פכים וקנקניות נמצאו רק ידיות, כגון ידית אוזן שטוחה עם עיטור, של פך (איור 6: 23) וידיות מאונכות בעלות חתך משולש, של קנקניות (איור 6: 24, 25).
נמצאו מעט חרסים מעובדים ומעוגלים (איור 7: 1–3) שאולי שימשו פקקים. לאחד מהחרסים המעובדים (איור 7: 4) יש סימני קידוח באמצעיתו משני הצדדים, אולי פלך טווייה שהכנתו לא הושלמה. פריטי הצור המעטים כללו פסולת סיתות, גרעינים, שקערוריות ולהב כנעני.
למרות שטחה המצומצם של החפירה, נראה כי מפלס האבנים משכבה I הוא חלק מרצפת אבן גדולה יותר שניתן להשוותה למפלסי ריצוף נרחבים שנחפרו באתר מתקופה זו בעין אל-חילו (מגדל העמק), בקצה הצפוני של עמק יזרעאל. שם זוהו מפלסי האבן כחלק מאזורי עבודה לעיבוד תוצרת חקלאית ומוצרים משניים נוספים, בעקבות מציאתם של מכתשי אבן גדולים בהקשר למפלסים, שהיו חלק מאזור שיתופי ששימש את כל תושבי הכפר (Covello-Paran K. 2009. Socio-Economic Aspects of an Intermediate Bronze Age Village in the Jezreel Valley. In P. Parr, ed. The levant in Transition. Leeds. Pp. 9–20). כמו בעין אל-חילו, גם החפירה הנוכחית ממוקמת בשולי האתר, על הגדה הנגדית של נחל טבת. נראה לפיכך שגם מפלס האבנים בעין המורה (צפון) הוא חלק משטחים לעיבוד בשולי האתר, ממזרח לשטח הבנוי, של מוצרים משניים, כמו דיש.
נוסף על כך, תיעודם של קברים חצובים בסלע במדרון הצפוני של גבעת המורה המתוארכים אף הם לתקופת הברונזה הביניימית, מחזק את דגם היישוב המתועד היטב בתפר שבין המדרון למישור, שבו אזור הקבורה נמצא מעל אתר היישוב, כמו בעין אל-חילו.
החפירה בעין המורה (צפון) מדגישה את דגם היישוב של אתרים קטנים לאורך השוליים של עמק יזרעאל בסוף האלף השלישי לפסה"נ. יישובים אלה הוקמו בתחתית מדרונות הגבעות המקיפות את העמק, סמוך למעיינות (עין המורה) וקרוב לשטחים הפוריים שבתחתית העמק. בתי הקברות של אתרים אלה נחצבו בסלע, לרוב במדרונות העליונים של הגבעות המשקיפות על היישוב. בשוליים של כפרים קטנים אלה היו אזורי פעילות שיתופית לעיבוד תוצרים משניים.