בחודשים יוני-יולי 2008 וכן בנובמבר 2008–ינואר 2009 נערכו שתי עונות חפירה ממערב לצור נתן (הרשאה מס' 5454-A; נ"צ 2005/6832), לקראת בנייה. החפירות, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת 'מבני תעשייה בע"מ', נוהלו על-ידי י' דגן וע' עזב (עונה ראשונה), בסיוע ע' עד, ח' טורגה, ו' אשד וא' הדד (ניהול שטחים), ש' יעקב-ג'ם וא' בכר (מנהלה), ר' מישייב, א' האג'יאן, מ' קונין וט' קורנפלד (מדידות ושרטוט), ל' ברדה, ח' בן-ארי וא' דגוט (GPS), צ' שגיב (צילום שטח), חברת סקיי בלון (צילום אוויר), א' ירושביץ (ליקוט פריטי צור), וכן ע' ראם ור' לופו. טרם החפירה נערכו בסביבה סקר (ע' עזב ומ' פיילשטוקר) וחתכי בדיקה (י' קורנפלד), ועל פיהם נקבעו שטחי החפירה.
שטח החפירה משתרע במורדות המערביים של הרי שומרון, באזור של מחשופי סלע נרחבים בהם נערכו חציבות רבות (ר' חדשות ארכיאולוגיות 120, חדשות ארכיאולוגיות 121). בתחום היישוב הסמוך צור יצחק נחשף בעבר אתר מהתקופה הניאוליתית הקדם-קרמית (Marder et. al. 2007. Paléorient 33/2:79–100), ועל גבעה ממזרח לאתר נחשף בעבר יישוב נרחב מהתקופות הברונזה התיכונה, הברזל 2, הפרסית, ההלניסטית, הרומית, הביזנטית והעות'מאנית (איילון א' תשס"ב. חורבת מגדל (צור נתן): כפר שומרוני קדום. בתוך א' שטרן וח' אשל (עורכים). ספר השומרונים. ירושלים. עמ' 272–288).
בשתי עונות החפירה נחשפו בשטח כולל של כ-1000 דונם מחצבות רבות (121; איורים 1, 2), המשתרעות על שטח רב, חציבות במחשופי סלע (11), מערות קבורה חצובות מהתקופה הרומית (16; רק החצרות והחזיתות נחפרו; איורים 3–5), מערות ששימושן לא ברור (7), בורות מים (3), כבשני סיד (3; איורים 6, 7), כבשן קרמיקה (1), מתקנים לתעשיית שמן (28; איורים 8, 9), בהם שניים גדולים במיוחד, גתות בגדלים שונים (11; איור 10), קיר תמך של דרך רומית, מדרגות עיבוד וערימות של אבנים מסוקלות. כן לוקטו חרסים ופריטי צור רבים המתוארכים ברובם לתקופות הניאוליתית, הכלקוליתית, הברונזה התיכונה 2, הברזל 2, הפרסית וההלניסית. בחפירות תועד ריכוז גדול של מתקנים לעיבוד תוצרת חקלאית, בעיקר שמן זית, וכן של מחצבות אבן. נראה ששטחים אלה היו אזור חקלאות ותעשייה של היישוב הנרחב ששכן על הגבעה ממזרח לחפירות. מערות הקבורה שתועדו בשטח וחציבתן הטובה מלמדות שבאזור שכנה בתקופה הרומית אוכלוסייה אמידה.
בעונת החפירות השנייה נפתחו חמישה שטחים (20×20 מ' כל אחד) במטרה ללקט את כל פריטי הצור על פני השטח. בפריטים שלוקטו להבים, גרעיני להבונים, נתזים משובררים וכן ראש חץ מטיפוס 'חוד חיאם' שבור. נוכחותם של להבים בעיצוב דו-פני, גרעיני להבונים וחוד חיאם מתארכים את המכלול לתקופה הניאוליתית הקדם-קרמית
(PPNA).