בחודש דצמבר 2013 נערכה חפירת הצלה בשער העמקים (הרשאה מס' 6973-A; נ"צ 210013-35/736358-97; איור 1), בעקבות פגיעה בעתיקות בעבודות עפר. החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת חוצה ישראל, נוהלה על ידי מ' חאטר בסיוע י' עמרני (מנהלה), ר' מישייב ומ' קאהן (מדידות וסרטוט), א' נגורסקי (מיון כלי חרס), מ' שויסקיה (ציור כלי חרס), כ' סעיד ול' תלמי.
באתר נערכו סקר (רבן 1982: אתרים 4, 5) ונחשפו שרידים שזמנם למן התקופה הפרסית ועד ימינו: מערות קבורה, בורות מים ומתקנים חקלאיים. בחפירה שנערכה בעבר נחשפו שרידי יישוב מבוצר מן התקופה ההלניסטית (סג"ל ונאור תשמ"ח). בשנת 2013 נערכו שתי חפירות (קירזנר 2014, הרשאה מס' 6889-A) שבהן נחשפו שרידי מבנים שזמנם התקופות הרומית והאסלאמית הקדומה.
נחשפו חלקית שרידי מבנה מסיבי מהתקופה הרומית המאוחרת (איור 2). שני קירות (W12 ,W10; איור 3) תחמו את המבנה מדרום ומצפון בהתאמה ונמשכו מזרחה ומערבה מעבר לשטח החפירה. הקירות, שהשתמרו עד לגובה חמישה נדבכים, בנויים אבני גזית, אבנים מהוקצעות בינוניות וגדולות ומילוי אבני גוויל קטנות. בין שני הקירות נחשפו קטעים של קיר ארוך בציר צפון–דרום (W21 ,W14 ,W11), שחילק את המבנה לשני אגפים: מערבי ומזרחי (L114 ,L112 בהתאמה). בקיר הארוך שולבו ארבע אומנות (W20–W17; מרחק ממוצע ביניהן 2.7 מ'; איור 4). דרומה יותר נחשפו שתי אומנות נוספות (W16 ,W15); אומנה 15 צמודה לקיר 10, הדרומי. מול האומנות ובמקביל להן, 2.5 מ' מערבה נחשפו שש אומנות נוספות (W26–W22 ,W13), שנפגעו בעבודות העפר שקדמו לחפירה. האומנות (1.8 × 1.9 מ' בממוצע) בנויות אבני גזית גדולות ובינוניות והשתמרו לגובה שלושה נדבכים. נראה כי הן שימשו יסודות לעמודים שתמכו את קירוי המבנה.
הממצא הקרמי מהמילוי שבתוך המבנה כלל קערות (איור 1:5–3) וקנקנים (איור 4:5–6) המתוארכים לתקופה הרומית המאוחרת.
המבנה המסיבי, שממנו נחשף רק קטע קטן, כלל שני אגפים, תוארך לתקופה הרומית המאוחרת ונראה כי קירותיו השתרעו מעבר לגבולות שטח החפירה. מקטע המבנה שנחשף אי אפשר לקבוע את תפקידו של המבנה. על סמך האומנות שנחשפו נראה כי המבנה קורה בקמרונות או בקשתות שנתמכו בעמודים.
סג"ל א' ונאור י' תשמ"ח. ארבע עונות חפירה באתר הלניסטי בשער העמקים. קדמוניות 81–24:82–30.
רבן א' 1982. מפת נהלל (28) (סקר ארכיאולוגי של ישראל). ירושלים.