המערכת (איור 1) כוללת חללים תת-קרקעיים, ששימשו מתחילה, בתקופה ההלניסטית, כמחצבות ולאחר מכן כמחסנים ואחד מהם אולי אף כמאגר מים, ולקראת מרד בר כוכבא הם חוברו במחילות צרות וארוכות שיצרו מערכת מסתור תת-קרקעית.

הכניסה למערכת כיום היא דרך פיר (A; איור 2), שנפרץ על ידי שודדי עתיקות בשנת 2012. הפיר יורד מפני השטח לעומק של כ-2 מ' אל מחילה צרה שתקרתה קשותה (a-d; אורך 13 מ', רוחב כ-0.8 מ', גובה כ-0.8 מ'). בקצה הצפוני של המחילה, צמוד לפיר A, נחצב חדר מלבני (B; מידות 2.2 × 3.0 מ'). תקרת חדר B קרסה בחלקה, והחדר התמלא ברובו באבנים מפני השטח. נראה כי חדר B שימש כמחסן תת-קרקעי, וכי פיר A שימש כפיר הכניסה המקורי שלו. במרחק של כ-2.5 מ' ממזרח לחדר B נחצב חדר נוסף (C; כ-2 × 2 מ'), שאליו מוליכה מחילת גישה קצרה היוצאת ממחילה a-d. קרקעית החדר מכוסה כיום באדמת סחף שחדרה דרך פיר A. באמצע מחילה a-d נחצב פתח קשות, צר ונמוך. מחילה a-d מגיעה בקצה הדרומי שלה לצומת מחילות (D), שממנו נמשכות שתי מחילות (d-f ,d-e).
מחילה d-e (כ-11 מ' אורך) מוליכה אל חלל סגלגל דמוי פעמון (E) שנחצב בקצה שלה; באמצע המחילה בערך נחצבו שתי מדרגות המוליכות למפלס יותר נמוך. המחילה פורצת את הדופן הדרומית של חלל E, בגובה של כ-5 מ' מעל קרקעיתו (כ-3.0 × 4.5 מ' מידות החלל במפלס המחילה). בדופן הצפונית של חלל E נחצב פתח גבוה (כ-0.8 מ' רוחב), וממנו נחצבו מדרגות לולייניות אל הקרקעית. בתקרת החלל נחצב פיר סגלגל רחב (כ-8 מ' עומק), שחלקו העליון בפני השטח. נראה כי מתחילה שימש חלל E כמחצבה ולאחר מכן הוא הוסב לשמש לאחסון או לאגירת מים. במרשה הסמוכה התגלו חללים דומים לאגירת מים, שלהם מדרגות לולייניות חצובות והם מתוארכים לתקופה ההלניסטית (Kloner 2003:35–39; Kloner and Zissu 2013). אם חלל E שימש מאגר מים אפשר שמחילה d-e אפשרה שאיבת מים בהסתר בעת שהמערכת שימשה למסתור. מחילות מסתור דומות שאפשרו שאיבת מים בהסתר התגלו במערכות תת-קרקעיות בשפלת יהודה.
במחילה d-f (כ-8 מ' אורך) נחצב במרחק של כ-4 מ' מצומת מחילות D פתח המוליך אל חדר מסתור (G; כ-2 × 2 מ', כ-1 מ' גובה). במזוזות הפתח סותתו שני שקעים, זה מול זה, ששימשו לקליטת בריח של מנעול דלת. קרקעית החדר מכוסה כיום באדמה, ועליה נתגלו כמה שברים של קנקנים, האופייניים לתקופה שבין שתי המרידות ברומאים.
בקצה המערבי של מחילה d-f נחצב חלל מעוגל (F), המתחבר לחלל גדול יותר (H) באמצעות מדרגה רחבה חצובה. חלל F חותך את חלקה העליון של הדופן הצפונית של חלל H, ולכן נראה כי חציבתם של מחילה d-f וחלל F מאוחרת לחציבת חלל H. חלל H מעוגל (כ-6 מ' קוטר, 5–6 מ' גובה) ומתרחב סמוך לקרקעית. בדרום-מערב חלל H, במפלס נמוך, חשפו שודדי עתיקות את פתחה של מחילה קצרה (h-i; כ-2.5 מ' אורך), המוליכה אל חלל גדול וסגלגל (I; כ-5 × 9 מ', כ-6 מ' גובה מעל הצטברות אדמה בקרקעית החלל). פתח המחילה מחלל I תחום במסגרת רדודה (איור 3). בדופן המערבית של חלל H תועד פתח גדול (כ-1 מ' רוחב, כ-2.5 מ' גובה), שנסתם במכוון באבני גזית גדולות, ובהן משקולת אבן של בית בד בשימוש משני. הפתח מוליך אל מסדרון (L), שהתגלה חסום גם הוא ברובד עפר ואבנים גדולות. מסדרון L מוליך אל פתח מעוצב היטב, שמוליך אל חלל I. הפתח המעוצב שנחצב בדופנו המזרחית של חלל I גבוה ורחב (1 מ' רוחב ויותר, כ-2.2 מ' גובה; איור 4). מזוזות הפתח עוצבו כאומנות אחוזות, הכוללות כותרות דוריות שלהן אכינוס אלכסוני דמוי משולש ואבקוס אנכי קצר. מעל המזוזות סותת בסלע משקוף מדורג דמוי כרכוב. שילוב האומנות האחוזות עם המשקוף המדורג (מעין אנטבלטורה) משווה לפתח חזית של מבנה קלסי. פתחים מעוטרים דומים של חללים תת-קרקעיים התגלו במרשה ומתוארכים לתקופה ההלניסטית. בחלקו התחתון של המשקוף, בצד הפונה למסדרון L, התגלתה חרותת יוונית לצד חרותת של כלי שיט שלו מפרש סכמתי (להלן). חסימתו של מסדרון L בעפר ואבנים הקשתה על התיעוד והצילום של הפתח והחרותות. מן הפתח המעוצב יורדות מדרגות חצובות, שלהן מעקה נמוך, אל קרקעית החלל. סמוך לאחת המדרגות התחתונות נחצב פתחה של מחילה h-i (לעיל), המוליך אל חלל H. מיקומם של הפתח המעוצב בחלל I מול הפתח בחלל H מלמד ששני הפתחים תוכננו יחד וכי חללים I ו-H היו כנראה צמד מחסנים תת-קרקעיים סמוכים. מסדרונות הדומים למסדרון L אופייניים למערכות תת-קרקעיות במרשה ובסביבתה, והם נחצבו מפני השטח (Kloner and Zissu 2013; ר' מערכת חללים דומה שנתגלתה בח' ערק ח'לה שמצפון לבית גוברין: זיסו, לנגפורד, אקר ואשל תשע"ג:112). נראה על כן כי מסדרון L נחצב במקור מפני השטח, אך כאן נחשף רק פתחו התחתון. נראה כי חסימת מסדרון L נעשתה במכוון, כנראה בזמן חציבת מערכת המסתור וחיבור חללים H ו-I במחילה h-i. על קרקעית חלל I התגלו ריכוזים של שברי כלי חרס וכלי זכוכית שנאספו כנראה על ידי שודדי העתיקות. ראויים לציון שברים של בקבוקי זכוכית דמויי פמוט, האופייניים לתקופה שבין שתי המרידות ברומאים (איור 5), שברים רבים של קנקני חרס שבשפתם רכס (איור 6) ושברים של סירי בישול, ששפתם משולשת ומחורצת בחלקה העליון, מהטיפוסים האופייניים למן השליש האחרון של המאה הא' לסה"נ ועד לימי מרד בר-כוכבא.
בדופן הדרומית של חלל I נחצבו פתחים לשני חדרים רבועים (J — מידות 2.0 × 2.2 מ', 1.3 מ' גובה מעל הצטברות אדמה; K — מידות 1.5 × 1.7 מ', 1.3 מ' גובה מעל הצטברות אדמה). פתחו של חדר J קשות ובמזוזותיו נחצבו שקעים משולשים להנחת נרות (0.6 מ' רוחב, 0.8 מ' גובה). אל חדר K מוליכה מחילה חצובה צרה ונמוכה (1.6 מ' אורך). בדופנות החדר נחצבו שקעים להנחת נרות. מידות החדרים ופתחיהם, תכנית החדרים והמחילה המוליכה לחדר K מלמדים כי הם נחצבו כחלק ממערכת המסתור.
בדופן הצפונית של חלל I נחצב פתח של חדרון רבוע קטן (M; מידות 1.0 × 1.2 מ', 0.8 מ' גובה), הגבוה מקרקעית חלל I. משני צדי הפתח, בדופן הצפונית של חלל I, נחצבו שקעים משולשים להנחת נרות. מעל השקע המערבי, בגובה של כ-2 מ' מעל הצטברות אדמה על קרקעית חלל I, התגלתה חרותת בארמית (להלן). מחדר M מוליכה מחילה צרה (m-n; כ-8 מ' אורך) לכיוון צפון. בקצה הצפוני של המחילה נחצבה מדרגה העולה אל פיר שנחצב בתקרת המחילה (N). פיר N חסום כיום בעפר וסלעים, אך נראה כי הוא מוליך אל פני השטח וכי הוא שימש פתח המערכת. לאורך מחילה m-n נחצבו שני חדרים מלבניים (P ,O). ברובד עפר בשני החדרים התגלו שברי כלי חרס, האופייניים למן השליש האחרון של המאה הא' לסה"נ ועד לימי מרד בר-כוכבא.
לאורך דופנות כל המחילות במערכת נחצבו שקעים לנרות.
 
חרותת בארמית (איורים 7, 8). החרותת, שהתגלתה בדופן הצפונית של חלל I, נכתבה בכתב ארמי קורסיבי, ובה שמונה אותיות (0.6–0.7 ס"מ רוחב האותיות, כ-1 ס"מ גובה האותיות בממוצע). האותיות דומות לאותיות ארמיות המופיעות באוסטרקונים ממרשה וסביבותיה, שתוארכו למאות הד'–הב' לפסה"נ (Eph‘al and Naveh 1996; Eshel 2010). אחד המאפיינים של האותיות הוא משיכה למעלה. שטח החרותת מצומצם והוא הוחלק באיזמל רחב. הצעת קריאת האותיות: "עבדלהי זב(נ)". השם עבדלהי הוא שם אדומי מוכר והוא מופיע באוסטרקון מן המאה הד' לפסה"נ (Eph‘al and Naveh 1996:80–81). הקידומת "עבד" נפוצה בשמות אדומיים בתקופה זו (Naveh 1996:100; Eshel 2010:232). משמעות השורש זבן בארמית קשורה למסחר; משורש זה מוכרות למשל המילים זבון (קנייה) וזבינא (סחורה). נראה שהחרותת מתעדת עסקה שנערכה בין עבדלהי לאדם אחר. יש לשער שהסחורה אוחסנה במחסן התת-קרקעי שעל דופנו נתגלתה החרותת. המילים זבונא וזבינתא מופיעות באוסטרקונים אדומיים בני התקופה ההלניסטית (Eph‘al and Naveh 1996:46–47, 90–91).
 
חרותת ביוונית ולצדה חרותת כלי שיט (איורים 9, 10). החרותות התגלו במשקוף של פתח מעוצב המחבר בין חלל H לחלל I. החרותת ביוונית נכתבה בקווים דקים וביד לא בטוחה (כ-4 ס"מ רוחב וגובה אותיות בממוצע). הצעת קריאת האותיות: “Φ (Α/Λ) ΠΑTΡΙΚΟΣ”. ייתכן כי האות הראשונה Φ מציינת קיצור של שם, אולי שמו הפרטי של החורת. בהמשך מופיע השם Patrikos, ונראה שזוהי הצורה היוונית של השם הלטיני הנפוץ Patricius. משמעות השם הלטיני היא אצילי, מכובד, והוא מוכר משכבת האצולה בתקופה הרומית הקדומה (Patricians). משמעות השם היווני patrikos היא 'שייך לאבא' או 'מקורו באבא'. השם אינו נפוץ בארץ ישראל בצורתו היוונית. הוא מופיע בכתובות נוספות שנתגלו באגן הים התיכון, רובן מהמאות הא'–הב' לסה"נ (Fraser and Matthews 1994:36). נראה כי זהו שמו של בעל המחסן התת-קרקעי, כנראה בתקופה הרומית הקדומה.
משמאל לחרותת האותיות נחרת סכמתית כלי שיט (26 ס"מ אורך, כ-12 ס"מ גובה). לכלי השיט סיפון מוארך, שבמרכזו תורן (6 ס"מ גובה) ובראשו סקריה (yard; אורך 18 ס"מ); נראה שהוא שט לצד שמאל. מן הסקריה תלוי מעין מפרס מלבני. שני קווים אלכסוניים הנמתחים מקצות הסקריה אל מרכז הסיפון מסמלים כנראה שתי מושכות (braces). מעל חרטום כלי השיט תואר קו אנכי שבראשו חפץ סגלגל; ייתכן שזהו הקצה המתעגל של החרטום, כמתואר בכלי שיט מן העולם הקלסי, או שזהו מפרס קדמי (Artemon) סכמתי. מתחת לירכתיים בצד ימין נמתח קו ממנו יוצא חפץ דמוי L הפוכה, מקווקוות, כנראה הגה כלי השיט. מתחת לסיפון נחרתו קווים אנכיים שבקצותיהם דגם רבוע, כנראה המשוטים. על פי סמיכות כלי השיט לחרותת ביוונית, נראה כי יש לתארך גם אותו לתקופה הרומית הקדומה.
בעבר נתגלו תיאורים של כלי שיט דומים במרשה ובסביבותיה. המפורסם מכולם נחרת על אבן קטנה, שנחשפה בחפירות הקרן לחקר ארץ ישראל (PEF) לפני יותר ממאה שנה, ויש לתארכו לתקופה ההלניסטית (Gibson 1992). שני כלי שיט נחרתו על קירות מערכת קבורה חצובה מן התקופות ההלניסטית והרומית הקדומה מצפון לתל מרשה (Haddad and Artzy 2011). בהקשר זה יש להזכיר כלי שיט שצויר בפחם על קיר חדר המבוא בקבר יסון אשר ברחביה, ירושלים, המתוארך לימי החשמונאים ולתקופה הרומית הקדומה (רחמני תשכ"ד:8–9). לשאלה מהי המשמעות של חריתת כלי השיט פירושים רבים בספרות המחקר. על פי אחד הפירושים לתיאורי כלי השיט תפקיד אפוטרופאי, כלומר הגנה מפני רוחות רעות (Kashtan 2001).
 
המערכת התת-קרקעית שתועדה מורכבת מחללים וחדרים רבים, ששימשו לצרכים מגוונים בכמה תקופות. במערכת זוהו כמה שלבים. בשלב הראשון, כנראה בתקופה ההלניסטית, נחצבו חללים H ,E ו-I, והם שימשו מחצבות לגושי קירטון מלבניים. המסלע באזור מורכב משכבה עליונה של סלע נארי קשה ומתחתיו סלע קירטון רך, ונראה כי הסיבה לקיומן של מחצבות תת-קרקעיות היא הרצון לנצל רק את שכבת הקירטון הנוחה לחציבה ולא לחצוב בשכבת הנארי הקשה. לאחר מכן, עדיין בתקופה ההלניסטית, הוסבו המחצבות לשמש לאחסון תת-קרקעי; ייתכן כי חלל E שימש מאגר מים. המאפיינים האדריכליים של חללים H ,E ו-I דומים לאלה של חללים תת-קרקעיים מהתקופה ההלניסטית שנתגלו לעשרותיהם במרשה, ובהם גרם מדרגות שלו מעקה חצוב נמוך, פתח כניסה שחזיתו מפוארת ותכנית דמוית תלתן. החרותת בארמית שנתגלתה בדופן חלל I, ובה כנראה תיעוד של פעילות מסחרית עם אדם ממוצא אדומי, מלמדת אולי שחללים H ו-I שימשו בתקופה ההלניסטית תושבים אדומיים מהאזור. חללים אלה נמצאים בגבעה ממערב לעיר התחתונה של מרשה, ונראה שהם היו חלק מהמערך התעשייתי–חקלאי שהתקיים מסביב לעיר בתקופה ההלניסטית.
בשלב השני, כנראה בתקופה הרומית הקדומה, המשיכו מחסנים H ו-I לשמש לאחסון. על סמך החרותת ביוונית שהתגלתה במשקוף הפתח המעוצב שמחבר בין חלל I לחלל H, נראה כי המחסנים עברו לבעלים חדשים. בתקופה זו העיר מרשה ירדה מגדולתה ובשטח שכן כנראה יישוב כפרי, ותושביו ניצלו את החללים התת-קרקעיים שהיו בסביבה. ייתכן כי בתקופה זו נחצבו גם חלל B, ששימש מחסן תת-קרקעי, ופיר A, שחיבר מחסן זה אל המבנה ששכן מעליו.
בשלב השלישי חוברו חללים H ,E ,B ו-I במערכת של מחילות צרות ונמוכות במטרה ליצור מערכת מסתור תת-קרקעית. בשלב זה נאטמו במכוון פתחיהם המקוריים של החללים, ובמערכת כולה נחצבו חדרים קטנים למסתור ולאחסון. ממצא כלי החרס והזכוכית שהתגלה במערכת מתוארך לתקופה שבין בשתי מרידות ברומאים (70–136 לסה"נ) ומחזק את ההנחה כי מערכת המסתור הותקנה כחלק מהכנות תושבי המקום למרד בר-כוכבא. מאפייניה של המערכת משלב זה דומים למאפיינים של מאות מערכות מסתור מימי מרד בר-כוכבא שנתגלו בשפלת יהודה, ובהם שימוש במתקנים תת-קרקעיים קדומים וחיבורם במחילות, חציבת מחילה לשאיבת מים בהסתר, מחילות שתקרתן קשותה, שינויי מפלסים במחילות, שינויים חדים בכיוונן וחציבת שקעים לנרות בדופנותיהן.