שלב 4. לשלב הקדום ביותר מיוחסים קטעי קירות, מפלסי חיים ומילויי אדמה. הקירות בשלב זה נבנו משתי שורות של אבני כורכר מהוקצעות ובתווך אבנים קטנות שלוכדו בעפר חום.

בריבוע הצפוני נחשף קיר (W8; אורך 4.85 מ', רוחב כ-0.6 מ'; איור 4), שהושתת על בסיס אבן רחב; הקיר השתמר לגובה 2.05 מ'. אל קיר 8 ניגש מדרום קיר (W7; רוחב 0.55 מ'; ר' איור 3, חתך 1-1). בתום החפירה נחשף בחתך המזרחי של הריבוע קיר נוסף (הוא לא סורטט בתכנית), הניגש אל קיר 8 מצפון. צמוד לחתך המזרחי של הריבוע התגלתה שורה של אבנים, וייתכן שאלה הן מפולת מקיר זה. בסיסו של קיר 8 נחשף מתחת למפלס חיים של טין חום-כתום ואדמה חומה-כתומה קשה מאוד (L124; ר' איור 4). מעל מפלס 124 התגלו מילויים של אדמה חומה-כתומה שמעורבות בה אבנים קטנות (L124 ,L117). במפלס 124 ובמילויי האדמה שמעליו התגלו שברי טבון או כלי אחסון גדול עשוי מחומר גס (איור 27:5), מעט שברי כלי עזה שחורים, ובהם קערה ששפתה פשוטה וזקופה והיא עוטרה מחוץ בעיטור גלי (איור 9:5), קדרה מטין חום ששפתה מעובה ונוטה החוצה (איור 13:5) וכן שברי כלי חרס עשויים ביד וכלים מזוגגים, ובהם שבר ידית מעוטרת של סיר בישול (איור 15:5; ר' נספח), ידית סיר בישול ממורקת (איור 16:5; ר' נספח), אמפורה עשויה מטין צהבהב וליבה אפורה, ששפתה מעוגלת ונוטה החוצה (איור 17:5), שפת פך מזוגג שיובא מדרום צרפת (איור 20:5; ר' נספח) ושבר גוף של כלי סגור עשוי במסורת של כלי החרס מהתקופה הממלוכית (איור 22:5; ר' נספח). הממצא הקרמי במפלס 124 ובמילויי האדמה שמעליו מתוארך לתקופה העות'מאנית המאוחרת (המאה הי"ט לסה"נ; ר' נספח). אל קיר 8 ניגש כנראה מפלס חיים נוסף (L128), הגבוה ממפלס 124. מפלס זה הוא שכבה דקה של אדמה אפורה שמעורב בה אפר. במפלס 128 נחשף קטע קיר נוסף (W11), אולי חלק ממתקן שתחם כלי אבן גדול (איור 6; איור 7:7). מעל מפלס 128 התגלה מילוי אדמה שחורה שמעורבות בה אבנים (L116). מילוי 116 ומפלס 128 הופרעו בעבודות בימינו. עוד יש לייחס לשלב 4 שכבת אפר (L111; ר' איור 3, חתך 1–1), שהתגלתה ממזרח לקיר 7. שכבת האפר כיסתה מפלס של טיט חום-כתום הגבוה ממפלס 124, ואפשר שזוהי עדות להרמת רצפות. במפלס 128 ובמילוי 116 התגלו שברי כלי עזה שחורים רבים, ובהם קנקנים (איור 18:5, 19), שהם תת-טיפוס של כד מים המכונה ג'ארה (ישראל תשס"ו:86–108), וכן שתי משקולות נול, האחת מחרס (איור 5:7) והשנייה משיש (איור 6:7). משקולות אלו קשורות כנראה לתעשיית טקסטיל שהייתה מפותחת באל-מג'דל (ששון תשס"ב:108–109).
בריבוע המערבי נחשפו קיר (W10— אורך 2.25 מ', רוחב כ-0.6 מ'; איור 8), שנבנה בציר מזרח–מערב, ושרידים דלים של קיר נוסף (W12). מצפון לקיר 10 נחשף בור (L126), ובו אפר שחור מבריק. הבור חותך מפלס אפר מעורב בחול (L118), שכיסה מפלס טיט חום-כתום (L125), אולי רצפה. המפלסים הופרעו בחלקם העליון מבור אשפה בן ימינו (L113; להלן, שכבה 1). מדרום לקיר 10 נחשף מפלס דומה של אפר מעורב בחול (L119) ומתחתיו מפלס של טיט חום-כתום (L120). הממצאים במפלסים 118, 119, 120 ו-126 דומים לממצאים בבור 126, והם כוללים שברי כלי חרס רבים, ובהם קערות מיובאות מתורכיה ויוון (איור 1:5–4, 6, 7; ר' נספח), המתוארכות לסוף המאה הי"ח או ראשית המאה הי"ט לסה"נ (קערה 3), למאה הי"ט (קערה 4) ולשלהי המאה הי"ט וראשית המאה הכ' (קערות 1 ו-2); מגוון קערות וקדרות ממשפחת כלי עזה השחורים, ובהם קערה מטיפוס זבדיה (איור 8:5; ישראל תשס"ו:208–209), קערה מטיפוס זבדיה מזווה, ששפתה מעוגלת ונוטה מעט החוצה (איור 10:5), קדרות ללישת בצק (איור 11:5, 12) עשויות מטין אפור, ולהן שפה מדורגת כפולה, ולאחת (11) סירוק עדין, והן מכונות משארת או ערבה ומתוארכות לשנים 1700–1900 לסה"נ (ישראל תשס"ו:186–193); סיר בישול עשוי מטין גס בצבע חום בהיר-ורוד, ובו הרבה חלקיקי קוורץ וגריסים לבנים, ושפתו מעובה ומעוגלת וצווארו נמוך (איור 14:5); שברים רבים של קנקני עזה שחורים מטיפוס ג'ארות, הדומים לאלה שהתגלו בריבוע הצפוני (18 ו-19); וכן שבר של פך אבריק (בריק; איור 21:5), בסיס טבעת השייך כנראה לפך או קומקום (איור 23:5), כלי אגירה המכונה חידרייה (איור 24:5; ישראל תשס"ו:237–239), ששפתו משולשת ונטויה החוצה ובבסיסה רכס דק, משפך עשוי מטין חום-אדום וליבה אפורה עם גריסים לבנים (איור 25:6), ששפתו פשוטה ומתכנסת פנימה וצווארו ארוך וישר, ושבר מקטרת ממורקת אדום (איור 3:7; ר' נספח).
 
שלב 3. לשכבה זו מיוחס קיר (W6; אורך השתמרות 3.55 מ', רוחב 0.6 מ'; איור 9), שנבנה משני פנים של אבני כורכר, אבני הפן החיצוני, הצפוני, הוקצעו היטב, וליבה של אבנים קטנות שלוכדו בטיט חום. בקצהו המערבי של הקיר שולב קמרון (W12; איור 10), ויחדיו הקיר והקמרון יוצרים פינה. הקמרון הושתת על תעלת יסוד שמולאה בחול ונבנה באבני כורכר מהוקצעות. נראה שהקמרון חותך מילויים ומפלסים שקדמו לבנייתו. משני צדי הקמרון התגלו מילויי אדמה (L107 ,L102), ובהם התגלו שברי כלי חרס, הכוללים קערה מטיפוס LRC מהתקופה הביזנטית (לא צוירה) ומקטרת משלהי התקופה העות'מאנית (המחצית השנייה של המאה הי"ט; איור 1:7; ר' נספח). בצפון שטח החפירה, במילוי אדמה מתחת לקמרון משלב 2 (L103; להלן), התגלה בין היתר בסיס ספל מצרפת, הנפוץ למן המאה הי"ח (איור 5:5; ר' נספח). ייתכן שיש לשייך לשלב זה קיר נוסף (W5), שנבנה באבני כורכר במגוון מידות והשתמר לגובה של 0.86 מ'; כיוונו שונה מזה של קיר 6 וקמרון 12.
 
נראה כי בשלבים 4 ו-3 היו כמה שלבי משנה, שהובחנו בחפירה בהרמת רצפות, כמו למשל מפלס אפר 111, אך קשה לייחס אותם לפרק זמן מסוים על סמך הממצא. הממצאים בשלבים 4 ו-3 מתוארכים למן שלהי המאה הי"ח או ראשית המאה הי"ט ועד לשנות השלושים או הארבעים של המאה הכ'.
 
שלב 2. חלק מקירות המבנה, שבו שני חדרים (L115 ,L114), השתמרו על פני השטח טרם החפירה.בחפירה נחשפו יסודות המבנה שאינו סימטרי (W3–W1; אורך 7.40–7.95 מ', רוחב 4.85 מ'); הם נבנו מקמרונות (L104–L102) וקורות מבטון ששולבו בו מוטות ברזל. קיר 2 נבנה צמוד לקיר 8 משלב 4 וביטל את קיר 7 משלב 4. קיר 1 נבנה על קיר 10 משלב 4 וביטל אותו. בקיר 1 מדרום לקמרון 103 יש שרידים של אומנה שנבנתה מבטון ואבנים, ואפשר שהיא מלמדת על קמרון נוסף שהיה במבנה אך לא השתמר. בתוך המבנה התגלה קיר (W9), שהפריד בין שני החדרים. חדר 114 רוצף במשטח בטון שנצבע באדום (איור 11). בחדר 115 נחשפה תשתית רצפה עשויה מבטון, אבנים וחול, שכיסתה את קיר 6 משלב 3.
בשל הפרעות מאוחרות בשטח אי אפשר לתארך את המבנה על סמך הממצא, אך על סמך השוואה לצילומי אוויר ומפות של אל-מג'דל בימי המנדט הבריטי ועל סמך חומרי הבנייה נראה כי הוא נבנה בין שנות השלושים לסוף שנות הארבעים של המאה הכ' לסה"נ (ששון תשס"ב:102). המבנה המשיך לשמש את יושבי המקום עד להריסת חלקו הצפוני בשנות השמונים של המאה הכ' (ששון תשע"ג:47). לאחר עזיבת תושביה הערביים של אל-מג'דל נבנה סמוך למבנה מדרום-מערב בית כנסת של יוצאי לוב הפעיל עד היום.
 
שלב 1. בשטח החפירה התגלו בורות אשפה (L113 ,L112) ומגרש חנייה עשוי מחצץ (L100) מימינו. מעל קיר 7 התגלה בסיס של כלי, כנראה עששית מחרס (איור 26:5) ושבר עצם מעובדת של נרגילה, כנראה החיבור בין צנצנת הנוזל לצינור הנרגילה (איור 8:7; ר' נספח). בבור אשפה 112 שמעל מילוי אדמה 116 התגלה שבר של מקטרת מסוף המאה הי"ח–ראשית המאה הי"ט (איור 2:7). בשכבת פני שטח בריבוע המערבי (L100) התגלה שבר של ראש נרגילה מחרס (איור 4:7; ר' נספח).
 
חשיבותה של החפירה בחשיפה ראשונה של שרידי בנייה באל-מג'דל משלהי התקופה עות'מאנית וימי המנדט הבריטי (שלהי המאה הי"ח או ראשית המאה הי"ט ועד 1948). סביר להניח ששרידי הבנייה שנחשפו הם חלק ממבני מגורים; הם עברו שינויים במשך השנים, וצומצמו בהם שטחים ריקים בין הבתים (חצרות פנימיות) וחומר הבנייה שונה מאבני כורכר לבלוקים מסיליקט (ששון תשס"ב:102), שהושתתו על יסודות של בטון ומוטות ברזל. הממצא מהתקופה העות'מאנית כולל בנוסף לכלים המקומיים גם קערות מזוגגות מיובאות מתורכיה, יוון ואף צרפת (איור 12), המלמדות כי האוכלוסייה באל-מג'דל וכנראה בכל דרום הארץ צרכה בתקופה זו מוצרי ייבוא. לראשונה בחפירה התגלו עדויות לתעשיית האריגים של אל-מג'דל בתקופה העות'מאנית ובימי המנדט הבריטי, ובהן משקולות נול שעוצבו מכלי חרס ופריטי שיש קדומים.