בחודש מרס 2007 נערך חתך בדיקה בחוף שחף, אתר נטופי קטן על הגדה הדרומית-מערבית של הכנרת ובעקבותיו, בחודשים מאי-יולי 2008 נערכה חפירת הצלה (הרשאה מס' 5401-A; נ"צ — רי"ח 253459-488/738833-898; רי"י 203459-488/238833-898). החפירה, מטעם רשות העתיקות ובמימון חברת המים מקורות, נוהלה על ידי ע' מרדר, ה' סמיטליין (צילום) ור' ישורון, בסיועם של ג' יפה (ניהול שטח), ר' מישייב, ט' מלצ'ן, ו' אסמן ומ' קיפניס (מדידות ושרטוט), א' שפירו (GPS), א' אקרמן (גיאומורפולוגיה), י' הרשקוביץ (אנתרופולוגיה פיזית) וא' וייס (ארכיאובוטניקה).
החפירות היו חלק משלב ראשון של פרויקט גדול המיועד להכפלת יכולת הקיבול של תעלת המים המלוחים העוברת לאורך הגדה המערבית של הכנרת. האתר נמצא 200 מ' מתחת לפני הים, על מדף צר הנמשך מזרחה על מדרון תלול ונתגלה במהלך סקר מקיף שערך נ' גצוב (הרשאה מס' 4494-A) שבו תועדו מעט פריטי צור בשטח מצומצם על המדרון וסמוך לצד המערבי של תעלת המים. האתר נפגע קשות מבניית תעלת המים שחתכה אותו לשניים, מכביש שנסלל לאורך החוף וחתך עמוקות במדרון התלול וכן מאירועים גיאולוגיים וגיאומורפולוגיים שתוצאתם הייתה הצטברויות לרגלי המדרון התלול ואבני בזלת נפולות רבות על המדרון, מעל ומתחת למדרגת האתר, וכן עמוק באתר עצמו.
מטרת החפירה הייתה להגדיר טוב יותר את היקף האתר והממצא וכן את תאריכו. בחתך הבדיקה נמצאו קטע של קיר מעוגל ופריטי צור מהתקופות הנטופית והניאוליתית הקדם-קרמית א' (איור 1). החפירה (78 מ"ר) נפתחה ממערב וממזרח לתעלת המים. שטח החפירה שממערב לתעלה חולק לריבועים ברשת של 1×1 מ' (איור 2) ונחשף בו מבנה סגלגל בתוך משקעי חוואר וטיט של אגם הכנרת הקדום, שתוארך לתקופה הנטופית (11,000-15,500 מכויל לפני זמננו). סמוך למבנה ומצפון-מערב לו נמצאו שרידי שלד אדם. ממזרח לתעלה נחשף המדרון הפגוע והסחוף ונמצאה כמות עשירה של ממצאים נטופיים, לא בהכרח באתרם. כאן חולק השטח לריבועים גדולים יותר (2×2 מ'), אלא אם כן הייתה חשיבות לחומר שנחפר ונחפרו ריבועים קטנים (1×1 מ'). בכל החומר החפור נעשה סינון יבש ובחומר הארכיאולוגי נעשה סינון רטוב של זרם מים בלחץ גבוה (איור 3) והוא נופה בזהירות לאחר שיובש בשמש (איור 4). בכשליש מהמשקעים שנחפרו נעשה סינון רטוב.
הובחנו ארבע יחידות גיאולוגיות מרכזיות (4-1).
ביחידה 1 נמצאה בזלת נקבובית, כנראה שריד של קילוח קדום.
ביחידה 2 שהוגבלה לקטע הדרומי-מערבי של החפירה נמצאה תצורת כנרת שכללה רובדי תשתית רוחביים של חוואר, חול גס וגושי אבן וחלוקים של אבן גיר ובזלת. רבדים אלה מייצגים סביבות משקעים אחדות המרמזות על השינויים התכופים באגם הכנרת הקדום במהלך אלפי שנים.
יחידה 3 הייתה כיסוי דק של טרוורטין (איור 5) שהופיעה באזורים מוגבלים בקטע הצפוני-מזרחי של החפירה. הטרוורטין כיסה חלק מגושי האבן של יחידה 1 וניגש לכמה מהן. בפני השטח העליונים של הטרוורטין היו משוקעים פריטי צור, עצמות, צדפות של מים מתוקים (בעיקר שחריר הנחלים), טופר של סרטן מים מתוקים וכנראה טביעות של שורשים וקליפות עצים. קליפת הטרוורטין המקומית מעידה על מעיין מים מתוקים פרהיסטורי שכנראה משך לאתר התיישבות אנושית.
יחידה 4 הייתה היחידה המרכזית של פעילות אנושית והצטברות של משקעים ארכיאולוגיים. נצפו בה אופקים של סדימנט קדום שכללו תלכידי גיר, אבני גיר קטנות ומזוות ואבני בזלת קטנות ושחוקות.
המבנה הסגלגל (4.75 מ' קוטר; איור 6) נבנה מאבני גוויל לא מהוקצעות. בניית תעלת המים הרסה את חלקו המזרחי של המבנה. קיר המבנה השתמר לגובה ארבעה נדבכים (כ-0.7 מ'; איור 7), לא הובחנה כניסה למבנה. זוהו מפלסי חיים אחדים (כ-0.45 מ' עומק משולב) שכללו אופקים מהודקים של סדימנט קדום ועדין בגוון אפור-חום. צפיפות הממצא בתוך המבנה הייתה נמוכה למדיי בהשוואה לזו שמחוץ למבנה. בממצא היו פריטי צור, צדפים של שן הים, עצמות וכתמים אחדים של פחם. בין פריטי הצור נמצאו סהרונים קטנים שהותקנו בשברור חילואן (איור 8) ולהבוני מגל המתוארכים לתקופה הנטופית. בין עצמות בעלי החיים היו צבאים, יונקים קטנים, צבים, ציפורים ודגים אחדים.
בשטח פתוח, צמוד לצד המערבי של המבנה, נתגלו מרבית כלי האבן (עלים, אבני רכב ומקבות). 1.5 מ' מצפון-מערב למבנה התגלתה קבורת אדם מעל משטח אבן (איור 9). השתמרה רק מחציתו העליונה של השלד. הגולגולת חסרה ועצם הלסת התחתונה נמצאה באתרה, פונה צפונה. הנקבר הונח שלא כרגיל על חזהו (איורים 10, 11) ומעל גופו נמצא צדף מחורץ של שן הים.
מדרום למבנה נמצאה עדות לתצורת כנרת ומשקעיה, ללא פריטים מעשה ידי אדם.
נוסף על הנוכחות הנטופית הבולטת, נמצאו באופקי הסדימנט הקדום פריטי צור כמו חודי אל-חיאם, מרצעים ולהבונים בעלי חודים מיניאטוריים, המתוארכים לתקופה הניאוליתית הקדם-קרמית א' (11,000-9,500 מכויל לפני זמננו; איור 12). ממצא זה מעיד שהייתה כנראה התיישבות בניאולית הקדם-קרמי א' סמוך מאוד לממצא הנטופי.
שטח החפירה המזרחי הוא רצועה צרה בין תעלת המים למדרון המשתפל (כ-25 מ' אורך), כשני מטרים נמוך יותר משטח החפירה המערבי. הסטרטיגרפיה כאן שונה מעט מזו שבשטח המערבי. הובחנו שלושה רבדים; התחתון המשמעותי כלל אופק סדימנט קדום חום אפור עשיר בחומר ארכיאולוגי נטופי עם מעט הפרעות מאוחרות. לא נמצאו שרידים אדריכליים או מפלסי חיים ברורים ועדיין לא הובהר אם הממצא הנטופי נמצא במנח ראשוני.
החפירה בחוף שחף חשפה אתר שחשיבותו גבוהה מבחינה ארכיאולוגית, גיאולוגית וגיאומורפולוגית. מפלס החיים החשוב באתר הוא מהתקופה הנטופית, אף שיש עדויות מהתקופה הניאוליתית הקדם-קרמית א'. נחשף מבנה סגלגל שמור היטב שבו כמה מפלסי חיים והוא מתוארך לתקופה הנטופית על סמך פריטי הצור שנמצאו בו. סמוך למבנה היתה קבורת אדם שלוותה בצדף מחורץ של שן הים.
מבדיקה ראשונית עולה שמרבית כלי הצור המזוהים שנחשפו הם סהרונים בשברור חילואן המצביעים על התקופה הנטופית הקדומה, אף שגודלם עשוי להצביע על תאריך מעט מאוחר יותר. תיארוך מדויק יותר יתאפשר לאחר בדיקה מדוקדקת של ממצאי הצור.
חשיפת מעיין מים מתוקים משוער בשטח החפירה מסבירה את משיכתם של המתיישבים הנטופיים למקום. תיאוריה זו נתמכת במחקרים שנעשו על אגם הכנרת הקדום המראים שבתאריך 15,000 לפני זמננו הייתה הכנרת נמוכה בכמה מטרים וגובה המים הגיע ל-215– (גובה הכנרת היום 212–), קו החוף של הכנרת נסוג יותר פנימה והאגם היה מלוח יותר.
אין אפשרות להגדיר את שטח האתר בגין פעילויות אנושיות וטבעיות שהרסו אותו.
מצפיפות הממצא הדלה בתוך המבנה עולה השאלה אם ההתיישבות הייתה קצרת מועד או שמא זו תוצאה של ניקוי מתמשך של אזור המגורים.
תוצאות החפירה תורמות מידע חדש על אמצעי מחייה וצורות התיישבות של קבוצות ציידים/לקטים במהלך סוף הפלייסטוקן וראשית ההולוקן (התקופות האפיפליאולית והניאוליתית הקדם-קרמית) ברצועות הגובלות בכנרת. לממצא חשיבות מיוחדת בשל העדר אתרים מהתקופה הנטופית באזור.