בחפירה (כ-73 מ"ר; איורים 1, 2) נחשפו שרידי בית מגורים, בהם חדר וחצר שנחפרו חלקית, המתוארכים לתקופה ההלניסטית המאוחרת, המאות הב'–הא' לפסה"נ. נחשפו יסודות הקירות הצפוני-מערבי (W24) והדרומי-מערבי (W25) של חדר המגורים. היסודות חצובים בטרוורטין, בולטים כשני גושי סלע מעל סביבתם ונראה ששימשו מסד לקירות לבנים. החלק שנחשף מיסוד קיר 24 עוצב בשתי חציבות ניצבות, האחת בדרום-מזרח (4.5 מ' אורך, 0.20–0.35 מ' גובה) והאחרת בדרום-מערב (1.25 מ' אורך חשיפה). לעומת זאת, יסוד קיר 25 (1.22 מ' אורך מרבי, 1.1 מ' רוחב מרבי, 0.26 מ' גובה מרבי) הוא גוש סלע חצוב בשלושה צדדים וסביר שנחצב גם בצדו המזרחי, אך החציבה לא השתמרה. לפיכך, ייתכן שקיר 25 שימש אומנה. רצפת החדר משולבת בסלע חצוב בחלקה המערבי (L1; איור 3) ורצפת טיח דקה (L2) ניגשת ומשלימה אותה ממזרח ומדרום-מזרח. הסלע הטבעי יורד בקו התפר שבין קטעי הרצפה. בדרום-מערב נפתח החדר אל חצר; לפתח (1.75 מ' רוחב) מפתן חצוב בסלע. לחצר רצפה (L20) חצובה בסלע טרוורטין ששוטח בגסות בכמה מקומות. בחצר, סמוך לקיר 24 מדרום לו, נחשף בור דמוי בקבוק חצוב בסלע (L22; קוטר 0.6 מ', עומק חשיפה 2.15 מ'; איור 4). חלקו העליון של הבור הוא פיר (0.5 מ' גובה) ותחתיו נמצאו שלושה זיזי סלע בולטים היוצרים פתח משולש שצלעותיו קשתיות. בחלק התחתון של הפיר ומעל לזיזי הסלע, כוסה הבור באבן גדולה מאוד מטרוורטין, והחללים שנותרו בינה לבין דופנות הפיר מולאו באבנים קטנות. החלל העיקרי של הבור לא נחפר, אך נמצא ריק בקטע שבין הזיזים לבין מפולת של שבבי סלע (1.5 מ' גובה) מעל לרצפתו. בחלק העליון של החלל, קוטר החציבה הולך וגדל ומשווה לדופן הבור צורת כתף. מכאן ומטה, עד לשכבת המפולת, גדל קוטר הבור במתינות רבה עד שהופך, פחות או יותר, לקבוע. נראה שהבור שימש ממגורה לאחסון דגנים לצורכי בית. המכסה המקורי שסגר את הבור מעיד אולי על נטישת המקום. ממערב ומדרום לבור נחשפה תעלה (L21; אורך חשיפה 8 מ', רוחב 0.32–0.41 מ', עומק 0.10–0.28 מ'; איור 5) חצובה ברצפת הסלע של החדר והחצר. התעלה מתחילה בחתך הצפוני של החפירה, יורדת דרומה ובהמשך פונה מזרחה. היא התגלתה ללא קירוי ומלאה בטרוורטין, בחלוקים ובחרסים. מוצא התעלה אינו ידוע ושימושה אינו ברור. ייתכן שהובילה מי מעיין מערוץ הנחל הסמוך לחדר שמצפון לה. אפשרות אחרת, ששימשה לניקוז מי נגר שירדו בחצר כדי למנוע את הצפת הממגורה. אם כך, יש להניח שהמים נוקזו אל שטח פתוח שהיה ממזרח לרצפת הסלע שבה חצובה התעלה.

   
כלי החרס. על רצפות החדר והחצר נמצא מכלול אחיד של חרסים הלניסטיים, המתוארכים למן סוף המאה הב' ועד לאמצע המאה הא' לפסה"נ. כלים אלה דומים לכלי החרס מקבוצות 2A ו-2C שנמצאו בתל אנפה (Berlin 1997). אלה כוללים קערות מחופות מפנים ומחוץ, אחת מחופה שחור, ולה שפה נטויה פנימה (איור 1:6), ואחרת פתוחה ומחופה אדום (איור 2:6); קערות עם שפה מקופלת החוצה וגוף שטוח (איורים 3:6, 4); ספל מיובא מחופה אדום מפנים ומחוץ (איור 5:6) ומתוארך לסוף המאה הב'–ראשית המאה הא' לפסה"נ; קדרות בישול Casserole מהתקופה ההלניסטית המאוחרת (איורים 6:6, 7); מגוון סירי בישול (איור 8:6–15), בהם סיר בישול עם צוואר ארוך, שפה מעוגלת וידית הנמשכת מהשפה אל הכתף (איור 11:6), המתוארך לשנת 125 לפסה"נ לערך; מכסה של סיר בישול (16:6); פכים (איור 17:6, 18); פכית (איור 19:6) ופכית דמוית כישור (איור 20:6), המתוארכת לשנים 125–80 לפסה"נ; קנקנים (איור 21:6–24) ואמפורות (איור 25:6, 26). כן נמצאו נרות עשויים טין אפור בתבנית ולהם גוף ופיה עגולים, המעוטרים בדגמים גיאומטריים ומחופים בשחור במחצית העליונה של הנר (איור 27:6–29). הנרות דומים לטיפוסי נרות מתל אנפה ומתל דור (Guz-Zilberstein 1995), המתוארכים לשנים 200–50 לפסה"נ.
 
נחפר אתר חד-שכבתי מהתקופה ההלניסטית המאוחרת. במקום נבנה בית מגורים ובו חדר הנפתח אל חצר. יסודות החדר נחצבו בסלע טבעי ושימשו מסד לקירות לבנים. החדר נפתח אל חצר. בחצר היו מתקנים חצובים ששימשו לצורכי הבית, כמו ממגורה לאחסון דגנים. ההתיישבות ההלניסטית בעין הנצי"ב התבססה על חקלאות והמעיינות שימשו מקור מים. לראשונה נחשפו במקום שרידים אדריכליים מן התקופה ההלניסטית. ממצאי החפירה מוסיפים מידע חשוב על ההתיישבות ההלניסטית בעמק בית שאן בכלל ובעין הנצי"ב בפרט.